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标题: 高斯过渡态寻找烯烃Z/E顺反异构求助 [打印本页]

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-12 23:08
标题: 高斯过渡态寻找烯烃Z/E顺反异构求助
新手没有过计算烯烃顺反异构的经验。起始反应物是反式烯烃，后判断需要顺式烯烃继续反应，所以想寻找顺反异构的过渡态。反应是Cu配体已经和双键配位了，后续产物可以看出需要原来反应物的双键由反式转变成顺式，推测是由于Cu配位，克服双键拉长成为单键的能量，让键旋转从而完成烯烃构型的转变。
反应条件30°C，没有光，所以不是激发态下的。目前在尝试柔性扫描二面角，恳请大佬们指点我还可以做那些尝试。

之前是限制键长完成成断键的过渡态寻找，这种键旋转的过渡态应该怎么寻找呢？
先谢谢大家了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-13 06:18
直接摆个合适的初猜结构，其中二面角介于反应物和产物的中间值附近，结合opt=TS找过渡态就完了。仅当复杂情况才需要做昂贵的柔性扫描帮助确定合适的初猜结构。QST2也可以用

参考
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-13 10:17

sobereva 发表于 2023-1-13 06:18
直接摆个合适的初猜结构，其中二面角介于反应物和产物的中间值附近，结合opt=TS找过渡态就完了。仅当复杂情 ...

谢谢sob老师！我下去尝试一下！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-13 14:13
此外注意这个过渡态很可能是自旋破缺态，注意检查波函数稳定性

作者
Author: sai77 时间: 2023-1-13 14:29
这个烯烃的E/Z异构过程貌似在过渡金属催化里面比较常见，但是具体如何发生的还真没找到相关的机理研究
doi:10.1021/ja2069246

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-13 16:17

wzkchem5 发表于 2023-1-13 14:13
此外注意这个过渡态很可能是自旋破缺态，注意检查波函数稳定性

能麻烦您详细说一下吗，怎么检查稳定性呢

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-13 16:18

sai77 发表于 2023-1-13 14:29
这个烯烃的E/Z异构过程貌似在过渡金属催化里面比较常见，但是具体如何发生的还真没找到相关的机理研究
doi ...

我也没有搜索到相关机理的DFT计算，自己就先尝试找找

作者
Author: Jiao 时间: 2023-1-13 16:37

雨雨xt 发表于 2023-1-13 16:18
我也没有搜索到相关机理的DFT计算，自己就先尝试找找

我理解的，这和偶氮苯的异构化类似，有两种异构方式，所以存在两种过渡态：invertion pathway和rotation pathway。具体可以看这篇文献的SI部分：https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.8b00119

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-13 17:02

Jiao 发表于 2023-1-13 16:37
我理解的，这和偶氮苯的异构化类似，有两种异构方式，所以存在两种过渡态：invertion pathway和rotation ...

嗯嗯，我去看看，谢谢你

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-13 17:09

雨雨xt 发表于 2023-1-13 09:17
能麻烦您详细说一下吗，怎么检查稳定性呢

http://sobereva.com/82

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-13 17:27

wzkchem5 发表于 2023-1-13 17:09
http://sobereva.com/82

谢谢您

作者
Author: 雨雨xt 时间: 2023-1-14 22:44
本帖最后由雨雨xt 于 2023-1-14 22:53 编辑

sobereva 发表于 2023-1-13 06:18
直接摆个合适的初猜结构，其中二面角介于反应物和产物的中间值附近，结合opt=TS找过渡态就完了。仅当复杂情 ...

sob老师我用qst2试着找过渡态，报错了，报错内容是 RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/gauss/g16c01_avx2/g16/l101.exe

我确保我的原子是对应的，并且所给的结构分别尝试了优化后的前后中间体和未优化的前后中间体。所给命令行是#p opt=qst2 freq b3lyp/gen 6d em=gd3 gfinput pseudo=read temperature=303.15
是混和基组计算的
恳请老师解惑

作者
Author: chands 时间: 2023-1-14 23:18

雨雨xt 发表于 2023-1-14 22:44
sob老师我用qst2试着找过渡态，报错了，报错内容是 RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error terminati ...

两帧结构差太大，Gaussian懵了。建议直接用opt=TS。

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