计算化学公社

标题: windows下原生gromacs 2022.4 gpu 版 [打印本页]

作者
Author: lmch 时间: 2023-1-10 02:00
标题: windows下原生gromacs 2022.4 gpu 版
本帖最后由 lmch 于 2023-1-10 02:10 编辑

排除了一大堆编译bug（此处感谢@Chris——szk，我最后直接暴力全改MT了），终于在MSVC 17 2022下，基于fftw 3.3.10，cuda 11.8编译出了gromacs 2022.4 gpu版

，欢迎各位大佬测试使用。
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郑重提醒：生产模拟最好在linux下做，省时省力bug少。受c++17标准写法变更、cuda版本迭代、gmx版本迭代等因素的影响，本文给出的gmx 22.04 对源码进行了若干处（多到我也记不住了）修改以通过MSVC的编译，请慎重使用。

编译流程可参考版主的GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，写法基本不变，未使用Ninja等其他编译器。
此外，建议cmake 编译时，手动添加 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release 以规避issues/4688 带来的cmake list 在MSVC下默认选项失效的问题。

小声BB：MSVC 下的编译效率低的令人发指，不能并行，只能干等。。

压缩包附后：

链接：https://share.weiyun.com/hc8fVUaq 密码：cwewf7

作者
Author: PoorChaos 时间: 2023-1-11 16:14
太牛了

作者
Author: nianbin 时间: 2023-1-31 17:16
哥哥，可以联用cp2k做QMMM吗

作者
Author: lmch 时间: 2023-2-6 22:02

nianbin 发表于 2023-1-31 17:16
哥哥，可以联用cp2k做QMMM吗

新版的gromacs应该是给出了cp2k的接口，但是在编译的时候需要额外添加相关依赖，具体的请参考gromacs官网有关手册的说明，且应该在Linux环境中进行的，相关链接https://manual.gromacs.org/curre ... mimic-qm-mm-support Building with CP2K QM/MM support
本文给出的gromacs没有做相关的编译操作，只适合跑动力学。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-16 15:04
本帖最后由牧生于 2023-2-16 15:31 编辑

https://manual.gromacs.org/current/download.html
https://manual.gromacs.org/current/release-notes/2023/major/highlights.html

据说gmx2023又进一步提升了速度。

作者
Author: lmch 时间: 2023-2-16 21:09

牧生发表于 2023-2-16 15:04
https://manual.gromacs.org/current/download.html
https://manual.gromacs.org/current/release-notes/2 ...

这众嗦粥之，.0版本就是试验品，看一看测一测就好了。
22.5版本倒是可以拿来用，如果需要win版的话，我抽空搞一个吧，估计又得改一堆代码。。。

不如早日用上linux解千愁，都快简化成一键安装了。

作者
Author: 大村驴 时间: 2023-3-16 01:25

牧生发表于 2023-2-16 15:04
https://manual.gromacs.org/current/download.html
https://manual.gromacs.org/current/release-notes/2 ...

但是更难编译了

作者
Author: T0ma 时间: 2023-3-27 21:18
本帖最后由 T0ma 于 2023-3-27 23:40 编辑

大佬你好，我在编译GROMACS2023过程中完全参照458文章的做法，但出现“unknown option -std:c++17”，然后报错，请问是不是也是因为你提到的C++17写法变更的影响呢？我完全没有编程基础，请问是不是目前版本在不改源代码的基础上无法编译在windows11系统里？

作者
Author: 大村驴 时间: 2023-3-31 21:13

T0ma 发表于 2023-3-27 21:18
大佬你好，我在编译GROMACS2023过程中完全参照458文章的做法，但出现“unknown option -std:c++17”，然后 ...

把c++17改成CUDA17就好了。但这只是个开头，后面还有无数的坑

作者
Author: 大村驴 时间: 2023-3-31 21:14
请问最后改MT那步是怎么改的呢，需要改什么参数

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