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标题: VMD如何解决分子团簇穿越边界的问题 [打印本页]

作者
Author: moritaichi 时间: 2023-1-3 14:55
标题: VMD如何解决分子团簇穿越边界的问题
如图，最左边红圈和最右边红圈是同一个结构穿越了边界，希望有经验的大佬教一教如何使得这个结构显示为一个整体
能想到的方法包括：
1，改变晶胞划定
2，在y轴方向晶相复制一个一模一样的晶胞。
烦请有经验的大佬不吝赐教。

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作者
Author: chands 时间: 2023-1-3 17:40
VMD>Graphics>Representations>Periodic，选+Y，可以再+Y方向添加一个一模一样的box。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-3 18:49
如果初始帧分子是完整的，可以用pbc wrap -all -compound fragment修正轨迹保持片段的完整性
如果是GROMACS跑的，也可以用trjconv结合-pbc mol使转出来的新轨迹保持分子完整性

楼上说的显示周期镜像也是个办法，但这样做相邻盒子间没法显示成键。

作者
Author: moritaichi 时间: 2023-1-4 14:30

sobereva 发表于 2023-1-3 18:49
如果初始帧分子是完整的，可以用pbc wrap -all -compound fragment修正轨迹保持片段的完整性
如果是GROMAC ...

我结合了卢老师和楼上大佬的方法，暂时还是有点问题。我是用CP2K跑的AIMD，pbc wrap -all -compound fragment这个命令输入了好像没什么变化。
楼上的显示周期性晶相倒是挺有用的，我不太需要相邻盒子成键，不过用这种方法没办法用球棍模型显示，两个晶胞的原子显示各一半，会很违和，我截个图。再次感谢卢老师的耐心讲解。

作者
Author: naoki 时间: 2023-1-4 15:51
如果就只有一两个分子被边界分开了，可以手动改坐标文件，把相应原子坐标平移盒子边长

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