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标题: 请教关于将分子模拟软件作为高斯软件的外部程序（external）调用 [打印本页]

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Author: enthalpy 时间: 2023-1-2 21:59
标题: 请教关于将分子模拟软件作为高斯软件的外部程序（external）调用
大家好！

高斯软件可以通过external 的方式调用其他软件来计算体系的能量，力，二阶梯度等，从而使Gaussian软件可以利用外部软件支持的“能量函数”来优化结构或做振动分析等。一些分子模拟的软件如AMBER，GROMACS都可以通过rerun的方式来输出体系的能量和原子的受力，原则上它们是可以作为external被Gaussian利用。我知道社长写过支持xtb软件的接口，其他社友们是否写过类似的接口可以支持分子模拟软件，有愿意分享的吗？看文献知道捷克的一个课题组好多年前写过一个支持AMBER （sander）接口，看到一些社友说过写邮件和人联系但没有得到回复。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-2 22:34
这么做并不方便，而且实际意义有限。诸如Amber自己就带了Gaussian的接口可以做各种事情。相对来说，经典力场的动力学程序调用Gaussian，比Gaussian调用经典力场的动力学程序更容易，毕竟有了坐标Gaussian就能算，而且去调用经典力场的动力学程序得牵扯拓扑、参数文件这些事，而且还得考虑在自己的接口里加入截断化学键时候的特殊处理。

作者
Author: enthalpy 时间: 2023-1-3 00:46
本帖最后由 enthalpy 于 2023-1-3 00:51 编辑

sobereva 发表于 2023-1-2 22:34
这么做并不方便，而且实际意义有限。诸如Amber自己就带了Gaussian的接口可以做各种事情。相对来说，经典力 ...

谢谢社长的回复。我之前的帖子忘了说应用场景：用Gaussian调用MM力场去做结构优化，主要是为了拟合力场参数用。上贴中提到的捷克课题组拟合核酸的二面角参数时，其MM能量是用量化优化得到结构在约束条件下再次用MM优化后得到的(当然待拟合的二面角参数设为0)，可能是这种方式得到MM的能量曲线比较平滑吧。该作者认为这么做是有必要的。类似的ff19SB，是先做经典力场的优化，再去做约束条件下的量化优化。也就是说它们的MM的能量都是经过MM优化后的单点能。所以出于这些考虑，我也打算仿照捷克课题组的做法。

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