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标题: 本人在测试蛋白内距离很远的两个残基能量分析，对结果很不理解 [打印本页]

作者
Author: Jeffrey_Chen 时间: 2022-12-27 16:25
标题: 本人在测试蛋白内距离很远的两个残基能量分析，对结果很不理解
各位老师好，本人在测试蛋白内距离很远的两个残基r_1  r_40的能量用gmx energy命令完成，结果如下：
Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift-------------------------------------------------------------------------------
Coul-SR:r_3-r_3          -32.1819       1.8 6.69846    7.2695  (kJ/mol)
LJ-SR:r_3-r_3          -0.304879    0.21 1.42331 0.831618  (kJ/mol)
Coul-14:r_3-r_3          147.515       2.3 8.08659 -8.93243  (kJ/mol)
LJ-14:r_3-r_3             3.17568    0.15 1.49495  0.0928193  (kJ/mol)

Coul-SR:r_3-r_40                0       0       0       0  (kJ/mol)
LJ-SR:r_3-r_40                   0       0       0       0  (kJ/mol)
Coul-14:r_3-r_40          288.422    0.76 6.55237 3.44614  (kJ/mol)
LJ-14:r_3-r_40             39.7806    0.47 5.54428 0.446218  (kJ/mol)

Coul-SR:r_40-r_40       -157.823    0.84 5.63912 -3.67618  (kJ/mol)
LJ-SR:r_40-r_40          -7.07108    0.46 1.40126 1.57915  (kJ/mol)
Coul-14:r_40-r_40                0       0       0       0  (kJ/mol)
LJ-14:r_40-r_40                0       0       0       0  (kJ/mol)

有两处很不理解
，1）残基r_3与r_40距离很远，Coul-SR:r_3-r_40 =0， LJ-SR:r_3-r_40 =0 可以理解，但为何Coul-14:r_3-r_40 = 288.422  LJ-14:r_3-r_40 =39.78 都不为零，并且数值非常大；
2）对于r_3残基内部的14作用，Coul-14:r_3-r_3=147.515 ， LJ-14:r_3-r_3 =3.17568  都不为零，但为何r_40残基内部14作用都为0

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-28 03:20
只能怀疑是组里面原子序号定义有问题，也没什么其它可能

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