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标题: 求助MD过程中出现LINCS WARNING报错，该如何解决？ [打印本页]

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Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-20 09:30
标题: 求助MD过程中出现LINCS WARNING报错，该如何解决？
本帖最后由飞翔的胖吉于 2022-12-20 09:30 编辑

各位前辈，请教一下，

我想模拟蛋白质在氧化石墨烯表面的吸附过程，其中蛋白质结构是PDB现成，氧化石墨烯是自己构建，含OH COOH O等基团，（GO的整体gro和top文件作为附件上传），我在进行5000steps EM.1 ns NVT和60 ns MD的时候，会出现LINCS WARNING的报错，具体见截图：
我现在的疑惑是，在60ns的成品模拟的时候会出现如下的报错信息，
目前我以重复两遍操作，都有报错，两次的区别是，我对EM.mdp的emtol从200降到100, 尝试将结构稳定，为了研究蛋白在GO上的变化，我将C原子固定（功能集团不固定）。

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Author: sobereva 时间: 2022-12-20 16:14
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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Author: 熊小熊 时间: 2022-12-22 14:45
你可以把你的冻结处理一下，让其中一个方向别冻结。

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Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-22 15:40

熊小熊发表于 2022-12-22 14:45
你可以把你的冻结处理一下，让其中一个方向别冻结。

我先单独使用GO文件试试，一项一项排除（蛋白和氧化石墨烯结构一起不好分析），不过不太清楚你说的解除一个方向有是什么原理。谢谢，我可以先试试

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-22 15:54

熊小熊发表于 2022-12-22 14:45
你可以把你的冻结处理一下，让其中一个方向别冻结。

只冻结X Y ，不冻Z，还是会有很多LINCS WARNING. 我也觉得得检查gro文件和itp文件，但是我自己太菜，看不出有啥问题，在vmd里面看着也没啥异常，如果大佬有时间，可以抽时间看看我附件的文件，看看有啥异常

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Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-22 15:55

sobereva 发表于 2022-12-20 16:14
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢社长，我也觉得得检查gro文件和itp文件，但是我自己太菜，看不出有啥问题，在vmd里面看着也没啥异常

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