计算化学公社

标题: 求助：使用genion如何加入三种以上的浓度不同的离子 [打印本页]

作者
Author: ghkjhug 时间: 2022-12-16 09:58
标题: 求助：使用genion如何加入三种以上的浓度不同的离子
如题，需要建立一个有多种盐的溶液，使用genion似乎只能加入两种，加入后重新打包成tpr也会报错。想请教各位
1，genion是否能实现多种离子的添加，如何实现
2，如果不能，请问有什么软件可以实现，在后续使用GROMACS计算时是否还有需要注意的
感谢各位

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-16 11:21
本帖最后由牧生于 2022-12-16 11:23 编辑

简单的方法，多次运行genion，就能添加多种了
另一个简单的方法，packmol直接加入多种金属盐的离子，如钠，钾，氯，溴，然后include相应离子的ions.itp也可以达到相同的效果。

作者
Author: ghkjhug 时间: 2022-12-16 11:33

牧生发表于 2022-12-16 11:21
简单的方法，多次运行genion，就能添加多种了
另一个简单的方法，packmol直接加入多种金属盐的离子，如钠 ...

多次加入需要再次打包为tpr是吗？我在打包过程中出现错误提示没有NA这个残基，请问应如何处理？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-16 11:58

ghkjhug 发表于 2022-12-16 11:33
多次加入需要再次打包为tpr是吗？我在打包过程中出现错误提示没有NA这个残基，请问应如何处理？

.top里面引入相应的ions.itp了吗？且这个ions.itp里面有你想要的离子吗？ffnonbonded.itp里面有这个离子的参数吗？

作者
Author: ghkjhug 时间: 2022-12-16 16:29

牧生发表于 2022-12-16 11:58
.top里面引入相应的ions.itp了吗？且这个ions.itp里面有你想要的离子吗？ffnonbonded.itp里面有这个离子 ...

我引入的是charmm36的ions.itp，出现这个原因可能是因为charmm36的原子名称比较独特？请问这里比较合适的做法是将NA替换为SOD吗

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-16 17:02
我没用过charmm36
你可以试试

作者
Author: ghkjhug 时间: 2022-12-16 18:06

牧生发表于 2022-12-16 17:02
我没用过charmm36
你可以试试

好的，感谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)