计算化学公社

标题: DNA模拟中超过边界盒子，分成两半，应该如何解决 [打印本页]

作者
Author: Limbei 时间: 2022-12-21 15:44
标题: DNA模拟中超过边界盒子，分成两半，应该如何解决
[url=]图片 Image[/url][url=]如图所示的DNA与聚合物在NPT预平衡过程中可能是由于超出边界盒子，一半跑到另一边去了，这样的结果会影响到后面的模拟吗？在可视化的时候有没有什么解决办法呢？谢谢大家的帮助。[/url]

作者
Author: CHC 时间: 2022-12-21 17:00
你处理下轨迹的周期性，gmx trjconv 后面加上 -pbc mol 试试

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 13:14
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

还有一种情况是被计算RMSD的对象是由多个分子组成的，比如有多条链的蛋白、蛋白+配体复合物、含有两条链的核酸，这种情况可能模拟中途只有其中一部分跑出盒子而另一部分还在盒子内，光是用-pbc mol保持单分子完整的话此对象的不同部分还是分家的，对这种情况需要用gmx trjconv结合-pbc cluster让指定的组在轨迹中一直保持完整

作者
Author: Limbei 时间: 2022-12-27 13:32

sobereva 发表于 2022-12-23 13:14
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-271 ...

谢谢老师，我再好好看看！

作者
Author: Limbei 时间: 2022-12-27 13:34

CHC 发表于 2022-12-21 17:00
你处理下轨迹的周期性，gmx trjconv 后面加上 -pbc mol 试试

谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)