计算化学公社

标题: 算三分子间的相互作用能，读取哪log的数据更有可信度？ [打印本页]

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2023-1-6 10:59
标题: 算三分子间的相互作用能，读取哪log的数据更有可信度？
各位老师好！
就是计算三分子相互作用能，出现了复合物带有counterpoise=3的log文件中的矫正后的相互作用能为-69.5kcal/mol,与我将优化后的复合物分别减去三个分子的Hartree能（换算后为-46.4kcal/mol）有很大的偏差。请问是我计算错误和理解错误，还是哪个更有可信度。十分感谢！下面附有各详细gjf和log文件。补充：（计算单点能使用的关键词为：# m062x/6-311+(d,p) empiricaldispersion=gd3）（计算复合物BSSE所使用的关键词为：# m062x/6-311+(d,p) empiricaldispersion=gd3 counterpoise=3）。

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2023-1-6 11:02
补充：所计算的分子均是提前进行了结构优化。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-1-6 11:28
本帖最后由冰释之川于 2023-1-6 11:29 编辑

你Sodiumcitrate孤立结构与复合物结构不一样，自己看看孤立结构中O16-Na19键长，以及在复合物中的16-Na19键长 (, 下载次数 Times of downloads: 3)

你要对比，首先要保证复合物与单体的结构一致

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2023-1-6 11:44

冰释之川发表于 2023-1-6 11:28
你Sodiumcitrate孤立结构与复合物结构不一样，自己看看孤立结构中O16-Na19键长，以及在复合物中的16-Na19键 ...

好的谢谢老师的提点！想再请教一个问题，麻烦老师回答下，十分感谢。请问“复合物-BSSE.log“文件输出的complexation energy= -69.48 kcal/mole (corrected)。可以写进文章吗？说这结合能就是该复合物的相互结合能。

作者
Author: gengle 时间: 2023-1-6 12:21
我觉得复合物和单体结构上稍有差异是正常的，如果优化没问题，不用纠结于此。若差异较大就需要重视了。
另外，complexation energy (corrected) 也是可以直接使用的。

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2023-1-6 12:25

gengle 发表于 2023-1-6 12:21
我觉得复合物和单体结构上稍有差异是正常的，如果优化没问题，不用纠结于此。若差异较大就需要重视了。
另 ...

好的十分感谢！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-1-6 13:25

gengle 发表于 2023-1-6 12:21
我觉得复合物和单体结构上稍有差异是正常的，如果优化没问题，不用纠结于此。若差异较大就需要重视了。
另 ...

你要算相互作用能，参考片段必须是从优化后的复合物中提取出来的；如果你还要考虑变形部分能量那另说。
你BSSE任务里的片段就是从复合物里提取的；而你自己单独计算的片段估计又优化过了，所以会导致结果的差异。
其实差异就是来自三个片段的变形能

作者
Author: gengle 时间: 2023-1-6 14:27

冰释之川发表于 2023-1-6 13:25
你要算相互作用能，参考片段必须是从优化后的复合物中提取出来的；如果你还要考虑变形部分能量那另说。
...

多谢，我原来计算的时候就是直接使用的complexation energy (corrected) 这个值，没有再做其它的转换。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-1-6 22:05
你可以用校正之后的能量分别减去单体的能量，这样就考虑了变形能

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-7 08:05

gengle 发表于 2023-1-6 14:27
多谢，我原来计算的时候就是直接使用的complexation energy (corrected) 这个值，没有再做其它的转换。

结合能通常以分子孤立状态结构为参考，相互作用能通常以复合物里单体结构为参考
当单体变形能不可忽略时，算结合能需要用BSSE校正后的复合物能量（即Counterpoise corrected energy）减去单体孤立结构下的能量和，要么用BSSE校正后的相互作用能（即complexation energy (corrected)）再手动加上各个单体的变形能

作者
Author: gengle 时间: 2023-1-7 18:55
本帖最后由 gengle 于 2023-1-7 19:02 编辑

sobereva 发表于 2023-1-7 08:05
结合能通常以分子孤立状态结构为参考，相互作用能通常以复合物里单体结构为参考
当单体变形能不可忽略时 ...

谢谢Sob老师

。我们当时的结构变形是可以忽略的，因此直接使用了较正后的相互作用能。

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