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标题: 求助amber14SB和charmm36力场 md.mdp文件问题 [打印本页]

作者
Author: FHFH 时间: 2022-12-26 17:28
标题: 求助amber14SB和charmm36力场 md.mdp文件问题
(, 下载次数 Times of downloads: 52)
问题1：amber14SB立场下，vdw-modifier 选择 potential-shift-Verlet情况下，rvdw-switch是否无需设置，默认为0？
问题2：关于温度耦合常数和压力耦合常数，应该如何设置值的大小？
问题3：nose-hoover 和 Parrinello-Rahman 在md.mdp中联合使用与 v-rescale 和 Parrinello-Rahman 以及 v-rescale 和 berendsen ，这三种方法各自有什么区别，对于蛋白质和复合物的模拟常用哪一种方法？

最后，上述md.mdp文件还有什么需要改进的地方吗？

谢谢大家热情解答！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

1 对于AMBER力场，vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet就完了，没必要自己设别的。rvdw用1.0

CHARMM36用GROMACS手册里建议的非键作用的mdp设置

2、3 热浴一律用V-rescale，tau_t通常0.2。平衡相用Berendsen压浴tau_p = 0.5，产生相用PR压浴tau_p = 2.0

不懂的别自己乱设，诸如fourierspacing用默认的0.12比你自己设的0.16精度更高

作者
Author: FHFH 时间: 2022-12-28 14:54

sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的，谢谢老师的解答

作者
Author: CCCCCC921 时间: 2023-9-29 21:32
您好，请问amber14sb力场的所有mdp文件和charmm36的是都不一样吗，还是只有md.mdp文件不一样呢；您知道有能找到amber14sb力场所有相关的mdp文件的网址吗，能否推荐一下

作者
Author: zdworld 时间: 2023-10-1 00:11

sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

产生相可以用c-rescale吗？PR非常容易崩。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-1 06:41

zdworld 发表于 2023-10-1 00:11
产生相可以用c-rescale吗？PR非常容易崩。

可以
PR已经没多少存在价值了，正如同V-rescale已经取代了Nose-Hoover一样

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-2-20 10:11

sobereva 发表于 2023-10-1 06:41
可以
PR已经没多少存在价值了，正如同V-rescale已经取代了Nose-Hoover一样

请问sob老师，现在压力耦合一般用什么耦合器？看文献在产生相用的比较多的还是PR，有更好的上位替代吗？

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-2-20 17:16

CCCCCC921 发表于 2023-9-29 21:32
您好，请问amber14sb力场的所有mdp文件和charmm36的是都不一样吗，还是只有md.mdp文件不一样呢；您知道有能 ...

charmm-gui，最后选择力场的时候可以选charmm或者amber

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-20 23:43

youknowdcf 发表于 2024-2-20 10:11
请问sob老师，现在压力耦合一般用什么耦合器？看文献在产生相用的比较多的还是PR，有更好的上位替代吗？

C-rescale目前是最理想的，类似于velocity-rescale在热浴里的地位

参见北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 45)

产生相一用PR没什么问题，但如果发现异常震荡、盒子尺寸维持不好之类情况，改用c-rescale或Berendsen

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-2-21 09:56

sobereva 发表于 2024-2-20 23:43
C-rescale目前是最理想的，类似于velocity-rescale在热浴里的地位

参见北京科音分子动力学与GROMACS培 ...

感谢sob老师解惑

作者
Author: 1154975925 时间: 2024-8-21 09:29
感谢

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-1-7 12:21

sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

sob老师，对于gaff力场，和amber力场设置一样吗？vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet，rvdw和PME都用1.0。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-8 03:21

xishaofan 发表于 2025-1-7 12:21
sob老师，对于gaff力场，和amber力场设置一样吗？vdw-modifier用GROMACS默认的Potential-shift-Verlet，r ...

一样

作者
Author: 团团团子zzz 时间: 2025-5-13 22:05

sobereva 发表于 2022-12-26 21:34
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

请问老师，如果已经用ff14SB力场计算，cutoff都设成1.2nm会影响结果精度吗？
我的理解是，因为有PME，所以不会影响静电相互作用的准确性。但是rvdw=1.2会不会影响结果，我不太确定。想请教一下老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-13 23:36

团团团子zzz 发表于 2025-5-13 22:05
请问老师，如果已经用ff14SB力场计算，cutoff都设成1.2nm会影响结果精度吗？
我的理解是，因为有PME，所 ...

不会影响结果精度，但没有任何意义非得刻意用1.2。通常rcoulomb和rvdw保持一致，而范德华作用用截断方式计算，rvdw越大耗时越高

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