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标题: 请问使用sobtop生成了top和分子的itp文件后还需要include amber或GAFF的力场文件吗？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-27 16:34
标题: 请问使用sobtop生成了top和分子的itp文件后还需要include amber或GAFF的力场文件吗？
我运行了一下好像是不需要include力场文件就直接可以运行GROMACS，那力场文件中的bondtypes、constrainttypes、angletypes和dihedraltypes字段是直接被itp中的诸多项代替了吗？

作者
Author: naoki 时间: 2022-12-27 17:06
生成的itp自带完整力场参数不需要include amber或GAFF的力场文件

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-27 20:15

naoki 发表于 2022-12-27 17:06
生成的itp自带完整力场参数不需要include amber或GAFF的力场文件

那请问力场文件中的bondtypes、constrainttypes、angletypes和dihedraltypes字段有什么用呢？正常的itp文件中是不是可以不包括那些项的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-28 03:23

UTM 发表于 2022-12-27 20:15
那请问力场文件中的bondtypes、constrainttypes、angletypes和dihedraltypes字段有什么用呢？正常的itp文 ...

这都是GROMACS基本使用常识问题，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里都讲得很详细

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作者
Author: UTM 时间: 2022-12-28 12:18

sobereva 发表于 2022-12-28 03:23
这都是GROMACS基本使用常识问题，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/worksho ...

收到，谢谢sob老师。

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