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标题: 如何找到基态能量最低点的构型 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-6 15:16
标题: 如何找到基态能量最低点的构型
优化一个分子的基态，发现后文献上差距较大，发现是基态初始结构输入的问题，导致优化产生的基态不是能量最低点，因此计算的激发态能量偏高。结构如图（1）所示：
想问一下这样的结构如何固定1、2、3、4原子或者5、6、7、8原子的二面角进行基态优化。
同时怎么通过改变1、2、3、4原子或者5、6、7、8原子的二面角进行势能面scan。

谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
末尾空一行添加
D 1 2 3 4 F

2：扫描二面角
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0

ps：我和你做一个方向，都是TADF理论计算，我感觉你遇到的问题是不是两个D不对称？我之前遇到过
http://ccc.keinsci.com/forum.php ... ;tid=920&extra=
不知道能否有帮助。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-6 18:13

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant

谢谢！
对的，像D是吖啶的优化出来就不对称，但是如果是咔唑优化出来就没有问题。
这个应该和我的初始构型的输入有很大的关系，我感觉。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-6 18:26
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-6-6 18:32 编辑

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant

我看了你的帖子了，我发现我优化出来两个吖啶都不对称，你的初始结构是自己直接画的，还是先通过3-21g优化一下，然后通过B3LYP优化？
你是通过二面角扫描的方法找到能量最顶的结构么？
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
1 2 3 4 S 18 10.0（这里的S 18 10.0代表什么意思），扫描二面角不需要scan关键词么？
不好意思，不太明白这些参数，非常谢谢！
还有最后有人回复你，他通过限定Cs点群的方法，不知如何限定，我看了他给的gjf文件，查看 point-group ，也没有限定什么点群。

作者
Author: bomsaude 时间: 2016-6-6 18:38

yezhonghua 发表于 2016-6-6 10:26
我看了你的帖子了，我发现我优化出来两个吖啶都不对称，你的初始结构是自己直接画的，还是先通过3-21g优 ...

D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

1 2 3 4 S 18 10.0（这里的S 18 10.0代表什么意思），扫描二面角不需要scan关键词么？
S 是Scan，18是扫描次数，10.0是步长
现在的高斯新版本不设置起始值，这是柔性扫描，Scan写到关键字中是刚性扫描。

作者
Author: lastzealot 时间: 2016-6-6 18:45
你可以按照文献给出的构型调整输入文件分子结构，用pm6试一下再说

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-6 22:15
本帖最后由小范范1989 于 2016-6-6 22:38 编辑

yezhonghua 发表于 2016-6-6 18:13
谢谢！
对的，像D是吖啶的优化出来就不对称，但是如果是咔唑优化出来就没有问题。
这个应该和我的初始 ...

遇到这个问题，我问过。
解决的办法就是你在用view花分子的时候，利用对成性画分子，这样就通过基态得到的HOMO是均匀的分布在两端，
ps：其实，这不是必要的，因为你可以看看，HOMO在一个D上，那么HOMO-1会在另外一个D上，而且HOMO-1和HOMO是兼并的，当时审稿人问过我一个这样的问题，所以你在做图像分布的时候，最好是画出HOMO-1，HOMO，LUMO的分布。
我的理解，不一定对哈，

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-6 22:46
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-6-6 23:03 编辑

小范范1989 发表于 2016-6-6 22:15
遇到这个问题，我问过。
解决的办法就是你在用view花分子的时候，利用对成性画分子，这样就通过基态得到 ...

非常感谢！

但是跃迁分析时候S1大部分是HOMO-LUMO的跃迁；这样直接用HOMO-1来搞不太好吧?

另外完全对称的结构也不一定是能量最低点吧，主要是不是能量最低结构用来计算垂直激发能误差有点大，有0.2ev和文献相比。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-6 23:04

lastzealot 发表于 2016-6-6 18:45
你可以按照文献给出的构型调整输入文件分子结构，用pm6试一下再说

谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-6 23:05

bomsaude 发表于 2016-6-6 18:38
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

谢谢，这里的18和10我是否可以取得大一点，这样的话是不是花费的时间要多了，结果取到的值应该更多一点吧？

作者
Author: bomsaude 时间: 2016-6-6 23:16

yezhonghua 发表于 2016-6-6 15:05
谢谢，这里的18和10我是否可以取得大一点，这样的话是不是花费的时间要多了，结果取到的值应该更多一点吧 ...

18是扫描次数，10.0是步长，就是每次扫描变化的量（用带小数点的数字），扫描次数越多，得到的点越多，花费的时间也越多

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 05:28

yezhonghua 发表于 2016-6-6 23:04
谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

一种半经验方法，Gaussian、MOPAC支持

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-7 06:47

yezhonghua 发表于 2016-6-6 22:46
非常感谢！

但是跃迁分析时候S1大部分是HOMO-LUMO的跃迁；这样直接用HOMO-1来搞不太好吧?

那你考虑的比较全面
1：你可以势能面扫一扫，看看有没有其他的构型。同时做个频率分析看看，
2：我感觉你这个0.2ev的差距，很大的可能是来源于泛函。基组我感觉影响相对较小。主要是泛函。

作者
Author: lastzealot 时间: 2016-6-7 08:00

yezhonghua 发表于 2016-6-6 23:04
谢谢，但是我没有用过pm6，不知道pm6是那款软件？

pm6不是软件，是经验方法，好像是针对前三周期的，不用写基组。
你可以在本站找找pm6相关帖子，Sob老师写过。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-7 08:36

小范范1989 发表于 2016-6-7 06:47
那你考虑的比较全面
1：你可以势能面扫一扫，看看有没有其他的构型。同时做个频率分析看看，
2：我感觉 ...

非常感谢，基组确实对能量计算结果影响较小，我的泛函采用的是B3LYP，和文献保持一致。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-7 09:01

小范范1989 发表于 2016-6-6 15:36
我的理解哈，我做过的输入：
1：固定角度优化，
#p B3lyp/6-31g(d) opt=modredundant

请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
5 6 7 8 S 18 10.0

1 2 3 4 S 18 10.0 和5 6 7 8 S 18 10.0 之间不需要空行的吧？

谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-7 09:13

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:01
请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
...

恩。我记得是，你可以测试一下啊。不就知道了吗？

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-7 09:14

bomsaude 发表于 2016-6-6 18:38
D 1 2 3 4 F （这里的D和F代表什么意思）
D是二面角（Dihedral angle），F是Frozen

我想找到能量最低的构型，是不是需要先对S0进行opt+freq优化，得到的构型然后再进行二面角柔性扫描就可以得到最低的能量构型。或者说在opt+freq优化的基础上进行二面角刚性扫描也可以得到能量最低构型？

谢谢！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-7 09:14

小范范1989 发表于 2016-6-7 09:13
恩。我记得是，你可以测试一下啊。不就知道了吗？

好的谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 09:22

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:01
请问如果我要同时扫描两边的二面角（1,2,3，4）和（5,6,7,8）。
是不是末尾空一行
1 2 3 4 S 18 10.0
...

是

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 09:23

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:14
我想找到能量最低的构型，是不是需要先对S0进行opt+freq优化，得到的构型然后再进行二面角柔性扫描就可以 ...

你先对两个二面角做柔性扫描，从得到的二维曲面图上找到离最深的势阱的最近的那个结构，保存成新的输入文件，做opt freq得到准确的最低点结构并查看有无虚频

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-7 09:28
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-6-7 09:33 编辑

sobereva 发表于 2016-6-7 09:22
是

谢谢sober老师，再次请教您一个问题。

如果要寻找能量最低构型是不是先进行opt+freq优化，预优化一下可以找到局部能量最低点。然后进行二面角柔性扫描，得到能量最低的构型。柔性扫描的话关键词里面不需要scan，如下所示：
#p b3lyp/6-31g(d) opt=modredundant
最后将得到的构型进行opt+freq。
这样的话是不是更加保险一点。

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 12:09

yezhonghua 发表于 2016-6-7 09:28
谢谢sober老师，再次请教您一个问题。

如果要寻找能量最低构型是不是先进行opt+freq优化，预优化一下 ...

是。
一开始是否做预优化无所谓，可以省掉。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-6-8 09:12
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-6-8 09:42 编辑

sobereva 发表于 2016-6-7 12:09
是。
一开始是否做预优化无所谓，可以省掉。

谢谢老师，sober老师像我的这个构型，寻找能量最低点是不是需要两次二面角扫描才能找到最优的初始构型？
这一点我不太肯定。
第一次是扫描羰基和苯的二面角，得到能量最低的构型，然后再在这个基础上进行吖啶和苯的二面角扫描，得到的能量最低构型才是最终可以确定的结构能量最低构型。
最后进行opt+freq优化。比如图1所示的分子是否需要二面角扫描3次才能确定能量最低的构型？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-8 09:58

yezhonghua 发表于 2016-6-8 09:12
谢谢老师，sober老师像我的这个构型，寻找能量最低点是不是需要两次二面角扫描才能找到最优的初始构型？
...

2不用扫，就扫1和3就行了，做二维扫描，同时扫两个二面角

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