计算化学公社

标题: 请问金属蛋白建模，如何在蛋白质上加入配体金属离子 [打印本页]

作者
Author: longwenjun 时间: 2022-12-25 16:54
标题: 请问金属蛋白建模，如何在蛋白质上加入配体金属离子
gromacs小白一枚，做蛋白质，之前课题组一直用的都是纯蛋白质，导师希望我在蛋白质三股螺旋的羧基上配位分别一个Cr3+和Zr4+，想问一下这个要怎么配位上去，最好步骤可以详细一点，十分感谢，螺旋分子量30000左右，用GSview太卡了；蛋白质模型是用的the buscr建立的，然后用scwrl替换的羟脯氨酸。

作者
Author: casea 时间: 2022-12-25 18:14
1. 看原始pdb中有无该离子
2. 使用Discovery studio或者其他软件摆放
3. 如果离子与氨基酸形成了共价键，需要自己构建力场参数
4. 你所用的离子可能需要自己找力场参数

作者
Author: longwenjun 时间: 2022-12-25 18:49

casea 发表于 2022-12-25 18:14
1. 看原始pdb中有无该离子
2. 使用Discovery studio或者其他软件摆放
3. 如果离子与氨基酸形成了共价 ...

非常感谢，之前是纯蛋白，里面没有金属离子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-25 19:00
没有叫GSview的程序，那叫GaussView
>=几千原子的体系基本没人用GaussView。VMD虽然不擅长建模，但对于挪动离子到合适的位置是完全没问题的
始终说原子数，永远不要只说分子量

作者
Author: longwenjun 时间: 2022-12-27 09:00

sobereva 发表于 2022-12-25 19:00
没有叫GSview的程序，那叫GaussView
>=几千原子的体系基本没人用GaussView。VMD虽然不擅长建模，但对于挪 ...

非常感谢sob老师的回复

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