计算化学公社

标题: 求助：amber计算MMGBSA结果分析问题 [打印本页]

作者
Author: Jiao 时间: 2022-12-23 14:44
标题: 求助：amber计算MMGBSA结果分析问题
各位老师好。请教一下：我用amber计算MMGBSA，算完之后输出文件中的结果和文献中表格列出来的数据不一样呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 16:39
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
细节不充分，问题没意义

作者
Author: rpestana94 时间: 2022-12-23 16:55
Are basically the same
ESURF is the nonpolar contribution to the solvation free energy, so is delta G nopol, sol
EGB is he electrostatic contribution to the solvation free energy, delta G pol,sol

In the table Delta Emm is the sum of Ebond+Evdwaals+Eelec

you can check the amber manual and tutorial for more information, and here in this paper is a rought description of the terms (https://www.mdpi.com/1420-3049/25/22/5334/htm)

作者
Author: Jiao 时间: 2022-12-27 14:03

rpestana94 发表于 2022-12-23 16:55
Are basically the same
ESURF is the nonpolar contribution to the solvation free energy, so is delta ...

收到，谢谢您

作者
Author: Jiao 时间: 2022-12-27 14:03

sobereva 发表于 2022-12-23 16:39
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

收到，谢谢老师纠正。

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