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标题: 求助：如何去统计过渡态中normal mode所处的能级，以及到底是否被激发？ [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2023-1-4 14:58
标题: 求助：如何去统计过渡态中normal mode所处的能级，以及到底是否被激发？
各位老师好！我目前在用Progdyn/Gaussian结合去跑MD，初始结构是根据玻尔兹曼分布，对过渡态进行一个normal mode的取样，得到TS ensemble。我现在需要去统计每个初始过渡态中到底是哪一个normal mode被激发，才导致轨迹的朝向。
我最近看的这篇文章中就是去分析了到底哪个mode被激发，才导致从TS出发最终有两种典型轨迹的产生。
那么在这里我是有一些疑惑：我大概了解到这里的横坐标是mode24所处的能级，当是ZPE时，说明mode24处于基态，后面的1 2 3，是被激发的后所处的能级，这里我不太了解这里的能级是怎么定义的，应该怎么去计算得到。
希望各位老师能够给予指导！

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2023-1-5 06:50
这套思路的起始点，估计是Daniel A. Singleton在2008年发的一篇文章，你找一下DOI号为10.1021/ja802577v里“dynamic matching”的内容。真要抠细节的话，去看proggenHP文件里的代码。

不过你首先应该想的不是重复文献中的做法，而是你到底要解释什么实验现象。是post-transition state bifurcation，还是某个intermediate尚未充分relax的时候反应就进入到了下一步，还是某个intermediate在很平缓的势能面上瞎晃悠。

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