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标题: gaff力场gmx itp文件转到moltemplate lt文件的小脚本 [打印本页]

作者
Author: Puying 时间: 2023-1-18 20:01
标题: gaff力场gmx itp文件转到moltemplate lt文件的小脚本
本帖最后由 Puying 于 2023-2-3 14:41 编辑

lammps的功能比gromacs丰富些，偶尔遇到一些情况需要用lammps跑。
这里写了一个基于sobtop生成的gaff力场itp文件生成moltemplate的lt文件的小脚本，仅供参考。

需要修改其中的itp文件的名字，以及盒子大小设置，体系里面分子的个数等。如果体系里面有两种及以上分子，可以基于此脚本进行修改。
最后运行 moltemplate.sh -atomstyle full -pdb file.pdb system.lt， file.pdb文件是体系的pdb文件

作者
Author: neocc 时间: 2023-2-1 18:44
必须是基于gaff力场才可以运行吗，gmx自带的tip4p.itp测试了脚本，发现有如下报错

./itp2lt.sh: line 8: 3
9 + 2 : syntax error in expression (error token is "9 + 2 ")
19 23 24

复制代码

作者
Author: Puying 时间: 2023-2-3 13:58
本帖最后由 Puying 于 2023-2-3 14:26 编辑

neocc 发表于 2023-2-1 18:44
必须是基于gaff力场才可以运行吗，gmx自带的tip4p.itp测试了脚本，发现有如下报错

别的力场可行，前提是得确保itp里面的原子类型和moltemplate支持的原子类型是一致的。比如oplsaa力场，gmx和moltemplate里面的原子类型编号完全不一样，就没法搞。所以需要自己确认

关于报错部分，实际上是关于取行号部分。line1-4 参数分别是atom字段的开头结尾行，bond字段的开头结尾行。
甚至如果在itp指定位置加一个回车，这个脚本就不好使了。很容易报错。

行号完全可以自己手设。

作者
Author: neocc 时间: 2023-2-6 22:48
通过sobtop生成的itp，即使原子类型一致，但是键角，二面角，improper，好像不能直接对应lammps相应coeffs（style是harmonic）
gmx力场参数说明
https://manual.gromacs.org/curre ... y-file-formats.html
lammps参数说明
https://docs.lammps.org/angle_coeff.html
https://docs.lammps.org/dihedral_coeff.html
比如有的二面角是3型6个参数或者9型有2个参数，lammps的data里面Dihedral coeffs好像就只有4个

作者
Author: Puying 时间: 2023-2-7 15:10
本帖最后由 Puying 于 2023-2-7 15:15 编辑

neocc 发表于 2023-2-6 22:48
通过sobtop生成的itp，即使原子类型一致，但是键角，二面角，improper，好像不能直接对应lammps相应coeffs ...

Gromacs里对于gaff的定义用到了二面角函数4和9。而在lammps是通过dihedral_style fourier来定义的，别说加4个了，加20个参数都行。
https://docs.lammps.org/dihedral_fourier.html
对于同一个函数两者给的定义的方式不同，所以参数个数也不同。

对于gaff力场，moltemplate自带了lt文件，里面定义了所有的键长键角二面角非键参数。如果出错的话，大概率是moltemplate的lt文件里面错了。

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