计算化学公社

标题: 跑MS单路5900x秒双路EPYC 7R32,请问问题出在哪里呢 [打印本页]

作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-28 22:46
标题: 跑MS单路5900x秒双路EPYC 7R32,请问问题出在哪里呢
本帖最后由 faylovesnow 于 2022-12-28 23:04 编辑

如题,跑MS,单路5900x秒双路EPYC 7R32,请问问题出在哪里呢?
双路是7r32两颗,内存64g
单路是5900x一颗,内存64g

作者
Author:
sobereva    时间: 2022-12-29 02:32
这种事先把所有计算细节交代清楚再说

7R32单核性能远不如5900X,显然对于并行效率低的程序/任务,前者吃大亏

作者
Author:
牧生    时间: 2022-12-29 09:42
本帖最后由 牧生 于 2022-12-29 10:17 编辑

5900x,12核心,24线程,  主频:3.7GHz 动态加速频率:4.8GHz
7R32,48核心,96线程, 频率2.8GHz,加速频率为3.3GHz

对于MS这种大约10线程就达到上限的软件,显然,对于跑单个任务,5900x占上风。但7R32的优势在于核心多,可以同时跑多个任务。
所以,如果有少量任务,就图个快,用5900x比较好。。如果有多个任务想一起跑,就用7R32

作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-29 10:16
sobereva 发表于 2022-12-29 02:32
这种事先把所有计算细节交代清楚再说

7R32单核性能远不如5900X,显然对于并行效率低的程序/任务,前者吃 ...

明白了,应该是ms并行效率太差的缘故是吧?那是不是我内存只插了两根的缘故呢?但是内存占用率只有20g左右,我以为没必要加内存。
作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-29 10:17
牧生 发表于 2022-12-29 09:42
5900x,12核心,24线程,  主频:3.7GHz 动态加速频率:4.8GHz
7R32,48核心,96线程, 频率2.8GHz,加速频率 ...

10线程就上限了啊。太坑了。
作者
Author:
牧生    时间: 2022-12-29 10:25
本帖最后由 牧生 于 2022-12-29 10:27 编辑

我的台式机,6核6线程,8G内存,满载频率可达3.8 GHz
我的服务器,32核64线程,192G内存,频率 3.1GHz

据我以前的使用经验,服务器上,8~10线程就达到上限了,继续提高核数或者线程数,不会带来多少速度的提升。关闭超线程可以稍微提高一丁点速度,但非常不明显,还不如打开超线程,同时跑多个任务。

由于台式机U的频率更高,所以对于单个任务,台式机还会相对更快一点。

我最初就是用8个线程跑一个Ms任务,一共8个任务一起跑。
但由于速度实在太慢,后来硬着头皮转向了gmx,使用了gpu加速,啊,真香!



作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-29 10:28
牧生 发表于 2022-12-29 10:25
我的台式机,6核6线程,8G内存,满载频率可达3.8 GHz
我的服务器,32核64线程,192G内存,频率 3.1GHz

看来还是要硬着头皮转gmx了
作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-29 10:29
牧生 发表于 2022-12-29 10:25
我的台式机,6核6线程,8G内存,满载频率可达3.8 GHz
我的服务器,32核64线程,192G内存,频率 3.1GHz

感谢指点,您不说我还以为是我内存瓶颈了 ,那我抓紧用gmx跑跑试试
作者
Author:
sobereva    时间: 2022-12-30 01:35
faylovesnow 发表于 2022-12-29 10:16
明白了,应该是ms并行效率太差的缘故是吧?那是不是我内存只插了两根的缘故呢?但是内存占用率只有20g左 ...

内存容量和内存带宽完全是两个概念
双路7R32就用两个内存通道,并行核数多的情况,性能瓶颈完全在内存带宽上。原本能用16个内存通道的机子就用两个内存通道,这是完全难以置信的事
作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-30 15:25
sobereva 发表于 2022-12-30 01:35
内存容量和内存带宽完全是两个概念
双路7R32就用两个内存通道,并行核数多的情况,性能瓶颈完全在内存带 ...

那舍长的意思是我把内存插满的话,计算速度应该会大幅度提升是吧?
作者
Author:
sobereva    时间: 2022-12-31 00:45
faylovesnow 发表于 2022-12-30 15:25
那舍长的意思是我把内存插满的话,计算速度应该会大幅度提升是吧?

只是个大概率制约性能发挥的可能因素,但对当前任务来说未必是瓶颈(最大的瓶颈可能在程序的并行效率方面),毕竟经典力场的分子动力学对内存要求比较低
作者
Author:
faylovesnow    时间: 2022-12-31 09:47
sobereva 发表于 2022-12-31 00:45
只是个大概率制约性能发挥的可能因素,但对当前任务来说未必是瓶颈(最大的瓶颈可能在程序的并行效率方面 ...

谢谢舍长指点
作者
Author:
kkxcxx    时间: 2023-2-11 16:44
牧生 发表于 2022-12-29 09:42
5900x,12核心,24线程,  主频:3.7GHz 动态加速频率:4.8GHz
7R32,48核心,96线程, 频率2.8GHz,加速频率 ...

你好,请问10线程是10个cpu物理核心吗,还是5个超线程




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3