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标题: 求助：蛋白质配体复合物在不同温度下的MD [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2023-1-3 17:42
标题: 求助：蛋白质配体复合物在不同温度下的MD
各位老师好，我想模拟一下蛋白质配体复合物在不同温度下的状况，我想问这样可以模拟成功吗？或者这样模拟有意义吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-3 18:23
当然可以
任何主流的动力学程序都有控温设置

作者
Author: 阿志 时间: 2023-1-3 20:30

sobereva 发表于 2023-1-3 18:23
当然可以
任何主流的动力学程序都有控温设置

老师，我想问一下，温差在10K左右，对于结合自由能的计算影响大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-4 09:06

阿志发表于 2023-1-3 20:30
老师，我想问一下，温差在10K左右，对于结合自由能的计算影响大吗？

不一定
跟结合的紧密程度、配体和结合位点残基的柔性都有一定关系。可以实际跑出来对比。但也注意分子动力学的随机性问题，采样不足的话两次对同一个温度算的结果差异都可能超过这么点温度的差异

作者
Author: 阿志 时间: 2023-1-4 13:35

sobereva 发表于 2023-1-4 09:06
不一定
跟结合的紧密程度、配体和结合位点残基的柔性都有一定关系。可以实际跑出来对比。但也注意分子动 ...

好的，谢谢老师的回答

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