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标题: 求助：gmx模拟轨迹的选取，是否需要使用-pbc nojump [打印本页]

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-12-18 15:57
标题: 求助：gmx模拟轨迹的选取，是否需要使用-pbc nojump
请问下各位老师，gmx模拟完成之后想截取一段轨迹利用tcl脚本结合VMD做一些统计分析，截取的轨迹的命令是用

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还是说在此基础上使用-pbc nojump才行，即：

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Author: sobereva 时间: 2022-12-18 18:16
完全看你的轨迹特征（是否涉及到跑出盒子），以及具体分析什么（是否牵扯到跑出盒子的部分），以及你的分析命令/脚本（是否自动就能考虑周期性），显然没有统一答案

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-12-18 19:32

sobereva 发表于 2022-12-18 18:16
完全看你的轨迹特征（是否涉及到跑出盒子），以及具体分析什么（是否牵扯到跑出盒子的部分），以及你的分析 ...

卢老师，我的轨迹涉及到跑出盒子，分析的对象扯到跑出盒子的部分，分析脚本不能考虑周期性，因此是不是得加上-pbc nojump

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-20 16:09

wangyueda 发表于 2022-12-18 19:32
卢老师，我的轨迹涉及到跑出盒子，分析的对象扯到跑出盒子的部分，分析脚本不能考虑周期性，因此是不是得 ...

看具体情况、脚本具体是分析什么的

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-12-20 20:39

sobereva 发表于 2022-12-20 16:09
看具体情况、脚本具体是分析什么的

分析配位数的老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 21:43

wangyueda 发表于 2022-12-20 20:39
分析配位数的老师

观看轨迹，肉眼凭常识对比用不用nojump的时候配位数是否发生改变，便知是否需要处理轨迹

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-12-24 20:38

sobereva 发表于 2022-12-23 21:43
观看轨迹，肉眼凭常识对比用不用nojump的时候配位数是否发生改变，便知是否需要处理轨迹

好的谢谢老师

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