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标题: Gromacs求助，如何用命令测量MD下复合物氢键长度 [打印本页]

作者
Author: danyunlee 时间: 2023-1-8 23:18
标题: Gromacs求助，如何用命令测量MD下复合物氢键长度
在使用gromacs官网命令结合我的复合物测量氢键时，想测量配体上的氧原子与残基GLY10的酰胺基上的N-H形成的氢键长度，输入命令gmx distance -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -select "resname JZ4 and name OAB plus resid 10 and name OE1" -oall
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但是输入后没有任何结果出现，也没有报错。不知道什么原因。
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估计是命令的原因，求教各位大神指点，该如何输入命令。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-8 23:45
尝试linux版，并且确保选择语句正确

另外，gmx pairdist也可以实现同样的测量功能。

使用VMD直接获得距离变化明显更方便直观

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