计算化学公社

标题: 计算真空盒子内的液滴里各种成分的径向分布函数图的问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2022-12-16 16:27
标题: 计算真空盒子内的液滴里各种成分的径向分布函数图的问题
各位老师好，这是一篇文献中对于真空盒子内的液滴里各种成分的径向分布函数图，请问这个曲线可以怎么得到呢？谢谢
文献地址 pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.6b00650

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-12-17 12:19
这个图的做法是先算出中心的位置，然后计算各组分中的原子到中心的距离，分别统计画出直方图并归一化，由于在球坐标下，均匀分布的径向分别是和4πr^2成正比的，所以要再除以这个因子，最后为了图片美观，作者把蛋白质的径向分布函数数值按比例减小了。

作者
Author: 961106 时间: 2022-12-18 10:23

Frozen-Penguin 发表于 2022-12-17 12:19
这个图的做法是先算出中心的位置，然后计算各组分中的原子到中心的距离，分别统计画出直方图并归一化，由于 ...

谢谢老师，请问怎么算中心的位置再算各组分中的原子到中心的距离呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-18 10:50

961106 发表于 2022-12-18 10:23
谢谢老师，请问怎么算中心的位置再算各组分中的原子到中心的距离呀？

中心的位置在哪看具体体系，自己最清楚，既可能是固定的也可能不固定

距离中心的距离自己写VMD tcl脚本统计就完了。这是北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的相关例子，课上非常详细讲怎么编写脚本

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作者
Author: 961106 时间: 2022-12-18 15:26

sobereva 发表于 2022-12-18 10:50
中心的位置在哪看具体体系，自己最清楚，既可能是固定的也可能不固定

距离中心的距离自己写VMD tcl脚 ...

谢谢老师，我参加过您的培训，刚才翻看了讲义里的这部分内容，我的体系也是气相中的液滴，但是我添加了电场，所以液滴在模拟过程中一直发生移动，请问老师对于这种体系中心移动的情况，如何在脚本文件里修改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-18 18:22

961106 发表于 2022-12-18 15:26
谢谢老师，我参加过您的培训，刚才翻看了讲义里的这部分内容，我的体系也是气相中的液滴，但是我添加了电 ...

求体系的几何中心作为被统计的中心，或者trjconv结合-center把体系居中

作者
Author: Weijie 时间: 2023-3-30 12:18

sobereva 发表于 2022-12-18 10:50
中心的位置在哪看具体体系，自己最清楚，既可能是固定的也可能不固定

距离中心的距离自己写VMD tcl脚 ...

老师，我用VMD TkConsole导入报错 invalid conmmand name "rangenum"

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 05:19

Weijie 发表于 2023-3-30 12:18
老师，我用VMD TkConsole导入报错 invalid conmmand name "rangenum"

没有以正确方式运行
不要用“导入”这种含糊其辞的描述

作者
Author: Weijie 时间: 2023-4-2 11:39

sobereva 发表于 2023-4-1 05:19
没有以正确方式运行
不要用“导入”这种含糊其辞的描述

好的老师，谢谢老师

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