计算化学公社

标题: 求助计算六水合硝酸镍和四水合硝酸锰的分子尺寸 [打印本页]

作者
Author: liukaitju 时间: 2023-1-15 22:41
标题: 求助计算六水合硝酸镍和四水合硝酸锰的分子尺寸
请问大家有人知道怎么算四水合硝酸锰和六水合硝酸镍这种东西的分子直径吗？

因为做实验用到这两种药品，它们的熔点都很低，加热就变成液态。
但是现在的困难是不知道熔盐状态下，这两个物质的分子动力学直径，也就不能判断能不能通过过滤孔。
我想根据论坛上大佬sobereva发的计算分子动力学直径的方法用高斯 wfn 和VMD联合去算一下。
但是遇到的问题是，这两个物质都不是有机物，是盐的水合物。四水合硝酸锰能从剑桥CCDC数据库找.mol2结构文件
但是六水合硝酸镍的找不到，只能找到cif晶胞文件自己删掉多余的然后用diamond转成mol文件用Guassian view识别。

我想向各位大佬求助我上述的方法对吗。还有关于金属盐水合物这种东西用什么去算结构优化呢 B3LYP/def2tzvp可以吗

作者
Author: liukaitju 时间: 2023-1-15 22:42
有没有大佬算过金属盐水合物的动力学直径呢求助

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-15 23:42
这种东西能不能通过过滤孔估计不能简单地用分子动力学直径来判断。
因为结论会和滤孔的材质有关，如果滤孔有比较强的配位能力，可能可以取代掉Mn2+、Ni2+上的配位水和配位的硝酸根离子，那么只需要滤孔能让Mn2+、Ni2+、水、硝酸根离子分别通过就行了；反之，如果滤孔没有配位能力，那这个盐可能只能以比较大的配位团簇的形式透过，那又带来了一个问题，很难知道这个盐是以单体、二聚体还是更大的单位通过的。
我觉得这个问题用实验直接试，比计算要容易很多。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-16 03:35
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

只有GaussView，没有Guassian view
没有叫wfn的程序，提问时别那么敷衍

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-16 03:36

liukaitju 发表于 2023-1-15 22:42
有没有大佬算过金属盐水合物的动力学直径呢求助

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503（http://bbs.keinsci.com/thread-14264-1-1.html）
上文的做法完全普适，对配合物同样适用
PBE0-D3(BJ)/6-311G*（配体） SDD（过渡金属）优化足矣，优化毫无必要用def2-TZVP那么贵的，好好看下文
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

当然，有条件做实验的话比这么估计更可靠。

作者
Author: liukaitju 时间: 2023-1-16 09:47

sobereva 发表于 2023-1-16 03:35
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

感谢大大

作者
Author: liukaitju 时间: 2023-1-16 09:51

wzkchem5 发表于 2023-1-15 23:42
这种东西能不能通过过滤孔估计不能简单地用分子动力学直径来判断。
因为结论会和滤孔的材质有关，如果滤孔 ...

因为是用分子筛过滤，过滤完一次就要拍个TEM确认有没有通过。分子筛的孔道是介孔2~4nm，所以不知道这个尺寸对于熔盐来说怎么样。都拍TEM太贵了所以想试试能不能借助计算说明一下问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-16 15:33

liukaitju 发表于 2023-1-16 02:51
因为是用分子筛过滤，过滤完一次就要拍个TEM确认有没有通过。分子筛的孔道是介孔2~4nm，所以不知道这个尺 ...

分子筛的话，这个计算基本不可能做了，因为根本不知道分子筛表面的氧在过滤过程中取代掉了金属上的多少个配体。搞不好分子筛表面的第一层和熔盐不可逆结合了，导致孔径缩小了一圈，这都是有可能的，而且根本没法体现在动力学直径的计算里面。
如果跑个分子动力学，倒还有可能看出来能不能过滤，但是用分子力场结果不靠谱，用AIMD又跑不动。

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