计算化学公社

标题: nvt步骤出现错误太多的报错应该如何解决 [打印本页]

作者
Author: kellyisgood 时间: 2022-12-23 12:23
标题: nvt步骤出现错误太多的报错应该如何解决
运行命令：
gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr

报错提示

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 13:12
显然先去看上面提示的warning弄清楚到底是什么，无害的加-maxwarn 1直接忽略，不能忽略的该怎么解决怎么解决

作者
Author: kellyisgood 时间: 2022-12-23 15:07

sobereva 发表于 2022-12-23 13:12
显然先去看上面提示的warning弄清楚到底是什么，无害的加-maxwarn 1直接忽略，不能忽略的该怎么解决怎么解 ...

社长您好，请问这种可以忽略吗，第一次学gromacs 不太明白~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 21:55

kellyisgood 发表于 2022-12-23 15:07
社长您好，请问这种可以忽略吗，第一次学gromacs 不太明白~

仔细检查UNK0分子的提示中提到的原子间的bond项的力常数，弄清楚是否合理。没细节信息，别人也不知道这些是什么原子、参数是多少
如果用2fs步长而且体系含氢的话，记得总要开constraints = hbonds

作者
Author: kellyisgood 时间: 2022-12-24 19:48

sobereva 发表于 2022-12-23 21:55
仔细检查UNK0分子的提示中提到的原子间的bond项的力常数，弄清楚是否合理。没细节信息，别人也不知道这些 ...

明白了谢谢老师

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