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标题: gromacs如何实现恒速剪切？ [打印本页]

作者
Author: fxuan 时间: 2022-12-23 17:09
标题: gromacs如何实现恒速剪切？
大家好，最近想使用GROMACS来实现对膜蛋白的恒速剪切，在GROMACS的参考手册中找到了两种方法（https://manual.gromacs.org/curre ... ecial/shearing.html），一种是使用deform来进行盒子的变形，另一种是使用自由能lambda-耦合方法。在尝试的过程中遇到了一些问题想请教一下大家：

1. 使用deform对膜蛋白进行剪切是否可行，因为盒子的变形会赋予膜层一个速度，这样是不是与现实的条件不相符？

2. 我构建了一个水盒子来尝试了自由能耦合的方法，水盒子的上下设置了两个虚拟的wall，水盒子下层1nm 三个方向冻结，相当于一个不动的显示墙，水盒子上层1nm冻结了z方向的运动。在grompp命令中使用了了-r restraint.gro文件，该文件主要是将水盒子的上层 1nm 的水分子的坐标在x方向上向着剪切的方向移动了1 nm（即x坐标+1nm）。然后再mdp文件中设置了delta-lambda和init-lambda，但是并没有出现上层水分子的运动，可能是我没有理解这个方法的关键要素。附件为我所使用的模拟文件。请问大家我是否哪里出现了问题？

希望可以解决上述的问题，谢谢大家！

作者
Author: GNMRZ 时间: 2024-3-3 14:37
您好，您之前遇到剪切的这个问题解决了吗？

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