计算化学公社

标题: 在计算离子络合物的静电势的时候感觉数值不对 [打印本页]

作者
Author: 一昔a 时间: 2022-12-29 20:59
标题: 在计算离子络合物的静电势的时候感觉数值不对
本人在计算一个离子键络合的分子的静电势时候出现了如下问题，让我很是困惑：

分子式如附图所示，是通过磺酸根和类似铵根的静电吸附作用得到的产物，我首先优化得到了产物的结构，然后把两个分子部分拉到了很远的距离，计算差值得到了结合能，问题出在计算静电势的时候，计算得到产物的静电势如图所示，最大和最小能达到-60，70kcal/mol，然后把两部分拉远以后计算得到静电势之后仅仅只是个位数，这让我很困惑。两个部分是由于静电吸引结合在一起，按理说静电势会降低才是，至少静电势的极大值和极小值会降低，但是计算结果却完全相反，是我计算的过程出了什么问题吗？请教各位问题在哪里啊？

两部分gaussian计算如下图所示
%chk=tpe-ex.chk
%mem=80gb
%nprocshared=64
#p b3lyp 6-311++g** scrf=(solvent=Ethanol) em=gd3bj opt freq

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0 1

检查之后结构并无虚频，证明结构优化也没出现什么问题，自己实在不知道了，来请教请教各位

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-30 02:10
图片一律直接贴出来，不要作为附件上传
并且贴图前恰当剪切图像、设好分辨率、使用得当的格式，免得这样一个tif文件占一兆多浪费服务器空间
每个图对应什么情况都标注清楚

"然后把两部分拉远以后计算得到静电势之后仅仅只是个位数"病句，不知道你想描述什么。什么位置的静电势、具体数值是多少，都完全没体现

如果你是指你贴的png图里数值是个位数，这什么也不说明。具体分子表面静电势最大、最小值是多少Multiwfn直接能给出准确数值，下文明确说了，完全不是靠你贴的当前用的色彩刻度范围来体现的
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

当前作的图太糟糕，用下文的ESPiso脚本画得好看得多
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

作者
Author: 一昔a 时间: 2022-12-31 14:09

sobereva 发表于 2022-12-30 02:10
图片一律直接贴出来，不要作为附件上传
并且贴图前恰当剪切图像、设好分辨率、使用得当的格式，免得这样一 ...

嗯嗯，感谢老师，明白了，还有一点就是VMD的色彩刻度范围的最大值和最小值不是与静电势的最大最小值对应的吗，不太懂原理，在看您的“使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 http://sobereva.com/196”这篇帖子自学时还以为是互相相对应的呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-31 17:28

一昔a 发表于 2022-12-31 14:09
嗯嗯，感谢老师，明白了，还有一点就是VMD的色彩刻度范围的最大值和最小值不是与静电势的最大最小值对应 ...

可以对应也可以为了着色效果更好而刻意不对应，没有必然关系

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