计算化学公社

标题: 能否帮忙查询几个晶体结构，谢谢 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-5 10:38
标题: 能否帮忙查询几个晶体结构，谢谢
自己通过CCDC不会查阅。这几个分子的结构如下：
给一下可用MS打开的cif输入文件，谢谢
PS：顺带问一下，是不是薄膜器件，没有这样的结构？那应该如何处理，需要自己模拟出来吗？谢谢指点。

作者
Author: wbn 时间: 2016-6-6 04:52
我试了一下也搜不到这几个分子哎，不知道怎么回事。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-6 07:38

wbn 发表于 2016-6-6 04:52
我试了一下也搜不到这几个分子哎，不知道怎么回事。

谢谢你

作者
Author: liuxiaogang0206 时间: 2016-6-6 17:57
如果要把晶体存入CCDC，除了Acta Crystallography 系类的杂志，作者需要亲自去信CCDC。
所以很多报道的晶体，未必在CCDC里面找得到。

多数杂志都会把正文报道的晶体信息放在附件SI当中。

如果实在没有，跑个量化计算，结果都八九不离十。

作者
Author: bomsaude 时间: 2016-6-6 18:21
也查了一下，查不着，只有两个类似的，见附件

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-6 22:19

liuxiaogang0206 发表于 2016-6-6 17:57
如果要把晶体存入CCDC，除了Acta Crystallography 系类的杂志，作者需要亲自去信CCDC。
所以很多报道的 ...

谢谢指点，你说的这个量化计算具体指？
是计算单个分子还是跑出类似于晶体构型的？
现在我遇到一个问题，我咨询一下你。就是实验上做成晶体的都有晶体结构，但是，我看我这个方向好多都是做成薄膜，所以没有这样的晶体结构，所以，我在想，怎么能自己模拟出来个一堆A分子聚集在一起时候的构型。
我想的是用gromacs，来做初始薄膜构型的猜测，不知道可以行不？谢谢

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-6 22:19
本帖最后由小范范1989 于 2016-6-6 22:41 编辑

bomsaude 发表于 2016-6-6 18:21
也查了一下，查不着，只有两个类似的，见附件

谢谢你的帮忙，谢谢。刚刚我用ＶＭＤ打开试了试，怎么就一个分子呢？谢谢哈

作者
Author: bomsaude 时间: 2016-6-6 23:11

小范范1989 发表于 2016-6-6 14:19
谢谢你的帮忙，谢谢。刚刚我用ＶＭＤ打开试了试，怎么就一个分子呢？谢谢哈

一个文件就是一个分子，两个文件两个分子啊，mol2格式许多软件都能打开啊，包括gaussview。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-7 06:49

bomsaude 发表于 2016-6-6 23:11
一个文件就是一个分子，两个文件两个分子啊，mol2格式许多软件都能打开啊，包括gaussview。

偶，谢谢，可能我表述的意思不明确。我的意思是，按说晶体结构是不是应该一堆分子在一起，好多A在一起这样的文件，谢谢哈

作者
Author: liuxiaogang0206 时间: 2016-6-7 13:21

小范范1989 发表于 2016-6-6 22:19
谢谢指点，你说的这个量化计算具体指？
是计算单个分子还是跑出类似于晶体构型的？
现在我遇到一个问题 ...

通常量化计算都算单个分子，或者数个（数量比较小）分子。
要预测某个分子的晶体结构，难度不是一般的高。还不如自己长晶体来的快。

要是自己建立一个分子簇（相当于建个模）。只要能自圆其说，说明实验结果。
基本（勉强）可以接受。

从花的时间和得到的结果的性价比来说，个人推荐长晶体。配个饱和溶液，晾上一个礼拜。运气好的话，照个X光，结构就到手了。
当然，这不是本坛的焦点，就不多扯了。

另外，你要的结构别人已经报道晶体了？要是网上没有，那就找通讯作者要。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-7 16:13

liuxiaogang0206 发表于 2016-6-7 13:21
通常量化计算都算单个分子，或者数个（数量比较小）分子。
要预测某个分子的晶体结构，难度不是一般的高 ...

偶，好的，谢谢你的指点。

作者
Author: cjsy 时间: 2016-6-21 20:46

liuxiaogang0206 发表于 2016-6-7 13:21
通常量化计算都算单个分子，或者数个（数量比较小）分子。
要预测某个分子的晶体结构，难度不是一般的高 ...

太小看做晶体的了，晶体哪是这么好做的。
简单的饱和溶液蒸发，很多时候出来的都是多晶，根本没用的。解晶体结构必须是在X-ray下高质量的单晶，眼睛看着像单晶的很多都还不行。很多时候试了几十颗像单晶的晶体，其实也就几颗是真正的单晶。

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