计算化学公社

标题: 结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-6-2 09:42
标题: 结构优化问题
请教各位老师，我在对一个氧连接的含有三个六元环的结构进行结构优化，晶体结构中，这三个六元环是共面的，但是我用orca里面这个命令优化之后，三个环的位置变成了互相垂直的。! B3LYP RIJCOSX def2-TZVP def2-TZVP/J TightSCF Opt freq 请问这种情况我要怎么处理？优化前结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
优化后结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-2 11:05
晶体结构和溶液结构差很远并不奇怪，尤其是这种比较活的自由度(偏离的能量penalty很小)，我实验(NOESY)和计算的例子都有。

你的例子里我猜可能可以解释为在晶中为了最大化pi-pi staking所以变成了平面，这在单分子的优化中体现不出来。

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-6-3 09:34

liyuanhe211 发表于 2016-6-2 11:05
晶体结构和溶液结构差很远并不奇怪，尤其是这种比较活的自由度(偏离的能量penalty很小)，我实验(NOESY)和计 ...

但是为什么我之前用高斯软件优化之后，三个苯环是共面的。
%chk=0612copt.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt hf/3-21g geom=connectivity

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-3 10:05

dingliping1108 发表于 2016-6-3 09:34
但是为什么我之前用高斯软件优化之后，三个苯环是共面的。
%chk=0612copt.chk
%mem=6MW

因为HF/3-21G毫无意义。

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-6-3 10:16

liyuanhe211 发表于 2016-6-3 10:05
因为HF/3-21G毫无意义。

也就是说，我用现在的方法优化完之后，三个苯环得位置是垂直的，那么在气相中，它的位置就确实是垂直的。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-3 11:31

dingliping1108 发表于 2016-6-3 10:16
也就是说，我用现在的方法优化完之后，三个苯环得位置是垂直的，那么在气相中，它的位置就确实是垂直的。

我认为B3LYP/def2-TZVP全是证据充分了。实在不放心可以换其他的泛函如M06-2X确证一下。

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-6-3 19:14

liyuanhe211 发表于 2016-6-3 11:31
我认为B3LYP/def2-TZVP全是证据充分了。实在不放心可以换其他的泛函如M06-2X确证一下。

好的谢谢指导

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)