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标题: 请问-solvate和-insert molecules向盒子中填充溶剂分子在充分的平衡之后有什么区别？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-29 16:40
标题: 请问-solvate和-insert molecules向盒子中填充溶剂分子在充分的平衡之后有什么区别？
-solvate命令向盒子中填充的是经过NPT动力学模拟后充分平衡的单一溶剂分子；-insert molecules是只将提供的结构文件中的分子填充到盒子中，那这两者构建的体系在跑动力学的时候会有什么区别呢？经过充分长时间的动力学模拟之后得到的结果会有区别吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-29 18:32

以水为例，假设我要填充一个10X10X10nm的盒子，-solvate的好处在于，它基本能刚好把已知尺寸大小的盒子充满。

-insert molecules则是很难做到“基本刚好填满”，如果如果你填的分子数量太少，那么盒子就会很空，跑一下NPT，盒子就会收缩，小于预设的体积，需要自己重新再算浓度。如果你填的分子太多，那么就会填不进去，可能报错。

作者
Author: mol 时间: 2022-12-29 22:27
我理解solvate是把平衡好的水分子格子平移复制填充满你的模拟格子，insermolecules是随机撒点的方式去填充水分子，一般很难填充进去数量太多的分子，跑一段npt之后两者效果是一样的。

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-30 00:44

mol 发表于 2022-12-29 22:27
我理解solvate是把平衡好的水分子格子平移复制填充满你的模拟格子，insermolecules是随机撒点的方式去填充 ...

好的，我明白了，谢谢老师。

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-30 00:45

牧生发表于 2022-12-29 18:32
以水为例，假设我要填充一个10X10X10nm的盒子，-solvate的好处在于，它基本能刚好把已知尺寸大小的盒子充 ...

但是solvate是不是没法自己控制填进去的分子数呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-30 01:43

UTM 发表于 2022-12-30 00:45
但是solvate是不是没法自己控制填进去的分子数呀？

用-maxsol选项可以控制

作者
Author: UTM 时间: 2022-12-30 12:21

sobereva 发表于 2022-12-30 01:43
用-maxsol选项可以控制

好的，谢谢sob老师。

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