计算化学公社

标题: 计算过渡态出现两个虚频，第二个虚频无法消除 [打印本页]

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-23 15:06
标题: 计算过渡态出现两个虚频，第二个虚频无法消除
各位老师，我在计算过渡态时，结果出现了两个虚频，一个是正常的虚频，震荡方向符合反应成键方向，但是又出现了一个极小的虚频，用了帖子上很多方法无法消除，Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)。想问一下各位老师还有没有什么方法可以尝试。下面是需要除去的小虚频震荡的方向。
(, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7)
我刚开始设置的参数为：#p opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis) freq ub3lyp/genecp em=gd3bj 计算结果出现两个虚频
根据sob老师的帖子，我重新设置参数为： (, 下载次数 Times of downloads: 4) ，结果还是出现两个虚频，和之前一样
然后又采用了 (, 下载次数 Times of downloads: 5) 结果依然是出现两个虚频，和之前一样
后来又采用 (, 下载次数 Times of downloads: 3) 跑了几步之后出现错误 (, 下载次数 Times of downloads: 4)
还采取了 (, 下载次数 Times of downloads: 4) ，也出现了错误 (, 下载次数 Times of downloads: 4)
尝试了很多办法也消除不了，请给位老师帮忙看一下，非常感谢！

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-12-23 16:25
http://sobereva.com/61

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 16:40
说清楚Gaussian具体修订版。G09 D.01的D3(BJ)算频率有bug，这是众所周知的常识

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-23 17:15

sobereva 发表于 2022-12-23 16:40
说清楚Gaussian具体修订版。G09 D.01的D3(BJ)算频率有bug，这是众所周知的常识

老师，软件是别人安装的，我也搞不清楚具体的版本号。那应该怎么办啊

作者
Author: wjc404 时间: 2022-12-23 18:30

gjf 发表于 2022-12-23 17:15
老师，软件是别人安装的，我也搞不清楚具体的版本号。那应该怎么办啊

输出文件的前100行里，找“Cite this work as”的下一行。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 21:58

gjf 发表于 2022-12-23 17:15
老师，软件是别人安装的，我也搞不清楚具体的版本号。那应该怎么办啊

哪个主流程序输出文件里不体现版本号

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-24 10:57

wjc404 发表于 2022-12-23 18:30
输出文件的前100行里，找“Cite this work as”的下一行。

谢谢，找到了

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-24 10:58
本帖最后由 gjf 于 2022-12-24 11:01 编辑

sobereva 发表于 2022-12-23 21:58
哪个主流程序输出文件里不体现版本号

老师，就是G09 D.01，那这种情况怎么解决呢，只能重新安装新版本吗 (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: PoorChaos 时间: 2022-12-24 11:03

gjf 发表于 2022-12-24 10:58
老师，就是G09 D.01，那这种情况怎么解决呢，只能重新安装新版本吗

换E 01 或者G16。开动脑筋，你懂的

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-24 11:14

PoorChaos 发表于 2022-12-24 11:03
换E 01 或者G16。开动脑筋，你懂的

老师，只能安装新版本吗，有没有其他解决方法啊

作者
Author: sai77 时间: 2022-12-24 12:05

gjf 发表于 2022-12-24 11:14
老师，只能安装新版本吗，有没有其他解决方法啊

安装新版本是最简单最彻底的解决方法。
不想重新安装，那就换零阻尼重算。

DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
“注意G09 D.01版D3(BJ)计算频率时色散校正的贡献是不完全准确的，因为忽略掉了依赖于r^-8的那项。对于力常数较大（较硬）的振动模式这个问题的影响可忽略，但对于力常数较小（较软）的振动模式就会造成一定误差，往往会导致虚频的出现（即便优化后已经准确处在极小点位置了）。但是零阻尼没有这个问题，所以G09 D.01的用户如果要算频率的话，还是在零阻尼下优化为宜。不过D3(BJ)的这个问题在G09 E.01版已经得到了修正。”

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-24 12:21

sai77 发表于 2022-12-24 12:05
安装新版本是最简单最彻底的解决方法。
不想重新安装，那就换零阻尼重算。

太感谢了，因为服务器不在身边，安装新版本有困难，我先按您说的试试，谢谢老师

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-12-24 12:54

gjf 发表于 2022-12-24 12:21
太感谢了，因为服务器不在身边，安装新版本有困难，我先按您说的试试，谢谢老师

这与“服务器不在身边”没有关系，就是用命令行解压压缩包、写好环境变量，几分钟的事。

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-24 13:49

zjxitcc 发表于 2022-12-24 12:54
这与“服务器不在身边”没有关系，就是用命令行解压压缩包、写好环境变量，几分钟的事。

老师，那怎么把新版本的安装包远程弄到服务器上呢，服务器是linux系统，我是新手对这个确实很迷惑

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-12-24 14:07

gjf 发表于 2022-12-24 13:49
老师，那怎么把新版本的安装包远程弄到服务器上呢，服务器是linux系统，我是新手对这个确实很迷惑

把安装包上传就行了。。。你总是使用某个软件登录服务器的吧，比如SSH Secure Shell Client, MobaXterm, XShell等等，这些软件都有上传文件的功能。

作者
Author: gjf 时间: 2022-12-24 14:40

zjxitcc 发表于 2022-12-24 14:07
把安装包上传就行了。。。你总是使用某个软件登录服务器的吧，比如SSH Secure Shell Client, MobaXterm, ...

谢谢老师，茅塞顿开，太感谢了

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