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标题: 请教各位，如何去掉模拟体系轨迹文件中的水分子 [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2023-1-6 20:16
标题: 请教各位，如何去掉模拟体系轨迹文件中的水分子
本帖最后由 huhq 于 2023-1-6 22:29 编辑

NAMD模拟目标分子在水溶液中的动力学之后，得到轨迹文件dcd，如何把轨迹文件中的水分子去掉，只剩下目标分子的轨迹呢？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-7 08:19
save coordinate保存新轨迹时选择语句用not water

选择语句的相关知识见
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: huhq 时间: 2023-1-7 09:52
本帖最后由 huhq 于 2023-1-7 11:28 编辑

sobereva 发表于 2023-1-7 08:19
save coordinate保存新轨迹时选择语句用not water

选择语句的相关知识见

该方法是否需要先调入轨迹文件后再选择保存目标分子，但在调入轨迹文件时VMD即崩溃了。请教sob老师是否有从轨迹文件中提取目标分子轨迹的其他方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-8 05:41

huhq 发表于 2023-1-7 09:52
该方法是否需要先调入轨迹文件后再选择保存目标分子，但在调入轨迹文件时VMD即崩溃了。请教sob老师是否有 ...

载入过程中崩溃通常都是因为32bit VMD可调用内存太有限所致，按这里说的改用64bit版

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: fhh2626 时间: 2023-1-8 17:10
如果轨迹太大，不好处理的话也可以用catdcd去掉水分子

作者
Author: huhq 时间: 2023-1-8 18:15
谢谢sob老师。问一下楼上，win10下需要另外加载catdcd插件吗？

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