公社群聊Q&A整理：2016.05.26 05 ~ 2016.05.29 03 Concate - 计算化学公社

2016.05.26 04:08:17
Q:
老师：您好！您手册的CDA分析中[图片][图片]，说轨道9稳定该化合物是靠减小电子排斥，在这里轨道9的r是最负的。之前了解到r为负说明是反键，r为正说明是成键轨道，所以我的理解是r越负，反键轨道越明显，越强，r越正，说明成键作用越强，成键轨道越明显。反键轨道不利于化合物的稳定。这里的轨道9具有最大的负值，所以是反键，应该是不利于化合物的稳定，为什么还说“轨道9稳定该化合物是靠减小电子排斥”呢？谢谢！
A:
轨道图形上看是反键，但这是因为两片段间电子有互斥，在自发调节分布之后才产生的复合物轨道。要是不这样，片段之间电子直接碰上，互斥更大。
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2016.05.26 06:14:47
Q:
请问，oniom计算多个有机小分子时，MM力场选什么比较合适？Amber？MM3？MM2？UFF？
A:
MM3算有机小分子精度最高，但Gaussian不支持
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2016.05.26 06:23:30
Q:
sob老师，我按照手册上的把两个cub文件导入后，Multiwfn直接闪退。这两个cub文件分别是Sign(lambda2)*rho和RDG函数，我并没有做任何更改，格点应该是完全一致的。这是为什么呢？@Sobereva
我用的也是Multiwfn的最新版本，画这两个函数的散点图
A:
把输入第二个cube文件那一步的截图给我，我看看你输的路径
Q:
压缩后发给我
A:
这是用你的cube文件画的，没问题
[图片]
Q:
[图片]
A:
去掉双引号
文件名带空格是坏毛病
目录名带空格是坏毛病
Q:
是的，现在正常运行了。
问题是出在目录里有空格，对吗
A:
目录有空格的时候，文件拖进去就会自动加上双引号，但这时候程序认不了
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2016.05.26 06:32:25
Q:
老师：您好！有个审稿人说我研究的物质可能在特殊条件下固态，让我研究一下我的这个物质在什么压强和温度下是固态，请问这个该怎样研究呢？谢谢！
[表情]
sob老师:您好！有个审稿人说我研究的物质可能在特殊条件下固态，让我研究一下我的这个物质在什么压强和温度下是固态，请问这个该怎样研究呢？可以研究吗？这个问题感觉怪怪的……
A:
那这就得在不同压力和温度下跑MD了，这很费劲
Q:
可是衡量标准是什么呢？看哪个温度和压强下的能量最低吗？高斯默认的是常温和标准大气压，我们是在这种条件下进行优化的，是气态，如果要研究固态。就得降温降压……，感觉脑袋都大了……，如果不这样优化，我又应该怎样回答审稿人呢？……
A:
你拿高斯算肯定讨论不了这个问题
Q:
如果要研究这个问题……一般是用什么算呢？
A:
Sobereva(190258442) 22:27:33
那这就得在不同压力和温度下跑MD了，这很费劲
Q:
老师:抱歉，请问什么是MD?看来我又闹笑话了
老师:如果没有条件算。，对于回答气相，固相这种问题。可以怎样回答呢？
A:
高斯PBC算三维周期性算不动
挖出个分子簇可以算
你只能说你限于条件研究不了，也不是当前文章的研究范畴
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2016.05.26 06:37:57
Q:
老师，想用VASP优化好的结构做波函数分析，如果直接拿来算单点体系还是太大，算不动。可不可以只挖出一小块感兴趣的区域（如吸附位点附近）算单点？如果可以，用高斯单点计算时边界原子还需要用H原子饱和吗？
A:
可以。用不用以及怎么饱和看什么体系
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2016.05.26 06:41:52
Q:
那请问#p ONIOM(B3LYP/6-31G(d,p):UFF) opt td=(singlets,nstates=5,root=1) empiricaldispersion=gd3，这样的route可以吗？
A:
g09的ONIOM目前还用不了D3校正
Q:
群主老师，这种周期性的体系在gaussian里面是否可以用oniom模型处理。
A:
oniom也得先挖个团簇再说
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2016.05.26 06:52:07
Q:
[图片]老师，请问怎么设置参数用什么功能可以优化出这样不同的负离子态？多谢了@Sobereva
A:
这显得莫名其妙，不知道你从哪看来的文中怎么解释的。带一个负电荷，要说几个态，只能是不同电子态（基态+激发态）
Q:
[图片][图片][图片]老师，文中相关部分是这样讲的，麻烦您帮忙看一下好吗？也许是我理解有偏差，看了好久没看懂。这篇文章讲的是多溴联苯醚得电子后解离为溴负离子和芳香族自由基的反应机理。后面还计算了三种离子态异构体转化和他们的过渡态。@Sobereva
A:
文中还是没说清楚
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2016.05.26 06:54:24
Q:
唔，答辩时原则上听众都可以提问，有时我也觉得答辩者有些问题答得不好，水平不高，但不想问。所以一般答辩时我不提问。
你们这些人，就是不喜欢听到一点点的批评意见
我也是老师，如果我的学生提出有见解的意见，我会高兴
平常心对待就可以了，你作为他的学长，把他当作晚辈，指出他的不足，但是言语可以不要过于刻薄
A:
年轻时候，听一些学生报告觉得有问题的时候还主动去问，现在，明知道问了他们也答不上来，真是懒得问了
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2016.05.26 07:11:51
Q:
我想问一下，IRC获得的信息比能量最低路径多么？
我看很多人都做IRC,而不是把能量最低路径做出来
A:
如果你是指MEP，IRC和MEP是一码事，只不过一个是笛卡尔坐标下一个是质权坐标下定义的
对化学反应过程应当用IRC描述
Q:
像Vasp用string，neb算法做MEP,gaussian用irc
irc定义的反应物产物是无穷啊，这样走很多步的
A:
高斯里也可以在笛卡尔坐标下做IRC，和MEP一样
另外通过reaction plus也可以结合高斯做NEB类的计算
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2016.05.26 07:42:24
Q:
dmol有什么无法取代的功能么？@墨家弟子
A:
要不是Dmol能算PBC，几乎被orca完爆
Q:
但是dmol有个好处，能在win下跑[表情]
A:
orca也行啊
Q:
Orca也有这么方便的界面？
ORCA没有界面，但是Win下能跑
A:
用gview建模就可以
orca也可以用gabedit作为图形界面，虽然难看一些
orca也可以用Multiwfn看结构和轨道，几何优化什么的轨迹也可以直接拖到vmd里看。综合起来并不比dmol3差
另外，较新版的chemcraft也全面支持orca了
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2016.05.26 07:42:24
Q:
dmol有什么无法取代的功能么？@墨家弟子
A:
要不是Dmol能算PBC，几乎被orca完爆
Q:
gamess我改的能出chk格式轨道了。方便太多了
就是那个chk文件那个密度矩阵有点烦人，维数对不上，不知道怎么算的。得看那部分代码
A:
如果有N个基函数，chk里的密度矩阵就是N(N-1)/2个元素，因为矩阵是对称的，所以只记录下三角
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2016.05.26 07:51:12
Q:
sober老师，动力学的培训会涉及metadynamics的内容吗
A:
估计不会
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2016.05.26 09:22:11
Q:
[图片]都憋说话，去下好东西：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3355
A:
那个人上传时候也不压缩，压缩成zip后才570MB
Q:
[图片]
7-zip真是一个神奇的东西
A:
7zip压ASCII文件一流
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2016.05.26 16:37:52
Q:
%nproc=12
%chk=ti_redox_12_OSsinglet_631g_UNO
# 5d 7f
#P b3lyp/6-31G** guess=(naturalorbitals,read,save,only)
glycine
0 1
O -0.420519 0.686738 1.271212
N -2.144459 1.816687 -0.232547
C -1.506973 -0.005495 1.094544
C -2.485668 0.578809 0.177230
C -3.623496 -0.205604 -0.171032
H -4.287777 0.149018 -0.942875
C -3.855635 -1.432455 0.418199
C -2.941902 -1.897044 1.410219
H -3.161687 -2.836833 1.895525
C -1.777820 -1.231481 1.769981
C -3.083534 2.787109 -0.882066
C -4.567616 2.614951 -0.470710
H -4.664922 2.384377 0.594034
H -5.098940 1.853002 -1.041982
H -5.085928 3.560256 -0.654294
C -2.679328 4.204885 -0.409911
H -1.657263 4.449956 -0.686570
H -2.783520 4.290948 0.676000
H -3.343967 4.939155 -0.875957
C -2.927682 2.672164 -2.412275
H -1.892582 2.865154 -2.698933
H -3.573362 3.403935 -2.909816
H -3.208893 1.673505 -2.762182
C -0.813455 -1.773288 2.841941
C 0.572798 -2.063785 2.218663
H 0.493409 -2.806240 1.417153
H 1.247907 -2.464839 2.983798
H 1.021236 -1.160150 1.805808
C -1.330294 -3.081691 3.471815
H -1.415465 -3.889698 2.736970
H -2.304882 -2.950199 3.954297
H -0.626003 -3.413434 4.241401
C -0.664420 -0.728730 3.975981
H -1.629942 -0.537077 4.456845
H -0.274553 0.217355 3.597134
H 0.023932 -1.104162 4.741844
C -5.076727 -2.269398 -0.017717
C -4.945318 -2.617514 -1.520261
H -4.038303 -3.201272 -1.708563
H -4.897704 -1.719483 -2.142978
H -5.806304 -3.209104 -1.851720
C -6.372828 -1.454850 0.208449
H -6.374852 -0.522344 -0.363363
H -6.495008 -1.197536 1.265750
H -7.247656 -2.036960 -0.102575
C -5.203322 -3.589673 0.767686
H -6.084917 -4.137973 0.420586
H -5.326178 -3.417792 1.842175
H -4.334428 -4.239317 0.620417
O 0.420602 0.686883 -1.271245
N 2.144511 1.816709 0.232618
C 1.507059 -0.005403 -1.094563
C 2.485724 0.578863 -0.177209
C 3.623555 -0.205580 0.171019
H 4.287841 0.149001 0.942872
C 3.855683 -1.432413 -0.418257
C 2.941942 -1.896953 -1.410278
H 3.161689 -2.836743 -1.895596
C 1.777860 -1.231345 -1.770027
C 3.083503 2.787071 0.882293
C 4.567679 2.614879 0.471265
H 4.665226 2.384246 -0.593445
H 5.098878 1.852968 1.042703
H 5.085953 3.560192 0.654913
C 2.679444 4.204862 0.410040
H 1.657317 4.449947 0.686449
H 2.783900 4.290915 -0.675847
H 3.343988 4.939121 0.876238
C 2.927364 2.672124 2.412479
H 1.892228 2.865163 2.698957
H 3.573003 3.403859 2.910126
H 3.208469 1.673447 2.762420
C 0.813452 -1.773093 -2.841984
C -0.572774 -2.063611 -2.218665
H -0.493358 -2.806115 -1.417204
H -1.247925 -2.464606 -2.983793
H -1.021182 -1.159996 -1.805727
C 1.330237 -3.081456 -3.471988
H 1.415445 -3.889519 -2.737209
H 2.304791 -2.949941 -3.954531
H 0.625890 -3.413132 -4.241552
C 0.664377 -0.728438 -3.975927
H 1.629872 -0.536777 -4.456839
H 0.274568 0.217629 -3.596973
H -0.024042 -1.103778 -4.741777
C 5.076768 -2.269384 0.017631
C 4.945388 -2.617493 1.520179
H 4.038363 -3.201224 1.708507
H 4.897815 -1.719457 2.142894
H 5.806368 -3.209103 1.851619
C 6.372884 -1.454872 -0.208573
H 6.374951 -0.522366 0.363239
H 6.495040 -1.197561 -1.265877
H 7.247705 -2.037006 0.102425
C 5.203304 -3.589663 -0.767773
H 6.084908 -4.137976 -0.420717
H 5.326106 -3.417786 -1.842268
H 4.334408 -4.239294 -0.620457
Ti -0.000104 2.162494 -0.000117
F 0.006384 3.334746 1.350167
F -0.006361 3.334810 -1.350338
但是输出为：This type of calculation cannot be archived.
I LOVE MANKIND - IT'S PEOPLE I CAN'T STAND.
-- LINUS OF PEANUTS
Job cpu time: 0 days 0 hours 10 minutes 22.4 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 70 Int= 0 D2E= 0 Chk= 165 Scr= 1
Normal termination of Gaussian 09 at Wed May 25 09:20:48 2016.
是不是输入文件写的不对？
但是占据数很奇怪，不知道怎么回事
LiYuanhe老师！是不是含有redox active ligand的配合物不能用B3LYP计算？
是不是应该用CASSCF计算？
A:
DFT算没问题
根本没必要写5d 7f
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2016.05.26 17:32:09
Q:
[图片]请教一下，怎么把笛卡尔坐标改成这种冗余内坐标的形式
A:
这不是冗余内坐标，就是内坐标。看此文
gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://sobereva.com/292
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2016.05.26 18:22:29
Q:
请问下B97D3泛函是纯的还是杂化的？
含色散校正的
A:
GGA泛函
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2016.05.26 18:55:02
Q:
有两个nbo轨道在空间上可以看出是重叠了，但是在高斯NBO分析的这个部分Second Order Perturbation Theory Analysis of Fock Matrix in NBO Basis却没有这两个轨道的任何相互作用，这样的情况合理吗，可能是什么原因导致的？
A:
你可以根据E2公式，按照NBO轨道能和Fock矩阵元自行来计算，尝试弄清楚原因
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2016.05.26 19:10:21
Q:
[图片]
[图片]
做过LMO-EDA的朋友请问上述两种能量分解方式（自由基分解和离子化分解），哪一种是更推荐使用的
A:
peace 这就取决于自己了，凭化学直觉看哪种分解是自己想要的
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2016.05.26 20:55:18
Q:
sob老师，我这个体系自洽场很难收敛，按照您的帖子试了多种办法。这一次几何优化中，进行了两次scf就502报错。第一次scf收敛了，第二次不收敛。我再采用帖子里的方案解决的同时，把自洽场次数加到200，使得第一次自洽场进行174cycle收敛，但第二次自洽场就不收敛了，我是否应当继续加大迭代次数？或者还可以试试别的什么更好的方案？
A:
博文强调了，增加迭代次数上限是徒劳。如果你之前用的小核赝势，尝试大核赝势，往往更容易收敛
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2016.05.26 22:42:21
Q:
sob老师，您好，我想问KIsTheIP里隧道效应校正因子计算的问题，
[图片]
这个截图是sob老师博文的截图，里面说校正因子是3.24，但我用公式 x=1+(hv/kBT)^2/24 来计算，却没有得出3.24这个值（我在计算的时候统一了量纲），想问问是哪里出问题了？谢谢~
老师，我问的关于隧道校正因子的问题，是不是和sigma 有关？
（σ *λ 才是最后的校正因子吗）
A:
把虚频代入这里表格算，一下就清楚了
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
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2016.05.26 22:50:07
Q:
找 EM64L 版的试试
哎？这个E01写的是ES64L，Sob笔误？
我是从那下的，log文件显示的是 ES64L-G09RevE.01
A:
去google EM64T指令集，不是笔误
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2016.05.26 23:31:35
Q:
请教如何计算A-B形成的过渡态间的电子相互作用能[图片]文献中的[图片][图片]怎么算的啊
A:
前者：整体优化结构下的能量减去各片段各自优化结构下的能量
后者：过渡态结构下A的能量减去A单独优化结构下的能量
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2016.05.26 23:34:51
Q:
老师，为什么我用Multiwfn做AdNDP分析的时候，选7看轨道或9倒出就闪退呢？
fchk和log都在Multiwfn文件夹中
之前是好用的
但是也不让导出cube了[表情]
A:
可能fch文件有问题
Q:
发给您帮忙看看可否？
A:
发
Q:
发过去了
A:
可以照常看，正确载入了
[图片]
很正常
[图片]
如果是老版本先试新版本
Q:
[表情]
不知道问题在哪里
A:
别急
A:
光有log文件又看不了adndp轨道
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2016.05.26 23:48:41
Q:
请教一下啊，O-Co键的键能算出来17eV,正常么？
这比N≡N还强吧。。。
A:
不到170KJ/mol，还算可以嘛
Q:
？是不到1700 kJ/mol 吧
A:
恩，看错了
Q:
392kcal/mol了
老师
A:
那应该有问题
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2016.05.26 23:55:10
Q:
[图片]
请问，这里设置的电荷数，是oniom模型整个体系的电荷？还是只是MM区的电荷？
A:
整体的
Q:
整体是－12 1
QM区是－1 1
MM区是－11 1
那么，应该是－12 1 －1 1 －11 1
但是用gview生成的却是 [图片]
[图片]
高斯说明书中的内容，请问，这靠谱吗？
A:
本来就应该这样。
QM区、MM区这种说范围的方式不确切
讨论原子范围，要么按照model（局部）、real（整体）这么分，前者是后者的子集；要么按照low layer、high layer这么分，二者的并集是real。
[图片]
第一个定义的是整体，显然是-12。后两个定义的是model，所以都是-1
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2016.05.27 00:07:48
Q:
各位好，请教一个问题，Gaussian用CCSD(T)做频率分析，出来的IR Inten.都是0，是什么原因？ @Sobereva
A:
甭用CCSD(T)算频率，又超慢又没意义
算出来也只是两阶有限差分得到的频率，没红外强度也是正常
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2016.05.27 00:10:11
Q:
我最近在走IRC，用了SOB说的方法（优化过渡态时用calcall，tight等关键字），还是一样的3个点结束
恩
我觉得还是重新将过渡态结构微调比较好
A:
我还说了，加大IRC步长
Q:
SOB老师，我也试过了，结果一样没有改观
20,30都试过
另外，我的过渡态虚频是有20+，不到30，但是因为是很多苯环的扭转，我觉得这也未必是不对的，不可能像氢转移那样动辄1000+，你说呢？sob老师@Sobereva
譬如呢？走3个点几句正常结束，怎么解决？
A:
那种构象细微旋转的IRC找出来也没多大用处
能解决的办法就是我幻灯片上说的
还可以走IRC时候开calcall或用其它产生IRC的算法。既然找TS都用了int=ultrafine别忘了IRC的时候也得用
Q:
现在在算走IRC时候开calcall，但是没有用int=ultrafine
先看看结果吧
A:
之前说过精确定位TS需要ultrafine，此时走IRC也必须加上这个，否则不是同一级别。走IRC和找TS的级别必须严格严格严格一致
Q:
IRC还是用些iop参数控制比较好
A:
没有相关的有用的iop
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2016.05.27 00:20:58
Q:
sob老师请问MM的结果与QM的结果相较，键长在平衡态的差距在0.1A，这个差距能接受吗？
A:
看你用MM想干什么
Q:
重新拟合参数
amber先生 0.1A大吗？
A:
如果对结构重现性要求高还差点。如果关注的是用MM表现分子间作用，这点结构差异倒也凑合
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2016.05.27 00:27:17
Q:
请问，这种价层电子的轨道能怎样计算？
[图片]
怎样判断不同的轨道类型？还有那个 a b是什么鬼
你这个点群乘法表，有链接吗？一直想找
A:
做单点，看相应轨道能量
轨道类型判断：看结构化学书
双原子电子态符号：看Levine量化书
不可约表示：看科顿《群论在化学中的应用》
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2016.05.27 00:27:39
Q:
请问老师，force constant概念怎么理解？
A:
质权坐标下，体系能量对原子坐标（可以是内坐标或者正则坐标等）的二阶导数
Q:
那foce constant有什么物理意义，根据它可以得到什么信息呢？
A:
可以用于按照谐振子模型计算分子谐振频率
Q:
请问计算ts的时候一定要计算立场吗
A:
看你之后想干什么
Q:
内个TS必须第一步计算精准力常数
[图片]
Modredundant前面为啥加的是or呢？
报错的意思是，计算精准力常数或者用冗余坐标。
A:
写modredundant的时候就不用非得提供初始hessian了
Q:
那个modredundant不是默认的了么
A:
谁说是默认的
Q:
opt=noeigen 这个关键词有什么作用
A:
优化极小点时候加这个毫无用处
Q:
不检测特征值正负符号？
A:
modredundant!=redundant
Q:
让你使用mod是为了从之前的chk文件中读取力常数
A:
否。mod代表去修改冗余内坐标
找过渡态可以用近似猜的Hessian也可以用精确计算/外部读入的Hessian，modredundant时程序恰好不强求你非得提供精确计算的或从外部读入的Hessian
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2016.05.27 00:54:02
Q:
我再问一个问题，我以前是用scrf=(solvent=water)，现在想要用smd模型，还需要重新优化吗
A:
SMD和默认的IEFPCM优化的结构基本没差异，但诸如你之后又想在SMD下算频率就必须在SMD下重新优化
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2016.05.27 01:03:48
Q:
大家好，请问怎么用VMD 画LOL等值面啊，谢谢大家啦
A:
按这个
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
用分子轨道的cube文件在VMD里把分子轨道等值面显示出来，就自然知道怎么用LOL的cube文件显示等值面了
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2016.05.27 01:11:48
Q:
[图片][图片]
就是上面的数据，可我怎么都不能按照上面的数据摆出来，比较纳闷，现在老板就是要我重复这篇文献
我以前是问过的，可以前李老师叫我自己优化，可老板叫我重复这个，我也没办法，这篇文章这里的构象是用Gaussian09优化的，
，嗯，我待会写E-mail去，可他不理我怎么办，这个问题该怎么解决
[图片]这篇文章的作者一看就极不专业
以及原文没有SI，文章中也没有坐标，你是怎么“照着文章摆的”？（不要告诉我是眼看着拿手拖的[图片]）
（文章中有一些几何参数，但有效数字十分十分有限，有的参数只有2位有效数字）
更正：有效数字位数十分有限
[图片]我越看这作者到处写“6-31G+**/MP2”越烦。。。简直是每个字母都有问题的写法
按照文献的数据完全不能进行下去
这文章还把活化自由能写成“△G#”[图片]
这是我优化后，跟文献有个别差距，所以。。
A:
搞科研不能没点基本的严谨态度
Q:
[图片]
WTF？！
A:
我连大小写都要求不能写错
Q:
倒是好奇这个ASEP/ESIE电荷
[表情]这个是jpcb啊怎么会这样…
这种人做的文章，数据要全是错的我一点都不奇怪。。。
/流汗审稿怎么审的
ASEP:the average solvent electrostatic potential
A:
从没听说过有这玩意儿
Q:
[图片]
这虚线想表达啥。。。
A:
貌似还把图片比例给压失调了
Q:
用6-31+G(d,p)算Mulliken电荷
A:
都是本科生才应该犯的事
落我手里直接拒了
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2016.05.27 01:11:56
Q:
[图片]请问，图中的那个溶剂可及通道可以用什么软件画呢？
A:
http://www.csb.yale.edu/userguides/graphics/hole/doc/hole_d00.html
Q:
非常感谢。
A:
还有这个工具http://www.fc.up.pt/PortoBioComp/Software/Volarea/Home.html
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2016.05.27 01:13:16
Q:
老师，想从cam_alt_root05_freq的chk文件读取force完事优化，这样输入有没有问题[图片]，可是计算最后出错了[图片]请问老师们可以咋办[表情]
老师，想从cam_alt_root05_freq的chk文件读取force完事优化，这样输入有没有问题[图片]，可是计算最后出错了[图片]请问老师们可以咋办/微笑
A:
甭readfc就完了
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2016.05.27 02:39:28
Q:
Sob老师，您好，我想计算一个原子多HOMO轨道的贡献，我学习了您的轨道成分计算方法，为什么你给的例子里面，[图片]与[图片]的值是一致的，而我的原子轨道贡献加和却不一致呢？
[图片]就像这样，例如N原子的就很奇怪，请问这是怎么回事
A:
不明白你的意思，N怎么奇怪了？
shell那部分输出的提示里写明了只输出>0.5%的，否则所有shell都输出信息量太大
Q:
那为什么atom的组分会小于shell呢，不应该大于他的
我的理解有错误吗，老师
A:
有的shell有微小的负贡献
Q:
老师，负贡献是什么意思呢
A:
就是贡献值比如-0.2%
Mulliken划分有这个问题，这里专门说了
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2016.05.27 02:56:43
Q:
社长，transformation connot fit in the specified maxdisk这个错误怎么解决呢？我算激发态的时候出现的
A:
积分变换时候临时文件太大，超过maxdisk
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2016.05.27 03:22:15
Q:
各位老师，请问如何计算π-π共轭作用的强度呀，或者可以通过什么参量来比较他们的相对强弱？
A:
什么叫pi-pi共轭？指pi-pi堆积？
Q:
对，就是两个芳环之间的pi-pi堆积
A:
算局部的相互作用能，或者用RDG方法看pi-pi堆积面积来衡量
Q:
您所说的 pi-pi堆积面积是指用弱相互作用分析的结果吗
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.05.27 03:31:00
Q:
社长，我有一个波函数不稳定，做了stable=opt之后，就可以直接用.chk文件算性质了吗？能量和几何，以及电荷，轨道都是不是跟着更改了？
A:
除了结构都会改
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2016.05.27 03:35:51
Q:
请问谁看过这本书吗？
[图片]
里面的公式怎么那么多遗漏……
[图片]
[图片]
[图片]
[图片]
A:
论坛里的版本应该是没漏的，有些人传的是漏的
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2016.05.27 03:52:26
Q:
请问multiwfn里得出分子表面的静电势后是否还可以进一步画出其分子电场的图来？我看到关于multiwfn的PPT介绍里有提到这个，但不知道该如何画？
A:
在主功能4里面选静电势，绘图类型选梯度场就行。
因为电场就是静电势的梯度
先要明确你绘制哪个平面的
这和得到分子表面静电势没有直接关系
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2016.05.27 04:45:29
Q:
idea重要还是计算技巧重要呢
A:
都重要
但相对老说，老板侧重于idea，实际干活的人侧重于技巧
不过光有idea的老板，手下没了学生就搞不出什么来
Q:
看来以后我得两个都得硬，要不然没人干活就惨了
A:
Grimme则是idea和技巧兼备，有idea，且亲力亲为写程序做计算将idea转化成成果，这样人我持以高度评价
Q:
Grimme自己写啊
A:
恩，写出来程序还给大家用，很难得
Q:
[表情]
A:
很多idea本身也是源自一线实践中产生的，不亲自做做实际问题，很多idea也成了馊主意
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2016.05.27 04:55:28
Q:
找赖文的量化，看三遍，也能无师自通
赖文的量化，全称是啥？哪个出版社啊？
我下载到电子版的了……
A:
群共享里既有
科音预计7月份办量化暑期班，参加那个是最快入门途径
Q:
[表情]这次不定又增加了多少页的PPT
得空先把动力学的做完了
不是办动力学的班吗？
A:
动力学今年会办，但不会在暑期
Q:
[表情]又说话不算话
A:
基础班的ppt基本不会再增加，再多也讲不完
近期从没说死非得在暑期办
Q:
暑假班是基础的吗？和五月份的有区别吗？
A:
和5月的差不多，不过预计时间减少一天，不很重要的东西砍去不讲，那些自己看讲义就完了
内容还是有一些微小增补和修订，不过改变量<1%。
群里、计算化学公社论坛、科音官网、sobereva.com都会通知
Q:
快去做动力学PPT
A:
不接受催促
Q:
[表情]
老师开启了调戏娃娃模式
A:
我做事历来都是凭性子
Q:
[表情]
社长你之前做的动力学PPT可以作为入门看吗
应该可以
A:
你可以看，不过那个很粗略。有时间你可以先看看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
----------------------------------------------------
2016.05.27 05:12:42
Q:
[图片]我今年6月底本科毕业，9月研究生开学，拿本科过期了几天的学生证还算学生吗……
A:
算
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2016.05.27 05:37:14
Q:
这两句话是否正确：
1. HOMO值越大，说明其亲核性越强
2. LUMO值越小，说明其亲电性越强
如果不对，那么需要怎么纠正？
A:
应该计算亲核指数和亲电指数
[图片]
[图片]
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2016.05.27 05:56:04
Q:
老师自然轨道和自然原子轨道是一样的吗？谢谢
A:
否。
前者是对分子来说的，后者是对原子来说的
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2016.05.27 06:05:14
Q:
老师 gamess下做EDA 用B3LYP-D3/6-31+G（d）能做多大体系的呢？
A:
看机子了
几十、一百多都有可能
弥散可以去掉，大量节省时间，反正LMOEDA最后会给出考虑BSSE问题后的结果，此时是否加弥散影响会被显著弱化
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2016.05.27 06:24:17
Q:
请问NTO分析，有什么办法能直接输出S0-S1跃迁过程中，每个原子电荷数量的变化。
A:
跟NTO没关系
分别算出两个态原子电荷，求差就完了
Q:
对哈，怎么笨了。用NPA吗
A:
别的也行，Hirshfeld、ADCH等
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2016.05.27 06:28:33
Q:
结果和激发态计算对不上
波长对不上，激发能也对不上
可以不加density吗
A:
不加density得到的就是基态的
Q:
但是加了density得到的就是S1基态的吧
A:
如果你指加了density之后算出来波长和不加时不一样，那是因为davidson迭代收敛限不一样，不加density的时候你写TD=conver=6就一样了
算跃迁过程原子电荷变化，就用加了density和不加时的原子电荷求差就完了，没有其它烂七八糟事
Q:
我以前问过，也算过
一直没弄明白
我在想density是不是加了自洽场密度
也就是一个平衡状态下的密度
A:
不要乱想
Q:
而不加，是一个振动态的激发态
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2016.05.27 17:06:02
Q:
请问，如果是高斯里支持的方法，泛函，基组，程序里没有，是不是可以在输入文件中手动录入？
A:
基组你可以根据定义直接输，但不支持的方法大多数没法直接实现，除非你改代码。或者那些方法本身就是在支持的方法上的微小调整，且你可以用IOp实现的情况，比如SCS-MP2，对泛函调HF杂化成份或对范围分离泛函w参数。
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2016.05.27 18:04:18
Q:
[图片] 老师，我的这个优化过渡态计算已经算了一天一夜了，还没结束，一直没看它动，也没报错，我该Kill这个计算还是继续等。
A:
kill掉
----------------------------------------------------
2016.05.27 18:32:02
Q:
在卤键的研究上，除了RDG，ESP，AIM，MBO以外，还有什么常用方法？有人用Fukui函数计算给体和受体，这样可以看出形成卤键的匹配程度大小吗？
唔唔，那.....约匹配键就越强嘛
其实我也不了解
[图片]
这图怎么理解？
EDD是变形密度差？那个也做了。但似乎不能用来解释卤键强度，只能解释作用力本质。
A:
福井函数也能用，但没有静电势那么直接触及卤键的物理本质，因为卤键主要本质就是静电作用
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2016.05.27 18:59:30
Q:
请问老师，怎样计算the electrostatic surface potential (ESP) ？
我查到了步骤，用chk 文件也行吗？
A:
取决于你想以什么方式考察ESP
平面图的绘制看Multiwfn手册4.4节的例子
分子表面图静电势的考察看
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
----------------------------------------------------
2016.05.27 19:22:46
Q:
请教一个问题：如果我的实验是在水蒸气氛围下的，计算的时候要用溶剂模型么
A:
看你具体要研究的那个分子是在比如蒸汽的液滴中还是和水根本都没有接触
----------------------------------------------------
2016.05.27 19:22:47
Q:
老师，我用gaussview看分子轨道的时候visualize是灰色的，不可用。我已经装啦Gaussian09了.请问是为什么呢
我用的是fchk文件
拿这个文件用别人的电脑就可以看。我自己的就看不了
A:
你得确保你机子里已经装了高斯，否则gview看不了轨道
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2016.05.27 19:44:56
Q:
请教大家一个问题，为了求解HF方程，需要将分子轨道展开为单电子基函数的线性组合。请问一下，这里分子轨道是指什么？对应到薛定谔方程中去
A:
薛定谔方程那是泛称，HF理论中用的是单电子近似，单电子的哈密顿算符就是fock算符，对应的本征波函数就是正则分子轨道，即一般说的分子轨道
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2016.05.27 20:40:53
Q:
lumo和homo的能级图能不能反应有机物的电子云分布密度呢？
[表情]刚在报告里吐槽完有机化学成天用“电子密度”表达反应位点
啥亲核进攻的位点是电子密度高的位点，电子从密度高的地方到密度低的地方，这不胡扯么？合着所有反应都是1s电子的电离咯？
你真做出“有机物的电子云分布图”就会发现它几乎提供不了有效信息。前线轨道理论也没有要求做出“有机物的电子云分布图”。
怎么理解这个"1s的电离”的说法呢？
[图片]
[图片]
这是H2O dimer的电子密度图（手头电脑上就这一个文件，凑合看），如果你画出图中红线所示直线上的电子密度（下面两个图），可以发现“电子云密度”最高的地方就是“无限”靠近分
子中重原子的原子核的地方。它从核处出发、向分子外围的方向是单调降低的。所以如果说反应是“电子云密度高的地方向电子云密度低的地方流动”，那么显然结论是从靠近O核的位置“流向”分子的外围，最终就跑掉了，这个过程就是O的1s电子的电离。
[图片]
[图片]
我认为直接做“有机物的电子云分布密度”也反应不出成键等重要化学信息。我还真见过有人拿这样的电子云密度图（作图），说哪里哪里成键，例如两个箭头标出的O-H共价键和氢键的位置。但是做一下H_2和H_3之
间的电子云密度，按这种分析方法，难道还有H-H键？
A:
对电子密度这点说得好。我特别反感提问的时候指代不清、思路一团浆糊都不知道自己到底要考察什么就问。诸如什么“怎么算电子密度”之类。更谈何把不相关的东西往电子密度上靠。
----------------------------------------------------
2016.05.27 21:31:16
Q:
请问sob老师，我想用bh&hlyp/6-311g计算，但是提示bh&hlyp是错误的关键字，这是什么原因呢？是不是我需要下载什么东西呢？
A:
bhandhlyp
不加极化的基组没法用，看此文第11条
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.05.27 22:02:55
Q:
请问sob老师,molpro能和gaussian一样，读取hf算的轨道吗？
A:
能
----------------------------------------------------
2016.05.27 22:11:35
Q:
老师：您好！这个是我用做的RDG的等直面图,.发现A和B之间有强的静电斥力，请问老师您觉得这个图，在显示上需要什么修改吗？谢谢！[图片]
老师：您好这个是我对应散点图，和等直面图，分析其具有强的静电斥力，对于这个分析和图片的效果和反应情况，老师您觉得还需要进行怎样的修改和描述呢？谢谢！我想反映的是金属之间的相互弱作用，谢谢~~~~[图片][图片]，谢谢·····
比如说格点的精细程度，这个等直面是的锯齿情况等，我第一次分析和作图。，所以不知道是否合适，还请老师您帮忙看看····谢谢~~~
老师：我在做RDG时，选用中等格点时，能很快的输出，但是使用高质量格点的时候都一个小时了还没有输出，是电脑的原因呢还是？谢谢·····[表情]
老师：我在做RDG时，选用中等格点时，能很快的输出，但是使用高质量格点的时候都一个小时了还没有输出，是电脑的原因呢还是？谢谢·····/抱拳
嗯好的，那我再等等……谢谢……@天堂鸟
A:
@风飞
你别把强相互作用区域也显示出来，即RDG_maxrho你设成默认的。其它没问题
你别把强相互作用区域也显示出来，即RDG_maxrho你设成默认的。其它没问题
Q:
老师：您好！您说我把“把强相互作用区域也显示出来，即RDG_maxrho你设成默认的”请问这个RDG_maxrho是在哪设置呢？谢谢！@Sobereva
A:
settings.ini。默认设置下不会显示出来电子密度>0.05的区域（相应位置RDG被设为很大的值，因此等值面上不会出现）
Q:
[图片]老师：您好！那按照我的这个图，您觉得那个设置应该改为多少合适呢？我刚刚按照您帖子中的，改为了0.0[图片][图片]
[图片]老师：您好！那按照我的这个图，您觉得那个设置应该改为多少合适呢？我刚刚按照您帖子中的，改为了0.0[图片]
[图片]
@Sobereva
A:
设成默认值
[图片]
文中强调了
[图片]
仔细理解
Q:
老师：您好！我现在修改了设置，发现，得到的RDG图和等值面图如下，[图片][图片][图片]，现在您觉得怎样？还需要什么调整吗？谢谢！
老师：您好！我现在修改了设置，发现，得到的RDG图和等值面图如下，[图片][图片][图片]
，现在您觉得怎样？还需要什么调整吗？谢谢！
A:
RDG等值面数值可以再调调，现在红色区域偏大
另外，当前体系延展距离设成0并不很合适，把边缘的等值面都截断了
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2016.05.27 22:26:20
Q:
请问，我有几个概念模糊了，体系的自由能和溶剂环境下溶质自由能是什么关系
嗯，谢谢。那如果是加了SCRF项计算的自由能就是溶剂环境下溶质自由能吗
嗯，谢谢。那如果是加了SCRF项计算的自由能就是溶剂环境下溶质自由能吗
还有一个是溶解自由能就是溶剂下自由能考虑了溶剂分子的电荷对溶质影响的自由能吗
A:
怎么用scrf看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
体系在气相中的自由能+溶解自由能=体系在溶剂中的自由能
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2016.05.27 23:38:33
Q:
各位老师，想请教一下有没有办法通过计算得知一个体系“是否有自由基“比如[图片]M=Ni时是在文献中记载有自由基的，我想知道当M=Co的时候有没有。。。。
不做的，我做弱相互作用力的计算
A:
magic 算算自旋密度
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2016.05.27 23:47:22
Q:
[图片]GV调入fchk,显示这个，怎么回事？
A:
如果遇到什么alpha轨道能错误而无法打开chk/fch文件，先将chk转换为fch文件，然后用文本编辑器打开fch文件，看看里面的Number of basis functions和Number of independent functions是否一致。如果不同，将independent改成independant
----------------------------------------------------
2016.05.28 00:01:52
Q:
[图片]sob老师，请问用这个公司可以从1d pmf得到解离常数。这个里面的W（z）代表的PMF数值应该怎样从PMF图中代入具体数值啊？@Sobereva
[图片]比如用这个pmf图
A:
就从中取数值代入呗。你可以用比如梯形积分，每隔比如0.2你从图中读一个值。
----------------------------------------------------
2016.05.28 00:34:18
Q:
400多个原子的分子怎么计算光谱，Gaussian总是出错，一天功夫2T的硬盘就满了
可溶液加工的小分子发光材料，/睡
可溶液加工的小分子发光材料，[表情]
8个咔咗4个芴还有几条脂肪链，光优化就算了一周⋯⋯
A:
用ZINDO，或者Grimme的sTDA程序。这么大光是在单个结构下算激发能就够累的，更别提优化后算荧光了。非要算荧光你只能适当简化体系或考虑ONIOM
----------------------------------------------------
2016.05.28 00:37:04
Q:
各位老师，我投稿JPC 被拒，我的论文是关于一个分子的热动力学参数的计算和系数拟合。希望大家能给我点一些其他的期刊，我想改投别处。
A:
JMM或CPL或chem Phys，还不行再往低的投
----------------------------------------------------
2016.05.28 00:38:02
Q:
分子的偶极矩多大才能称为大呢
A:
没有确切标准，随便找个你觉得偶极矩算大的实际算算一比较就知道。PS:水的气相偶极矩1.85Debye
Q:
sob老师是不是偶极矩比水大的，就说明这分子对极性溶剂有好的亲和力以及大的polar character。 PS:水的气相偶极矩1.85Debye
A:
水算是偶极矩已经挺大的了。
光用偶极矩对于稍大点的体系也不适合讨论问题，有的体系整体偶极矩很小但局部偶极矩大。
讨论这个用分子表面静电势方差之类更有用
----------------------------------------------------
2016.05.28 00:50:11
Q:
计算频率，得到一堆NaN
Frequencies -- NaN NaN NaN
Red. masses -- NaN NaN NaN
Frc consts -- NaN NaN NaN
IR Inten -- NaN NaN NaN
Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z
1 26 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
2 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
3 15 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
4 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
什么原因，如何解决？
计算频率，得到一堆NaN
Frequencies -- NaN NaN NaN
Red. masses -- NaN NaN NaN
Frc consts -- NaN NaN NaN
IR Inten -- NaN NaN NaN
Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z
1 26 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
2 6 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
3 15 NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
4 6 NaN NaN NaN NaN NaN N
aN NaN NaN NaN
什么原因，如何解决？
A:
你看看程序输出的Hessian矩阵是否正常
----------------------------------------------------
2016.05.28 01:03:29
Q:
咨询一下，这个chemshell软件多少钱？有破解版的吗？谢谢
A:
官网有价格，貌似没破解版
----------------------------------------------------
2016.05.28 02:10:56
Q:
老师，有没有直接坐标改写成内坐标的方法呢？
A:
gview打开然后保存就完了
----------------------------------------------------
2016.05.28 02:25:15
Q:
Iop是不是尽量少用
A:
若无特殊必要就别用，有现成关键词的也别用IOp来实现
----------------------------------------------------
2016.05.28 02:41:02
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你看看屏幕提示计算的点数的差异，就心里有数了。也看看任务管理器看是否程序还在算着
----------------------------------------------------
2016.05.28 02:56:32
Q:
每一个xyz的点设置不同的半径 vmd中可以读入并显示吗
x1 x y z r
A:
如果点少的话，每个点用一个representation显示，每个representation设不同半径。但如果点数很多，最好用VMD自带的绘图指令，根据位置和半径值绘制圆球。如draw sphere { 0 0 0 } radius 3 resolution 15 画一个半径为3的0 0 0处的，解析度为15
Q:
不能直接解析PQR 文件吗
PQR 文件的最后一行是半径
A:
自动应该解析不了
----------------------------------------------------
2016.05.28 04:06:23
Q:
请问sob老师，问什么我提交计算复合物的47文件，很多只生成了log文件，没有生成47文件？@Sobereva
A:
意义不明
----------------------------------------------------
2016.05.28 04:10:29
Q:
Ｃ　Ｎ　Ｐ，　弥散函数比较好的基组（好于6-311+G）, 有哪些
aug-cc-pVQZ-DK Diffuse 这类弥散函数可以用在pople基组上么？
A:
可以。但pople基组本身构建得不理想，还不如借用到def2上
----------------------------------------------------
2016.05.28 04:16:31
Q:
RC计算时遇到的错误 Maximum number of corrector steps exceded.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l123.exe
群里有没有老师知道？
高斯手册上都没有这个错误代码
[表情]
/抱拳
A:
也算是群里的周经问题，IRC里写上LQA
----------------------------------------------------
2016.05.28 04:27:25
Q:
我想请教一下各位，gromacs生成的xtc轨迹怎么转换成amber格式的mdcrd轨迹？有人试过吗？
A:
vmd载入后重新保存轨迹为mdcrd
Q:
重新保存？没找到选项呀？
跪求sob老师点醒我
老师，用VMD导入xtc轨迹之后，保存时没找到有mdcrd格式的文件类型呀？？？
A:
file-save coordinate
Q:
看到有crd跟DCD
A:
没有PBC的用crd，有PBC的用crd box
Q:
哦哦哦，就是有水盒子的用crd box吧？我试试
A:
y
Q:
[图片][图片] /冷汗/冷汗
A:
选择原子选all啊
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2016.05.28 04:41:21
Q:
请问sob老师，用Multiwfn如何执行runall.bat以调用gauss批量执行当前目录下的所有.gjf文件呢？我在做ICSS图
A:
y
这跟Multiwfn没关系。
直接runall.bat就会直接调用高斯算当前目录下所有gjf文件
Q:
在终端输入runall.bat吗？
A:
双击就行了
Q:
好的，知道了，谢谢老师
老师，不行，双击以后屏幕一闪，并没有.out文件生成
显示“不可运行的程序”
A:
那是因为你没把runall.bat里的高斯执行文件设好，先用文本编辑器改合适了再说
还不清楚看这个
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6
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2016.05.28 04:47:15
Q:
sob老师，我用TD优化一个42个原子的分子的root=4激发态，优化了4天还没有优化出来，应该怎么办，ps：root等于十五的时候几分钟优化完了，
A:
看优化曲线判断发生了什么
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2016.05.28 04:56:42
Q:
[图片][图片]老师这两个图是我分别的延展距离为6.5波尔和0波尔的图，这两个图，感觉除了黑点的密集程度不一样以外还有就是上方的形状不一样。我该怎样参考，来设置延展距离呢？这个是延展距离是6.5波尔的时候的等直面图[图片]老师：我先调延展距离，待会儿在调等直面的颜色问题。@Sobereva
[图片][图片]老师这两个图是我分别的延展距离为6.5波尔和0波尔的图，这两个图，感觉除了黑点的密集程度不一样以外还有就是上方的形状不一样。我该怎样参考，来设置延展距离呢？这个是延展距离是6.5波尔的时候的等直面图
[图片]老师：我先调延展距离，待会儿在调等直面的颜色问题。@Sobereva
A:
延展距离就是体系往四周延展的距离，以此定义要计算的盒子大小。太小会把体系边缘的等值面截断，太大会白计算没用的地方，导致感兴趣的区域格点精度降低图像不平滑
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2016.05.28 05:09:44
Q:
MOPAC这个好学不，做的体系越来越大了，orca搞不定了
A:
easy
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2016.05.28 05:23:03
Q:
老师，请问一下TIP3P water box的cif文件在哪里可以下载？
能不能自己编辑？
A:
本来也没有cif文件
如果你要已经MD跑平衡的水盒子，用gmx里自带的spc216.gro就行了
Q:
老师，我没装这个软件，不知道有没有哪个数据库可以下载？
gaussianview的PBC模块可以构建吗？
A:
哪可能构建
spc216传群共享了
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2016.05.28 05:24:05
Q:
老师：可是我还是不知道我参照的标准，例如从RDG图中怎样看呢？还是看等直面图，可是看等值面的图，例如这个图中，我主要看的是中间层原子之间的相互作用，其它的地方都可以不看，此处我的延展距离是偏大了。相对于我之前延展距离为0时的，[图片][图片]我感觉都偏大了似的，所有不知道这个参考标准是什么。[表情]老师，抱歉，还请您再讲讲，谢谢·····，
老师：可是我还是不知道我参照的标准，例如从RDG图中怎样看呢？还是看等直面图，可是看等值面的图，例如这个图中，我主要看的是中间层原子之间的相互作用，其它的地方都可以不看，此处我的延展距离是偏大了。相对于我之前延展距离为0时的，[图片][图片]
A:
[图片]
延展距离为0时画箭头的地方被截断了
稍微设大一丁点，诸如设1，都能避免截断
Q:
恩好的谢谢老师[表情]！我马上再试试····@Sobereva
老师：您好！这个是设置的延展距离为1的等值面图[图片]画圆圈的有锯齿状需要处理吗？如果需要，是调？谢谢！@Sobereva
[表情]
/咖啡
A:
可以不管。
如果想效果更好再把格点间距设小
Q:
老师：您说调小格点间距，是指让我用高质量的格点吗？我现在用的是中等质量的格点@Sobereva
A:
否
low/medium/high是指的点的总数，对于大体系，盒子体积大，即便high quality格点可能也并不密集
4 Input the number of points or grid spacing in X,Y,Z, covering whole system
靠这个可直接定义格点间距
Q:
嗯，好的，谢谢老师……我马上试试……@Sobereva
老师：我现[图片]在看到这个选项了，它默认的是，他有x,y,z,三个方向，调整过程中我们增大的值是否有参考，还是我们随意设置，我现在的设置是170,100，110[图片]，是否还需要加大？老师您觉得我的红色区域过大，让我调整等值面的值是按照[图片]这个来调节吗？
谢谢！
老师：按照刚刚那个操作，现在的设置是[图片]，可是红色区域好像还是比较大，您看？
A:
当前格点精度够高了
调节isovalue值。
先把博文或者手册4.100.1节的二聚体例子重复出来再做自己的
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2016.05.28 05:28:15
Q:
各位大神，请教个问题。
[图片]我如何才能把x轴放到1-5方向，y轴放在2-6方向
A:
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177
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2016.05.28 06:21:16
Q:
请问老师，用amber跑动力学，加热一开始蛋白就散掉了是哪里出了问题？
[图片]
这是加热步骤的输入
A:
要么是力场参数问题，要么是计算设定问题或流程不合理，诸如升温过快、没做优化
Q:
前面有做优化
A:
先在很低温度下比如100K跑跑，反复试试就能明白原因
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2016.05.28 06:28:24
Q:
[图片]
SOB老师，这是基态分子的TDDFT计算，这种情况下，我想做发射光谱，应该优化第几个激发态啊？
A:
1
Q:
能说说为什么吗？这种情况应该是1和2 两个激发态耦合成一个吸收峰了吧，为什么需要优化的是1不是2呢？
A:
终究是不同的态，理论讨论的是态而不是峰
有兴趣的话两个都优化看看结果差异也行
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2016.05.28 06:33:53
Q:
请问老师，我在网上看到一个“VMD中实现原子数值着色的方法”的tcl脚本，按照上面说的步骤运行之后出现了错误，想请教下这是哪里出现了问题[图片]
A:
里面适当位置加入puts语句，调试调试脚本就知道了
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2016.05.28 06:40:01
Q:
请问Sob老师，谐振频率是正常的，非谐振频率mode38计算怎么会出现“虚频”的东西呢？而且，我指定算mode 1-5(低频区几个振动)，这里的mode编号方式和gauss view-result-vibration显示的modes编号是相反的，我的输入文件要以这个.log显示的顺序为准吗？
[图片]
以下是输入文件：
[图片]
A:
HF计算写grid设定格点完全没意义，那是对DFT而言的
真的有必要基组用这么多弥散？弥散对当前情况势能面和频率影响应当很小
Q:
FrostMourne撤回了一条消息
好的，谢谢老师。还有不明白的是，非谐振频率怎么搞成虚频了呢，harm那一栏对应的不是这样啊～我这个体系里只把N和C加了弥散，用augh把H的弥散给去掉了（参考的W1U及其引用文献所用的augh基组）。@Sobereva
A:
你可以先用个诸如6-31G**算算看是否非谐振也有虚频
你那个情况没碰见过
Q:
嗯啊，我再试试看。非常感谢社长这么晚了还解答～/抱拳
A:
你在freq里写上ReadAnharm，然后末尾空一行写上Print=NMOrder=AscNoIrrep，就可以避免非谐振计算时候自动按照振动模式不可约表示重新排序，这样非谐振部分编号顺序就和谐振计算时一样，即从小到大排了。
至于那个变成虚频的，你可以试试SelectAnharmonicModes的时候只选择那个模式再看看结果。其它模式是否以谐振方式考虑实际上也会影响你选择的模式的结果，原理上应当所有模式都按非谐振计算，各个模式的结果才是准确的。
Q:
嗯啊，如果所有模式都进行非谐振计算，是不是就不需要指明slectanharmonicmodes了，直接freq=anharmonic？@Sobereva
A:
对
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2016.05.28 07:32:23
Q:
各位，优化激发态的结构还需要做频率分析吗？
A:
凭化学直觉，觉得合理就不用做振动分析，否则耗时太高
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2016.05.28 16:35:30
Q:
老师：早上好！/咖啡请问若原子具有很厚的壳层，例如最外层电子达到6s5d，在用RDG,AIM,ELF 做成键分析，弱相互作用的时候，影响感觉很大，例如（Bi-Bi,Au-Au). 从键长来看，Bi-Bi是一个单键的距离，可是其RDG的等直面图之间却出现了弱相互作用的区域[图片]您怎么看？谢谢····/抱拳
老师：早上好！[表情]请问若原子具有很厚的壳层，例如最外层电子达到6s5d，在用RDG,AIM,ELF 做成键分析，弱相互作用的时候，影响感觉很大，例如（Bi-Bi,Au-Au). 从键长来看，Bi-Bi是一个单键的距离，可是其RDG的等直面图之间却出现了弱相互作用的区域[图片]您怎么看？谢谢····[表情]
A:
算算对应的BCP上电子密度是多大
Q:
老师：拓扑分析得出的结果如图[图片]
A:
小于0.05显然默认设定下会有RDG等值面
很重的原子半径很大，价层区域大，电子分布会比较稀疏。按一般RDG方式考察就仿佛是弱相互作用
Q:
那RDG的分析不是很合适重原子，我可以这样理解吗？如果这样，那么RDG的适用原子的范围是什么呢？若是金属一般到哪个金属呢？谢谢！
A:
不是不适合，你明知道是强相互作用的地方即便有RDG等值面你也甭当成弱相互作用
Q:
老师：您昨天说我的红色区域过大，让我调整等值面，这个是我现在弄的，您看怎样？[图片]谢谢！
A:
凑合
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2016.05.28 18:14:06
Q:
请问，计算核磁，之前先优化结构，优化时对基组要求高吗？
是不是可以一般基组优化，好的基组计算核磁？
A:
不高，B3LYP/def2SVP这种级别优化就够了
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2016.05.28 18:21:37
Q:
请问基态和激发态做原子电荷差，基态优化和激发态计算的泛函和基組必须相同吗？如果两个分子比较，一个有原子用了赝势，另一个没有，其他原子基組相同，可以比较结果吗？
@冰释之川谢谢，那请问如果两个分子比较，一个有原子用了赝势，另一个没有，其他原子基組相同，可以比较结果吗？
比较homo luno 能级，电离势，亲和势等等
请问如果比较两个分子homo luno 能级，电离势，亲和势等等，一个分子有原子用了赝势，另一个没有，其他原子基組相同，可以比较结果吗？
A:
计算级别必须相同，否则原子电荷差无意义
可以
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2016.05.28 18:33:54
Q:
老师，我用高斯生成了.out文件，但是继续选择1: Isotropic后，Multiwfn就自动退出了，这是怎么回事呢？
用Multiwfn做ICSS图时产生的问题
老师，用Multiwfn做图到最后一步载入.out文件时Multiwfn自动退出时为什么呢？
做的是ICSS图
A:
肯定是操作格点设定没对上之类。先看ICSS的博文，把文中一开头的示例文件正确载入再弄你自己的
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2016.05.28 19:17:21
Q:
老师好，我在计算NLMO时，文本正常结束，但是出现这种情况，请问是怎么回事呢。谢谢[图片]
A:
NBO3的bug，换更新版本。
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2016.05.28 19:23:01
Q:
我想问下，非键相互作用和弱相互作用是不是计算方法选择差不多，均使用DFT-D3/def2系列基组，外加BSSE校正？
A:
一般不用“非键相互作用”这词，大抵你是指非共价相互作用。
具体看弱相互作用的特征，静电主导的好算，D3和BSSE都不那么重要；色散主导的难算，D3得考虑，BSSE最好考虑。
算弱相互作用应当加弥散
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2016.05.28 19:33:59
Q:
[图片]请问老师，限制性优化时出现这样的错误是怎么回事呢
A:
看看最后一步结构，是否50号原子附近原子特别多特别挤
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2016.05.28 22:03:35
Q:
问大家一个问题，电场下计算分子，想把单位换算成V•nm-1，怎么换算，谢谢
请教大家一个问题，电场下计算分子，想把单位换算成V•nm-1，怎么换算，谢谢
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=189
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2016.05.28 22:46:47
Q:
请问sob老师，如何得到三角阵形式的hess矩阵？我计算频率之后得到x.chk文件，然后通过formchk x.chk x.fchk得到x.fchk文件，这个文件中的cartesian force constants 应该就是hess矩阵了，但是它不是三角阵形式的，sob老师我应该怎样转化得到三角阵的hess呢？谢谢！@Sobereva
那通常如何多的质重坐标下的hessian呢？手动计算吗？
A:
三角形形式就是对称矩阵的对称唯一的那半边，根本不需要什么转化
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2016.05.28 23:09:32
Q:
sob老师，请问用ROmp2计算含自由基体系的SOMO，结果文件用gview打开，40号轨道（能量最高的占据轨道）显示单占据，可是导入multiwfn，40号轨道却显示占据数是2，请问这个结果有问题吗？@Sobereva
A:
算SOMO干嘛用ROMP2？轨道和ROHF是相同的。
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2016.05.28 23:10:53
Q:
老师，我使用LR模型计算的发射能与SS模型计算的发射能相差很大，约2eV，这是该怎么办，需要调整构型吗？还是进行其他的处理？
A:
与其说是两个模型结果相差大，我更觉得是你计算步骤有问题，或者读错了数据之类
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2016.05.28 23:57:42
Q:
adNDP作者是?
A:
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
里面引用了原文
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2016.05.29 00:21:04
Q:
请问在计算电荷密度时，必须在自洽时就自己给定k点吗？
A:
不是
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2016.05.29 02:31:54
Q:
恩哈珀，然后，我暂停了的那个，哪个键是继续啊
[图片]你现在一共俩按钮能点
第一个点了没用，第三个点了出现这个[图片]
恩好
把gv和09装在一个目录下？
你让Gaussian用了1.6G内存，但是你电脑上总共还没有1.6G空余内存，当然跑不了
有啊，内存还很大啊
[图片]找个你周围的懂的人给你瞅一眼
这种基础电脑问题，一边几乎完全不熟远程遥控起来十分困难
用teamviewer直接全权控制，不是很方便操作？@LiYuanhe
有种印象，一远程就因为各种原因耽误好久[图片]，尤其是每一步都要问、不知道看help不知道查的，比较熟的少数人有时间折腾折腾。
A:
给一点Linux基础没有的人远程说怎么编译程序，足矣让人爆肝
Q:
[图片]“为什么密码打不进去”
A:
最怕就是又没知识又没灵性的
Q:
那计算完的文件存储位置呢
非要指明就 nohup g09 /目录/输入.gjf /目录/输出.out &
如果直接在文件夹下提交，那结果默认存在相同位置吗
A:
y
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