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标题: Sobtop通过assign_AT读入自己添加的原子类型失败 [打印本页]
作者
Author: chieko    时间: 2023-1-14 11:50
标题: Sobtop通过assign_AT读入自己添加的原子类型失败
请问一下Sob老师和各位前辈：
我想用Sobtop建立氧化铝表面的拓扑，力场参数用的CLAYFF。在第一步就遇到了问题，pdb文件中的Al和O不能正确识别为我在assign_AT文件中自己添加的原子类型。我想请教一下，是我用MS生成的pdb格式文件不规范呢，还是我写入的原子类型有问题呢？
自己在assign_AT.dat中添加的原子类型：
  1. $Al_o 1.5750
  2. nbond 6
  3. element Al

  5. $O_b -1.0500
  6. nbond 4
  7. element O
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由MS切割扩胞产生的Al2O3表面结构的pdb文件（部分），不知道格式是不是有什么问题：
  1. REMARK   Materials Studio PDB file
  2. REMARK   Created:  Wed Jan 04 02:20:29 +0800 2023
  3. CRYST1   19.036   19.036   12.062  90.00  90.00 120.00 P1
  4. ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000
  5. ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000
  6. ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000
  7. SCALE1      0.052532  0.030329  0.000000        0.00000   
  8. SCALE2      0.000000  0.060659  0.000000        0.00000   
  9. SCALE3      0.000000  0.000000  0.082908        0.00000   
  10. ATOM      1  O   MOL     2      -0.728   1.277   9.515  1.00  0.00           O2-  
  11. ATOM      2  O   MOL     2      -0.909   4.113   9.515  1.00  0.00           O2-  
  12. ATOM      3  O   MOL     2       1.637   2.852   9.515  1.00  0.00           O2-  
  13. ATOM      4  O   MOL     2       0.749   1.404  11.656  1.00  0.00           O2-  
  14. ATOM      5  O   MOL     2      -1.539   2.771  11.656  1.00  0.00           O2-  
  15. ATOM      6  O   MOL     2       0.789   4.069  11.656  1.00  0.00           O2-  
  16. ATOM      7 AL   MOL     2       0.000   0.000   8.176  1.00  0.00          Al3+  
  17. ATOM      8 AL   MOL     2       4.759  -0.000  10.789  1.00  0.00          Al3+  
  18. ATOM      9 AL   MOL     2       2.379   1.374   8.661  1.00  0.00          Al3+  
  19. ATOM     10 AL   MOL     2      -0.001   2.748  10.505  1.00  0.00          Al3+  
  20. ATOM     11  O   MOL     2       4.031   1.277   9.515  1.00  0.00           O2-  
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作者
Author: sobereva    时间: 2023-1-15 05:21
pdb文件里元素信息不规矩
弄成像样的pdb文件再给sobtop当输入文件

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: chieko    时间: 2023-1-15 16:21
好的明白了，谢谢Sob老师！
作者
Author: chieko    时间: 2023-1-16 17:01
sobereva 发表于 2023-1-15 05:21
pdb文件里元素信息不规矩
弄成像样的pdb文件再给sobtop当输入文件

再次请教Sob老师：
我按照您的回复输入了规范的Al2O3晶体的pdb结构文件，Sobtop可以识别所有O原子，但是无法识别Al原子：
  1. Current atom types and meaning:
  2.     1O : O_b         bridging oxygen
  3.     2O : O_b         bridging oxygen
  4.     3O : O_b         bridging oxygen
  5.     4O : O_b         bridging oxygen
  6.     5O : O_b         bridging oxygen
  7.     6O : O_b         bridging oxygen
  8.     7O : O_b         bridging oxygen
  9.     8O : O_b         bridging oxygen
  10.     9O : O_b         bridging oxygen
  11.    10O : O_b         bridging oxygen
  12.    11O : O_b         bridging oxygen
  13.    12O : O_b         bridging oxygen
  14.    13O : O_b         bridging oxygen
  15.    14O : O_b         bridging oxygen
  16.    15O : O_b         bridging oxygen
  17.    16O : O_b         bridging oxygen
  18.    17O : O_b         bridging oxygen
  19.    18O : O_b         bridging oxygen
  20.    19Al: ?          Unknown
  21.    20Al: ?          Unknown
  22.    21Al: ?          Unknown
  23.    22Al: ?          Unknown
  24.    23Al: ?          Unknown
  25.    24Al: ?          Unknown
  26.    25Al: ?          Unknown
  27.    26Al: ?          Unknown
  28.    27Al: ?          Unknown
  29.    28Al: ?          Unknown
  30.    29Al: ?          Unknown
  31.    30Al: ?          Unknown
  32.    31O : O_b         bridging oxygen
复制代码
我猜测是在第一步Sobtop判断成键关系时有什么地方出现了问题，如下面部分，对前面O原子的成键是合理的（分别和4个Al），但是Al原子就不太合理了。请问是为什么呢？谢谢老师！
  1. Generating neighbouring list...

  3. Loaded information and connectivity (coordinates in Angstrom):
  4.   Atom     X       Y       Z      Charge    Bonds to
  5.     1O   -0.728   1.261   9.501   0.00000    19Al    22Al    29Al    87Al
  6.     2O   -0.728   4.009   5.170   0.00000    20Al    23Al   115Al   120Al
  7.     3O    1.651   2.635   0.840   0.00000    21Al    24Al    26Al   148Al
  8.     4O    1.456   0.000   9.501   0.00000    19Al    22Al    27Al   209Al
  9.     5O    1.456   2.748   5.170   0.00000    20Al    23Al    30Al   145Al
  10.     6O    3.836   1.374   0.840   0.00000    21Al    24Al    56Al    58Al
  11.     7O    1.651   2.860   9.501   0.00000    27Al    29Al   139Al   142Al
  12.     8O   -0.728   1.486   5.170   0.00000    20Al    23Al    25Al    90Al
  13.     9O    1.651   0.113   0.840   0.00000    21Al    24Al    28Al   206Al
  14.    10O   -1.651   2.860   3.005   0.00000    20Al    84Al   115Al   118Al
  15.    11O    0.728   1.486  11.666   0.00000    21Al    22Al    26Al    29Al
  16.    12O    3.108   0.113   7.336   0.00000    27Al    30Al    49Al   203Al
  17.    13O    3.303   0.000   3.005   0.00000    24Al    55Al    58Al   200Al
  18.    14O   -1.456   2.748  11.666   0.00000    26Al    29Al    81Al   112Al
  19.    15O    0.923   1.374   7.336   0.00000    19Al    23Al    27Al    30Al
  20.    16O    0.728   1.261   3.005   0.00000    20Al    24Al    25Al    28Al
  21.    17O    0.728   4.009  11.666   0.00000    26Al    29Al   111Al   142Al
  22.    18O    3.108   2.635   7.336   0.00000    27Al    30Al    53Al   139Al
  23.    19Al   0.000   0.000   8.176   0.00000     1O      4O     15O     22Al    72O    247O    258O
  24.    20Al   0.000   2.748   3.845   0.00000     2O      5O      8O     10O     16O     23Al   103O
  25.    21Al   2.380   1.374  12.506   0.00000     3O      6O      9O     11O     24Al    26Al    44O     56Al   197O    206Al
  26.    22Al   0.000   0.000  10.826   0.00000     1O      4O     11O     19Al   194O    247O    257O
  27.    23Al   0.000   2.748   6.496   0.00000     2O      5O      8O     15O     20Al    78O    102O
  28.    24Al   2.380   1.374   2.165   0.00000     3O      6O      9O     13O     16O     21Al    40O
  29.    25Al   0.000   0.000   4.330   0.00000     8O     16O     28Al    73O    182O    190O    245O
  30.    26Al   0.000   2.748   0.000   0.00000     3O     11O     14O     17O     21Al    29Al    66O     81Al    99O    111Al
  31.    27Al   2.380   1.374   8.661   0.00000     4O      7O     12O     15O     18O     30Al    31O
  32.    28Al   0.000   0.000   1.680   0.00000     9O     16O     25Al    66O     73O    190O    243O
  33.    29Al   0.000   2.748  10.341   0.00000     1O      7O     11O     14O     17O     26Al    94O
  34.    30Al   2.380   1.374   6.011   0.00000     5O     12O     15O     18O     27Al    38O    182O
  35.    31O    4.031   1.261   9.501   0.00000    27Al    49Al    52Al    59Al
复制代码



作者
Author: sobereva    时间: 2023-1-17 05:33
chieko 发表于 2023-1-16 17:01
再次请教Sob老师：
我按照您的回复输入了规范的Al2O3晶体的pdb结构文件，Sobtop可以识别所有O原子，但是 ...

上传输入文件和assign_AT.dat，贴出来输入的所有命令
作者
Author: chieko    时间: 2023-1-17 11:09
本帖最后由 chieko 于 2023-1-18 08:08 编辑
sobereva 发表于 2023-1-17 05:33
上传输入文件和assign_AT.dat，贴出来输入的所有命令

在Sobtop中输入的命令：
C:\Users\Chieko\Desktop\sobtop_1.0(dev3.1)\work\Al2O3_20230116\0116-Al2O3 (0 0 -1)_VS.pdb
1
5
输入文件和assign_AT.dat见附件，谢谢Sob老师！
作者
Author: thou    时间: 2023-1-17 21:21
chieko 发表于 2023-1-17 11:09
在Sobtop中输入的命令：
C:%users\Chieko\Desktop\sobtop_1.0(dev3.1)\work\Al2O3_20230116\0116-Al2O3  ...

元素符号似乎应该占据pdb文件的第77、78列（右对齐）？
作者
Author: chieko    时间: 2023-1-18 07:57
thou 发表于 2023-1-17 21:21
元素符号似乎应该占据pdb文件的第77、78列（右对齐）？

要求这么严格吗，我来试试，谢谢您！
作者
Author: chieko    时间: 2023-1-18 08:10
thou 发表于 2023-1-17 21:21
元素符号似乎应该占据pdb文件的第77、78列（右对齐）？

试了下还是不太行
作者
Author: sobereva    时间: 2023-1-19 08:26
你在AT_assign.dat里写的下面的内容说明Al形成6个键才能被指认成Al_o
$Al_o 1.5750
nbond 6
element Al

从sobtop载入文件后显示的成键信息可以明显看到Al被识别成了形成7个键，比如
   19Al   0.000   0.000   8.176   0.00000     1O      4O     15O     22Al    72O
    247O    258O

显然要么把nbond改为7，要么修改sobtop目录下的bondcrit.dat人为指定元素间成键关系的距离判据，避免判断出Al-Al成键。
作者
Author: chieko    时间: 2023-1-19 09:39
sobereva 发表于 2023-1-19 08:26
你在AT_assign.dat里写的下面的内容说明Al形成6个键才能被指认成Al_o
$Al_o 1.5750
nbond 6

试了一下添加以下约束成键就可以了，谢谢Sob老师！！！
  1. Al O  1.5 2.2
  2. Al Al  998 999
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