计算化学公社

标题: 根据Gromacs官网命令计算氢键，报错。 [打印本页]

作者
Author: danyunlee 时间: 2023-1-6 15:14
标题: 根据Gromacs官网命令计算氢键，报错。
根据Gromacs官网命令计算氢键，报错。看不懂，不知道怎么修改，请各位大神指导。小白一枚。
输入命令：gmx distance -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -select 'resname "JZ4" and name OAB plus resid 102 and name OE1' -oall
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作者
Author: mol 时间: 2023-1-6 19:35
应该就是select里面的语法问题吧，仔细看看说明。
或者提前用make_ndx做好索引文件也可以

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-7 08:15
一方面先确保选择语句没问题，另一方面强烈建议在linux下运行（或者windows下用cmder模拟的Bash环境），否则一些选择语句涉及的单引号无法正确解析

我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班里涉及到这种地方都特意说明

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