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标题: 求助：用gmx计算体积得到0 [打印本页]
作者
Author: FrancisLi    时间: 2022-12-20 10:16
标题: 求助：用gmx计算体积得到0
各位老师好，我想用gromacs来算分子中部分原子所占的体积，所以就写了个index.ndx文件，把分子中其中几个原子分成一个group，然后用这个命令gmx density -n index.ndx -s eql.tpr -f eql.trr来计算这些原子的体积，但是得到的density.xvg文件是这样的，除了前几行有数据，剩下都是0，请问是什么原因呀？感谢！
  1. @    title "Partial density"
  2. @    xaxis  label "Coordinate (nm)"
  3. @    yaxis  label "Density (kg m\S-3\N)"
  4. @TYPE xy
  5. @ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
  6. @ legend on
  7. @ legend box on
  8. @ legend loctype view
  9. @ legend 0.78, 0.8
  10. @ legend length 2
  11. @ s0 legend "group1"
  12.    0.0961683       0.00186901
  13.     0.288505        0.0227613
  14.     0.480841          0.13719
  15.     0.673178         0.382046
  16.     0.865515         0.675754
  17.      1.05785          1.21879
  18.      1.25019          1.27317
  19.      1.44252          1.64769
  20.      1.63486          2.69168
  21.       1.8272          2.37879
  22.      2.01953         0.790135
  23.      2.21187        0.0645819
  24.      2.40421                0
  25.      2.59654                0
  26.      2.78888                0
  27.      2.98122                0
  28.      3.17355                0
  29.      3.36589                0
  30.      3.55823                0
  31.      3.75056                0
  32.       3.9429                0
  33.      4.13524                0
  34.      4.32757                0
  35.      4.51991                0
  36.      4.71225                0
  37.      4.90458                0
  38.      5.09692                0
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作者
Author: sobereva    时间: 2022-12-20 16:42
gmx density是算密度曲线的，本来就不是算体积的。为0说明相应位置没有你选择的原子分布，一看轨迹就知道是什么情况



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