计算化学公社

标题: 含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢？ [打印本页]

作者
Author: wmg166 时间: 2023-1-13 22:37
标题: 含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢？
请教高手，含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢，怎样提高计算速度。我在用64核超算结构优化。Ti 的化合物与 Co 形成的异质结。INCAR 如下：
Global Parameters
ISTART =  1          (Read existing wavefunction; if there)
ISPIN  =  1          (Non-Spin polarised DFT)
# ICHARG =  11       (Non-self-consistent: GGA/LDA band structures)
LREAL  = .FALSE.    (Projection operators: automatic)
ENCUT  =  550       (Cut-off energy for plane wave basis set, in eV)
PREC =  Normal    (Precision level)
LWAVE  = .TRUE.       (Write WAVECAR or not)
LCHARG = .FALSE.    (Write CHGCAR or not)
ADDGRID=.FALSE.    (Increase grid; helps GGA convergence)
Electronic Relaxation
ISMEAR =  0          (Gaussian smearing; metals:1)
SIGMA  =  0.05       (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM =  90          (Max electronic SCF steps)
NELMIN =  6          (Min electronic SCF steps)
EDIFF  =  1E-05       (SCF energy convergence; in eV)
# GGA  =  PS          (PBEsol exchange-correlation)

Ionic Relaxation
NSW =  100       (Max ionic steps)
IBRION =  2          (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi-New; 2-CG)
ISIF =  2          (Stress/relaxation: 2-Ions, 3-Shape/Ions/V, 4-Shape/Ions)
EDIFFG = -2E-02       (Ionic convergence; eV/AA)
# ISYM =  2          (Symmetry: 0=none; 2=GGA; 3=hybrids)

作者
Author: waitingseven 时间: 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先把截断能降低，K点网格也可以减少一些，先粗优化然后把两者提高再优化

作者
Author: wmg166 时间: 2023-1-14 10:06

waitingseven 发表于 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先 ...

ok 3Q

作者
Author: wmg166 时间: 2023-1-16 21:35

wmg166 发表于 2023-1-14 10:06
ok 3Q

这个INCAR 如顶楼所示，EDIFF  =  1E-05。  OSIZCAR 这样，是不是快收敛了？
DAV:  47 -0.925785643690E+03 -0.12776E-04 -0.14932E-04  8384 0.272E-02 0.668E-02
DAV:  48 -0.925785639866E+03 0.38237E-05 -0.11064E-04  7680 0.237E-02 0.289E-02
DAV:  49 -0.925785645465E+03 -0.55996E-05 -0.44770E-05  7680 0.154E-02
4 F= -.92578565E+03 E0= -.92562541E+03  d E =0.526564E+01
curvature: 4.28 expect dE= 0.231E+03 dE for cont linesearch  0.831E+02
ZBRENT: bracketing found
ZBRENT: interpolating
opt : 4.6410  next Energy=  -936.660382 (dE=-0.561E+01)
bond charge predicted
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
DAV: 1 -0.880899254561E+03 0.44886E+02 -0.73533E+03 11520 0.154E+02 0.260E+01
DAV: 2 -0.106428205453E+04 -0.18338E+03 -0.13172E+03 19840 0.682E+01 0.141E+02
DAV: 3 -0.990670504329E+03 0.73612E+02 -0.12897E+03 18112 0.592E+01 0.808E+01
DAV: 4 -0.101770971717E+04 -0.27039E+02 -0.70394E+02 18368 0.620E+01 0.895E+01
DAV: 5 -0.981086019690E+03 0.36624E+02 -0.34334E+02 19776 0.530E+01 0.934E+01
DAV: 6 -0.949673753056E+03 0.31412E+02 -0.17780E+02 17984 0.269E+01 0.477E+01
DAV: 7 -0.947779320323E+03 0.18944E+01 -0.12012E+02 18240 0.195E+01 0.460E+01
DAV: 8 -0.945350083759E+03 0.24292E+01 -0.85577E+01 18304 0.168E+01 0.394E+01
DAV: 9 -0.943336945301E+03 0.20131E+01 -0.60339E+01 19136 0.143E+01 0.337E+01
DAV:  10 -0.942437203369E+03 0.89974E+00 -0.55404E+01 18304 0.150E+01 0.328E+01
DAV:  11 -0.947645639981E+03 -0.52084E+01 -0.11084E+02 18944 0.193E+01 0.531E+01
DAV:  12 -0.942837986962E+03 0.48077E+01 -0.81785E+01 19840 0.182E+01 0.396E+01
DAV:  13 -0.939518560242E+03 0.33194E+01 -0.36882E+01 18496 0.126E+01 0.262E+01
DAV:  14 -0.938512429557E+03 0.10061E+01 -0.25048E+01 18624 0.900E+00 0.229E+01
DAV:  15 -0.938633990104E+03 -0.12156E+00 -0.22280E+01 19456 0.969E+00 0.215E+01
DAV:  16 -0.938946305230E+03 -0.31232E+00 -0.25537E+01 19008 0.952E+00 0.235E+01

作者
Author: wmg166 时间: 2023-1-29 21:49

waitingseven 发表于 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先 ...

截断能降低到400 ， EDIFF 设为 e-4 , 计算速度依然很慢, 三天才一步。怎么办

作者
Author: waitingseven 时间: 2023-1-29 22:47

wmg166 发表于 2023-1-29 21:49
截断能降低到400 ， EDIFF 设为 e-4 , 计算速度依然很慢, 三天才一步。怎么办

64核128个原子的计算应该不至于这么慢，是不是VASP编译的有问题，其他任务的运行是否正常？

作者
Author: wsz 时间: 2023-1-30 08:57
对于大体系，可以设置LREAL = AUTO

作者
Author: wmg166 时间: 2023-2-1 09:52
本帖最后由 wmg166 于 2023-2-1 09:54 编辑

waitingseven 发表于 2023-1-29 22:47
64核128个原子的计算应该不至于这么慢，是不是VASP编译的有问题，其他任务的运行是否正常？

我的32核，64 G内存。我不懂编译，可能是编译有问题。。有空您可以帮我看一下吗？您QQ多少？我QQ ：1870891108

作者
Author: waitingseven 时间: 2023-2-1 11:10

wmg166 发表于 2023-2-1 09:52
我的32核，64 G内存。我不懂编译，可能是编译有问题。。有空您可以帮我看一下吗？您QQ多少？ ...

我对编译不是很在行，自己也是通过sob老师的教程编译的，用起来没问题，你可以看看sob老师在bilibili上录的编译视频，按照教程自己操作起来比较简单

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-2 01:37
用CP2K优化这种尺寸的体系极其轻松，像样的双路服务器下不超过两分钟就能结构优化一步，结果立等可取。图快用CP2K是首选

作者
Author: 876449830 时间: 2023-2-2 12:51

waitingseven 发表于 2023-2-1 11:10
我对编译不是很在行，自己也是通过sob老师的教程编译的，用起来没问题，你可以看看sob老师在bilibili上录 ...

有可能是Intel编译器无法释放内存，可以看一下内存情况；再者，每台机子都有合适的NPAR值，需要测试，并不是慢就是全怪计算机。。。

作者
Author: wmg166 时间: 2023-2-3 22:29

wsz 发表于 2023-1-30 08:57
对于大体系，可以设置LREAL = AUTO

我设置 LREAL = AUTO ，计算进行不了？ why ？求指点

作者
Author: wmg166 时间: 2023-2-3 22:34
本帖最后由 wmg166 于 2023-2-4 09:56 编辑

876449830 发表于 2023-2-2 12:51
有可能是Intel编译器无法释放内存，可以看一下内存情况；再者，每台机子都有合适的NPAR值，需要测试，并 ...

您看一下，这是内存状况，怎样改进：
[root@node01 ~]# free -m
         total    used    free    shared buffers    cached
Mem:  64410    40154    24255       0       523    20507
-/+ buffers/cache:    19123    45286
Swap:       65546       13    65533
[root@node01 ~]# free
         total    used    free    shared buffers    cached
Mem:  65956372 41113572 24842800       0    535988 20999384
-/+ buffers/cache: 19578200 46378172
Swap:    67119532    13512 67106020

另一台：
[root@localhost ~]# free  -m
            total       used       free    shared  buff/cache available
Mem:    64244    16500    38242       122       9500    46970
Swap: 32255          0    32255
[root@localhost ~]# free
            total       used       free    shared  buff/cache available
Mem:  65786428 16896260 39161300    125064    9728868 48098048
Swap: 33030140          0 33030140

第三台： [root@localhost ~]# free -m
            total       used       free    shared  buff/cache available
Mem: 128738    71368    56749       330       620    56466
Swap: 4095          0       4095
[root@localhost ~]# free
            total       used       free    shared  buff/cache available
Mem:    131828324 73081016 58112232    338024    635076 57821792
Swap:    4194300          0    4194300

作者
Author: 876449830 时间: 2023-2-5 14:18

wmg166 发表于 2023-2-3 22:34
您看一下，这是内存状况，怎样改进：
[root@node01 ~]# free -m
total used ...

看不出来，你多观察几次内存情况，尤其是缓存部分；还有测试NPAR

作者
Author: wmg166 时间: 2023-2-5 20:03
好像一般NPAR=4 比较快

作者
Author: kubingxia23 时间: 2023-2-6 17:11
可能还是K点设置的太密了从Gamma-point only开始做一个收敛性测试看看？

另外Ti和Co有多种赝势可选，价电子数不同计算的速度也会有明显的差距

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)