计算化学公社

标题: 请问为什么超胞在我的GROMACS模拟过程中不会散开？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-14 14:07
标题: 请问为什么超胞在我的GROMACS模拟过程中不会散开？
我在gromacs中将一个晶体的超胞放在甲酰胺分子环境中，在运行了em和200ps的npt后进行2ns的md模拟，但是直到模拟结束超胞只是失去了规整结构坍塌了，并没有散开分散在溶剂分子中，请问这是为什么？是我的拓扑文件有问题还是选用的分子力场不对？（我用的力场是amber99sb-ildn.ff，超胞的top文件是用sobtop生成）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-14 14:49
没具体说是什么晶体，也没说具体模拟条件，完全没法回答
诸如本来晶体就难溶于甲酰胺，或者模拟温度太低，或者模拟时间不够长，都可能观测不到溶解。
另外，“超胞的top文件是用sobtop生成”这种描述太含糊，什么细节都没有。一般情况有机小分子都应当用GAFF，牵扯不到amber99sb-ildn.ff。说清楚用的什么原子电荷，对结果影响极其关键。是把单分子还是整个超胞拿sobtop创建的拓扑文件都要交待明白。能上传拓扑文件就绝对不要藏着，否则极可能隐藏关键性问题而你又不说。

仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-14 15:44

sobereva 发表于 2022-12-14 14:49
没具体说是什么晶体，也没说具体模拟条件，完全没法回答
诸如本来晶体就难溶于甲酰胺，或者模拟温度太低， ...

抱歉sob老师，我来详细描述一下。
实际实验过程中晶体是可溶于甲酰胺的，模拟温度是298.15 K，模拟时间2 ns。晶体的top文件bond和angle参数基于Hessian得到，其它部分用GAFF的。原子电荷为RESP2。bondtypes/constrainttypes/angletypes/dihedraltypes是直接include的amber99sb-ildn.ff的ffbonded.itp；atomtypes是从sobtop的LJ_param.dat中查找得到的（taken from gaff.dat）
是拿整个超胞用sobtop创建的top文件。甲酰胺是构建了甲酰胺盒子然后跑npt直到密度已经稳定之后用gmx solvate加入到盒子中的。具体的文件已上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-14 17:56

UTM 发表于 2022-12-14 15:44
抱歉sob老师，我来详细描述一下。
实际实验过程中晶体是可溶于甲酰胺的，模拟温度是298.15 K，模拟时间2 ...

显然要用sobtop对单分子创建拓扑文件，http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4专门说了

再顺带一说，有些零基础的GROMACS初学者，居然试图用Sobtop产生整个模拟体系（含一大堆分子）的拓扑文件，然后直接用GROMACS跑，这种做法是极端野蛮粗暴不可理喻的。这么做可能在Sobtop里耗时很高，而且所有分子的拓扑信息都搅合在一起作为一个[ moleculetype ]出现时会特别难以管理和修改。

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-14 18:13

sobereva 发表于 2022-12-14 17:56
显然要用sobtop对单分子创建拓扑文件，http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4专门说了

意思是只创建超胞中一个分子的拓扑文件然后再复制相应的个数吗？

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-14 22:12

sobereva 发表于 2022-12-14 17:56
显然要用sobtop对单分子创建拓扑文件，http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4专门说了

请问sob老师，我的设置除了拓扑文件以外还有什么不对的地方吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-18 11:12

UTM 发表于 2022-12-14 18:13
意思是只创建超胞中一个分子的拓扑文件然后再复制相应的个数吗？

根本不需要复制，[molecules]把相应分子的数目写对就完了
想想你跑水盒子体系时候水是怎么处理的

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-18 22:06

sobereva 发表于 2022-12-18 11:12
根本不需要复制，[molecules]把相应分子的数目写对就完了
想想你跑水盒子体系时候水是怎么处理的

好的，谢谢sob老师

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