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标题: 求助蛋白配体动力学模拟最后一步报错 [打印本页]

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Author: 朽木自雕 时间: 2023-1-17 15:33
标题: 求助蛋白配体动力学模拟最后一步报错
各位老师好，我这个体系模拟前的顺序是这样的：分子对接产生的复合物pdb文件，蛋白和配体分开后蛋白用pdb2pqr工具修复加氢，模拟用amber14力场配体用高斯加氢、sobtop工具产生拓扑文件用Multiwfn产生配体的电荷替换到itp文件里，经过建立盒子、填充溶剂、添加离子、能量最小化、约束配体、热裕、NVT平衡、NPT平衡这些步骤都没有报错，最后一步MD模拟跑大概两百万步报错（图），目前不知道什么原因。各位老师能帮我看一下解构或者是哪里出问题了吗？（附 NPT模拟后的npt.gro文件,md.mdp文件，topol.top文件）

作者
Author: 朽木自雕 时间: 2023-1-17 15:40
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

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Author: 朽木自雕 时间: 2023-1-17 15:46
npt.gro 文件太大上传不了百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/11-l5U5hXfKVae79aVtSnXg?pwd=666a 提取码: 666a 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

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Author: tomwong4253 时间: 2023-1-18 10:25
too many lincs warnings是个常见错误，论坛随便搜一下就有解决办法，贴一个社长的PPT供参考

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Author: 朽木自雕 时间: 2023-2-2 10:58

tomwong4253 发表于 2023-1-18 10:25
too many lincs warnings是个常见错误，论坛随便搜一下就有解决办法，贴一个社长的PPT供参考

谢谢大佬！我后来找到原因了，是在执行genrestr模块选择新创建的索引组时选择了错误的group。

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