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标题: 求助如何用Sobtop较为简单快捷的构建氧化石墨烯的topology文件？ [打印本页]

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: 2022-12-22 15:45
标题: 求助如何用Sobtop较为简单快捷的构建氧化石墨烯的topology文件？
请问一下各位大神，我想模拟蛋白质在氧化石墨烯表面的吸附过程。现在想获取氧化石墨烯的topology文件。请问有什么简单的方法吗？
我目前使用vmd先构建25x10 nm的PG.pdb文件，然后使用GOPY.py程序获得了GO.pdb文件。（源文件在附件中，原子类型都被程序重命名了），现在我的困惑就是怎么使用GO.pdb文件获取topology文件？

1. 我尝试过使用x2top去生成，但是GO的结构太大，我在描述成键关系的时候，可能有错误，导致x2top的时候出现无法找到原子名的报错；
2. 我尝试使用Sobtop去生成，但是examples里面只有石墨烯和二氧化硅的案例，对于如何生成GO.itp GO.top等文件，我自己还无法触类旁通，所以在此想向各位前辈求教，有没有比较详细的指导。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 13:34
http://sobereva.com/soft/Sobtop里的构建周期性体系拓扑文件的例子已经充分体现assign_AT.dat怎么定义，assign_AT.dat里的注释也写得很明白，根据实际情况举一反三去写就完了。尤其是你如果之前用过x2top手写过n2t文件，更不可能不知道sobtop怎么结合assign_AT.dat创建这类体系的拓扑文件。

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