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标题: 为使用ORCA在集群上安装OpenMPI无法显示OpenMPI版本 [打印本页]

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Author: 火车头 时间: 2022-12-24 19:27
标题: 为使用ORCA在集群上安装OpenMPI无法显示OpenMPI版本
本帖最后由火车头于 2022-12-24 19:34 编辑

大家好，楼主小白，按sob老师的帖子在小集群上安装ORCA（之前已先在单机虚拟机里成功安装，通过测试），但在集群上安装的时候无法通过测试：
ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4 /opt/soft/ORCA/orca502/orca_gtoint_mpi test.int.tmp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run

我回头重新编译OpenMPI未发现什么报错，但是mpiexec -V无法识别OpenMPI版本，实在不知道哪里出了问题，还请大佬指导
[root@Master ~]# which mpiexec
/opt/soft/OpenMPI/openmpi411/bin/mpiexec

[root@master ~]# mpiexec -V
mpiexec: Error: unknown option "-V"

.bashrc设置的环境变量如下：
export PATH=/opt/soft/OpenMPI/openmpi411/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/soft/OpenMPI/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$PATH:/opt/soft/ORCA/orca502
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/soft/ORCA/orca502
alias orca='/opt/soft/ORCA/orca502/orca'
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

服务器里原先还有intel，之前厂商在/etc/profile里写了环境变量，被我注释掉了，上述问题没有得到解决。
#source /opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/bin/mpivars.sh
#source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/ifortvars.sh intel64
#source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/iccvars.sh intel64
#source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/bin/mklvars.sh intel64
ORCA使用5.0.2静态库版本，OpenMPI使用对应的4.1.1版本，已经成功安装gfortran，gcc，g++

作者
Author: abin 时间: 2022-12-24 20:19
参考
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html

yum/dnf install apptainer 应该很简单的。

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Author: zjxitcc 时间: 2022-12-24 20:50
Intel编译器躺枪，与它无关。能运行以下4行命令然后截图展示结果么？
which gfortran
gfortran --version
which mpirun
mpirun --version
另外，既然是测试例子，没有保密性问题，建议直接上传输出文件，看得更清楚。

作者
Author: 火车头 时间: 2022-12-24 22:41
新上传了输入输出文件

作者
Author: 火车头 时间: 2022-12-24 22:41

zjxitcc 发表于 2022-12-24 20:50
Intel编译器躺枪，与它无关。能运行以下4行命令然后截图展示结果么？
which gfortran
gfortran --version ...

感谢大佬回复，我运行了您提供的几个命令，也上传了输入输出文件

作者
Author: 火车头 时间: 2022-12-24 22:48

abin 发表于 2022-12-24 20:19
参考
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html

感谢，我再尝试更“官方”些的方式能不能解决。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-12-24 23:05

火车头发表于 2022-12-24 22:41
新上传了输入输出文件

没有mpirun，可能原因：（1）编译过程虽无报错，但没编译成功，没有生成可执行文件；（2）编译成功了，但环境变量没写对。可以运行ls /opt/soft/OpenMPI/openmpi411/bin看看，如果几乎是空的，那就是没编译成功

作者
Author: 火车头 时间: 2022-12-26 09:03

zjxitcc 发表于 2022-12-24 23:05
没有mpirun，可能原因：（1）编译过程虽无报错，但没编译成功，没有生成可执行文件；（2）编译成功了，但 ...

谢谢！已经解决了，我就是按之前完全一样的方式有一次重新编译了一下openmpi，这次就可以了，，，虽然好了，但还是不知道怎么好的

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-12-26 11:20

火车头发表于 2022-12-26 09:03
谢谢！已经解决了，我就是按之前完全一样的方式有一次重新编译了一下openmpi，这次就可以了，，，虽然好 ...

就是我在7楼说的原因（1）

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Author: 火车头 时间: 2022-12-26 11:22

zjxitcc 发表于 2022-12-26 11:20
就是我在7楼说的原因（1）

是的，原因是这样。但是完全一样的方法步骤，为什么之前（四次）编译没成功不知道原因

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Author: cokie 时间: 2023-6-9 23:46
楼主您好，想请问一下，您在集群上安装orca，是把orca上传到集群里，然后在shell里按http://sobereva.com/451帖子里的方法安装的吗？

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Author: 火车头 时间: 2023-6-14 15:34

cokie 发表于 2023-6-9 23:46
楼主您好，想请问一下，您在集群上安装orca，是把orca上传到集群里，然后在shell里按http://sobereva.com/4 ...

是的

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