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标题: vasp5.4.4+vaspsol+VTST+environment-modules安装记录 [打印本页]

作者
Author: funok 时间: 2023-1-7 17:24
标题: vasp5.4.4+vaspsol+VTST+environment-modules安装记录
本帖最后由 funok 于 2024-6-29 17:02 编辑

1).environment-modules安装

yum install -y environment-modules
source /usr/share/Modules/init/bash

environment-modules相关文件在/usr/share/Modules/目录下
module file 可以放在/usr/share/Modules/modulefiles

参考网址：
1.https://blog.csdn.net/qq_41493990/article/details/81531411
2.https://qinqianshan.com/unix/linux/environment-module/

2).使用env2制作intel编译器的module file

下载env2的代码：git clone https://git.code.sf.net/p/env2/code env2-code

echo "#%Module1.0" > intel2019
perl env2 -from bash -to modulecmd "[install-dir]/parallel_studio_xe_201m.0.nnn/psxevars.sh intel64" >> intel2019

module load intel2019加载环境
which icc
which icpc
which ifort
which mpi
which mpiifort
echo $MKLROOT
查看输出是否正常

编译intel fftw3
cd /opt/intel/mkl/interfaces/fftw3xf
make libintel64
该目录下会生成文件libfftw3xf_intel.a

参考网址：
1.https://www.intel.com/content/ww ... elopment-tools.html

3).VTST
下载VTSTcode: http://henkelmanlab.org/vtsttools/download.html

cp vasp544/src/chain.F vasp544/src/chain.F.bk
cp vtstcode-195/vtstcode5/* vasp544/src
rm vasp-5.3.2-main.patch vasp-5.3.2-mpmd.patch vasp-5.4.1-mpmd.patch

修改src/main.F文件
将CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &                        LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
替换为
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
         TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)

修改.objects文件
找到SOURCE 的chain.o前添加以下内容
      bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
      fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \


参考网址：
1.http://henkelmanlab.org/vtsttool ... vtst-code-into-vasp
2.http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm
3.https://www.bilibili.com/read/cv3796429
4.https://ac.sugon.com/doc/1.0.6/1 ... VASP5.4.4&VTST.html

4).VASPsol
下载 VASPsol https://github.com/henniggroup/VASPsol
将vaspsol中的复制solvation.F 替换掉vasp544/src中的solvation.F

参考网址
1.https://www.xwang.info/blogs/compile-vaspsol-codes-into-vasp
2.https://github.com/henniggroup/VASPsol
3.https://blog.csdn.net/weixin_44047008/article/details/120443652

5)使用patch.5.4.4.16052018打补丁
patch -p0 < patch.5.4.4.16052018

6)修改makefile.include
cp vasp544/arch/makefile.include.linux_intel makefile.include
CPP_OPTIONS中添加
-Dsol_compat

OFLAG    = -O3

7)编译vasp
make all

注：上述env2-code下载链接失效，有下载需求可见附件。

作者
Author: AndySun 时间: 2023-1-14 00:13
感谢分享，非常好

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