计算化学公社

标题: 求助：非极性环形分子亚甲基的H被甲基取代后，其RESP电荷显著增大。 [打印本页]

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Author: enthalpy 时间: 2023-1-12 18:44
标题: 求助：非极性环形分子亚甲基的H被甲基取代后，其RESP电荷显著增大。
本帖最后由 enthalpy 于 2023-1-13 13:18 编辑

大家好！

我对图左下的分子 (MOL2) 用Gaussian 进行了优化并用MK方法计算ESP电势，用Antechamber来拟合RESP电荷，用于蛋白质的分子动力学模拟。由于该分子是蛋白上共价修饰物中一部分。所以计算ESP电荷基组与AMBER力场中常规拟合电荷方式一致，为HF/6-31G*. 我比较了两种ESP格点密度和数目(低 L 和高 H) ，具体参数分别为IOP(6/41=4,6/41=1) 和IOP(6/41=10,6/41=17) 。我发现低密度时，尽管ESP得到电荷会出现典型的非极性包埋原子电荷数值会偏大的情况，但在RESP拟合后看起来比较合理。但在高密度时，RESP拟合还是没法避免或是缓解这种情况，RESP电荷和ESP电荷接近（ESP(H)没有显示）。这其实也容易理解，当格点少时，施加限制是将一些包埋原子电荷绝对值减小，并使拟合的损失函数值控制的比较小。当格点数多，除非损失函数从所有格点数的累加值改成平均值，或者是无法避免。同时我也在同理论水平下计算NPA电荷。相比于RESP(L), 大部分原子的NPA电荷看起来和ESP和RESP(H)比较接近。对于等价的原子，我对它们的ESP或是NPA电荷做了平均。

同时我也做了一个对照，将环外的4个甲基替换成H（MOL1），这时无论是格点密度高低，得到ESP和RESP都比较合理。

我有2个疑问：

1 MOL2在高格点数时拟合得到RESP的电荷，一些非极性原子的电荷明显偏大，将其用于MD是否合理，是否会影响它与其它分子的相互作用，比如说原本的疏水相互作用。

2 如果不合理可以有哪些补救措施。

谢谢大家！

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作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-13 06:13
"ESP电荷"指代不明。仔细看下文里提到的我写的《拟合静电势电荷的计算方法》了解拟合静电势电荷都有多少种，特征各是什么
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

用Multiwfn算RESP电荷，比antechamber灵活得多，看上文。届时有什么问题把涉及的具体文件上传、说明操作步骤和所得结果。

作者
Author: enthalpy 时间: 2023-1-13 13:25
本帖最后由 enthalpy 于 2023-1-13 13:33 编辑

sobereva 发表于 2023-1-13 06:13
"ESP电荷"指代不明。仔细看下文里提到的我写的《拟合静电势电荷的计算方法》了解拟合静电势电荷都有多少种 ...

谢谢社长的回复。这里的ESP电荷指MK 方法得到的电荷。我去试试用Multiwfn拟合电荷。

作者
Author: enthalpy 时间: 2023-1-13 15:52

sobereva 发表于 2023-1-13 06:13
"ESP电荷"指代不明。仔细看下文里提到的我写的《拟合静电势电荷的计算方法》了解拟合静电势电荷都有多少种 ...

如果适当增大restraint，并且就用Multiwfn 默认计算MK的ESP格点参数，是可以得到合理的RESP电荷。

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