计算化学公社

标题: 求助，请教opc水itp文件里的settle怎么修改 [打印本页]

作者
Author: ogrebit 时间: 2023-1-6 12:11
标题: 求助，请教opc水itp文件里的settle怎么修改

请教一下，opc水的问题。一个纯水的盒子，需要选择一个水分子作为溶质solute set，用free energy perturbation计算溶剂化自由能，
报错如下。。。
Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,
disabling internal thread affinity

-------------------------------------------------------
Program: gmx mdrun, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\mdlib\settle.cpp (line 194)

Fatal error:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
求溶剂化自由能，settle报错，请问有人会opc水的这个怎么改吗

还有其它水模型模型，比如TIP4P，TIP5P，极性水分子模型，这个settle问题有没有模板。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-1-6 13:37
为什么总有人喜欢把颜色搞成这样，瞬间闪瞎阅读者，引起阅读者强烈不适。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-6 21:25
别自己在标题里手写[GROMACS]这种标签，这次给你改了，以后注意

提示写明了，只能有一个moleculetype出现[ settles ] 字段，你定义的SOL和SOL1都有这个字段，不允许。如果两类分子非得都出现，干脆用柔性水，此时可去掉[ settles ]字段

作者
Author: ogrebit 时间: 2023-1-7 11:56

sobereva 发表于 2023-1-6 21:25
别自己在标题里手写[GROMACS]这种标签，这次给你改了，以后注意

提示写明了，只能有一个moleculetype出 ...

多谢版主。。。这个settle删掉以后对计算结果的影响有吗？不知是否研究过?特别是溶剂化性质

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-8 05:42

ogrebit 发表于 2023-1-7 11:56
多谢版主。。。这个settle删掉以后对计算结果的影响有吗？不知是否研究过?特别是溶剂化性质

你用柔性水就不需要写，根据预处理语句可知此时不生效

主流的水模型大多都是基于刚性模型做的参数化，但使用柔性模型也没什么问题，只不过能用的步长肯定没法到2fs

作者
Author: ogrebit 时间: 2023-1-8 20:01

sobereva 发表于 2023-1-8 05:42
你用柔性水就不需要写，根据预处理语句可知此时不生效

主流的水模型大多都是基于刚性模型做的参数化， ...

谢谢版主指导，我初步试了一下OPC水计算溶剂化自由能，大概是-34.1kJ/mol， TIP3P是-25.6kJ/mol, SPC/E是-29.6kJ/mol，实验值是-26.3kJ/mol。这一点TIP3P水是最好的。

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