计算化学公社

标题: 求怼审稿人bsse问题的文献 [打印本页]

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Author: gauss98 时间: 2023-1-15 15:54
标题: 求怼审稿人bsse问题的文献
本帖最后由 gauss98 于 2023-1-15 15:58 编辑

审稿人让我计算bsse误差 “Sorry, but it’s not clear to me if the reported data have been cleared for Basis Set Superposition Error. If not (surprisingly), appropriate calculations should be done.”
我的计算级别是PBE1PBE/6-311G**, D3BJ, 我试着计算了下，吸附结合能 bsse 在不同6-9kcal/mol，而一个测试体系用 6-311G** 与 def2qzvp 能量差只在 1kcal/mol左右，远远小于 bsse校正

因为结合能本身已经大于30kcal/mol 了（电子能），应该属于化学键的范畴了吧？按照社长的说法 http://sobereva.com/381，用BSSE是有害无益了？
但是怎么去怼审稿人呢？有没有公开的发表文章说法？
如果没有，就只要用测试体系的数据来怼了，但没有公开文章背书总感觉风险较大。
谢谢！

作者
Author: chands 时间: 2023-1-15 16:18
搞个大点的基组比对一下。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-15 16:29
可以用orca做gCP计算，gCP是可以用于共价键体系的，不像counterpoise那样只能用于非共价复合物，缺点是精度稍差

作者
Author: gauss98 时间: 2023-1-15 16:36

wzkchem5 发表于 2023-1-15 16:29
可以用orca做gCP计算，gCP是可以用于共价键体系的，不像counterpoise那样只能用于非共价复合物，缺点是精度 ...

文章只是小修了。马上截稿，又面临着合作者过年了，不好用别的体系和方法另生枝节，只希望有理有利的怼回去

作者
Author: gauss98 时间: 2023-1-15 16:41

chands 发表于 2023-1-15 16:18
搞个大点的基组比对一下。

多大算大？
在测试体系里边，已经用了 def2qzvp，算完备了么？跟6-311G** 相差1kcal左右。

另外。可否这样说，”众所周知，counterpoinse 只适用于弱相互作用体系“（英语怎么说？文献呢？众所周知而他不知，会不会得罪人？”

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-15 17:19

gauss98 发表于 2023-1-15 09:41
多大算大？
在测试体系里边，已经用了 def2qzvp，算完备了么？跟6-311G** 相差1kcal左右。

def2-QZVP足够了。
可以引一下counterpoise原始文献，说counterpoise校正本质上是CBS limit的近似，是基组无法搞到无限大的退而求其次的做法。如果能通过蛮力计算出complete basis set limit的结果，那当然就不需要另用counterpoise方法计算小基组的BSSE了。然后引一些非共价复合物体系的benchmark文献，证明def2-QZVP的BSSE已经可以忽略了，以此证明def2-QZVP可以代替CBS limit。
counterpoise原始文献里或许也能找到依据说这个方法是为了非共价复合物而设计的。当然这个和“counterpoise不适用于共价复合物”是两码事，但是后者可以用什么文献支持我也不太清楚

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-16 04:00
如今我计算相互作用能一般都ORCA开RI在def2-QZVP下算，算挺大体系也没问题，直接不用考虑BSSE了

作者
Author: 七尺贱 时间: 2023-1-16 11:07
400个原子体系用ORCA，在WB97M-v/def2-QZVPP，48核，300G的服务器上花了四天算完了

作者
Author: gauss98 时间: 2023-1-16 15:22

七尺贱发表于 2023-1-16 11:07
400个原子体系用ORCA，在WB97M-v/def2-QZVPP，48核，300G的服务器上花了四天算完了

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Author: 生如枪花 时间: 2023-2-10 16:56
J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 252−267

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