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标题: DNA每个碱基对与配体的相互作用如何计算 [打印本页]

作者
Author: Limbei 时间: 2022-12-30 13:01
标题: DNA每个碱基对与配体的相互作用如何计算
文献中（https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.03.069）看到有将DNA的各个碱基对与聚合物的相互作用分析做出来的，但是不知道是如何实现。我的想法是将每一个碱基对重新定义为新的残基，再分别计算它们跟聚合物的距离。求教应该如何实现。 (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-12-30 18:07
mm-gb/pbsa了解一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-31 00:18
先说明“相互作用”具体指什么，文中的图片的含义是什么
如果只是简单地计算比如最近接触距离，自己写个VMD脚本就完了，很简单的事情
如果需要计算各个残基对真空下DNA与聚合物间相互作用能的贡献，可以mdp里定义能量组实现
如果需要计算各个残基对溶剂下结合自由能的贡献，则需要MMGBSA

作者
Author: Limbei 时间: 2022-12-31 10:55

喵星大佬发表于 2022-12-30 18:07
mm-gb/pbsa了解一下

谢谢提醒，我去学习一下！

作者
Author: Limbei 时间: 2022-12-31 10:56

sobereva 发表于 2022-12-31 00:18
先说明“相互作用”具体指什么，文中的图片的含义是什么
如果只是简单地计算比如最近接触距离，自己写个VM ...

谢谢sob老师，我再深入学习一下

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