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标题: 求助，md轨迹中部分原子连接问题 [打印本页]

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-12-12 23:48
标题: 求助，md轨迹中部分原子连接问题
老师好，最近用gmx跑得轨迹（体系是蛋白质在水溶解）去除周期性边界条件后，在vmd下查看发现整体结构没有问题，但部分水分子原子的连接有误，使用dynamic bond展示就显示正常了，但是连接信息好像不能保存，再次加载该xtc仍连接有误，请教大家有什么办法能够保存在文件中，下次打开就能够正常显示？重新处理pbc？如果使用这个有误的轨迹文件跑蛋白分子间的mmpbsa是否也会影响结果呢？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-14 12:25
gmx trjconv结合-pbc mol转换出保持分子完整性的轨迹

作者
Author: 5撇到3撇 时间: 2022-12-15 23:52

sobereva 发表于 2022-12-14 12:25
gmx trjconv结合-pbc mol转换出保持分子完整性的轨迹

谢谢老师，我再试试

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