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标题: 进行两次结构优化的目的 [打印本页]

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Author: 11111111m 时间: 2023-1-18 20:34
标题: 进行两次结构优化的目的
本帖最后由 11111111m 于 2023-1-18 20:34 编辑

各位老师，我在复现一篇文献，但是文中进行两次结构优化的操作实在是没看懂，它只是为了定向到坐标轴然后旋转九十度的话为什么要进行第二次结构优化，这不是就做了下几何变换，用multiwfn应该就能实现吧。而且它两次优化输出的坐标还是一样的。还请各位老师帮忙解答一下，实在被困住了。两次优化的文件放附件了, 第一次输出文件太大了上不来

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-18 21:23
可能就是他们不会用Multiwfn或Multiwfn用得不熟，又不怕浪费一次梯度计算的机时。。。
毕竟如果只考虑人力而不考虑机时的话，重新优化一次也不麻烦

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-18 21:27
没任何做第二次优化的意义。整体旋转不改变内坐标，也不影响能量

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-19 11:27

wzkchem5 发表于 2023-1-18 21:23
可能就是他们不会用Multiwfn或Multiwfn用得不熟，又不怕浪费一次梯度计算的机时。。。
毕竟如果只考虑人力 ...

那是怎么通过结构优化旋转坐标的呢，我看它两次输入文件的关键词也都是一样的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-19 11:56

11111111m 发表于 2023-1-19 11:27
那是怎么通过结构优化旋转坐标的呢，我看它两次输入文件的关键词也都是一样的

结构优化本身并没有按照特定要求旋转坐标的用处。对于描述或做法不当的文章就别较真了

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-19 12:45

sobereva 发表于 2023-1-19 11:56
结构优化本身并没有按照特定要求旋转坐标的用处。对于描述或做法不当的文章就别较真了

谢谢老师，我还想问一下，如果我想像文章一样让原子坐标差值最大的在x轴其次在yz，只要让分子主轴沿着x轴就能实现吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-19 16:05

11111111m 发表于 2023-1-19 04:27
那是怎么通过结构优化旋转坐标的呢，我看它两次输入文件的关键词也都是一样的

结构优化任务里面，高斯先把分子旋转到标准朝向，再做优化。这篇文章只用到了前一个操作，后一个操作是在白白浪费机时。
所以我说，这个方法纯从人力角度考虑倒是还比较方便，但是考虑了机时以后显然就是Multiwfn更方便了，或者提交一个高斯任务然后过几秒杀死也行。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-21 19:18

11111111m 发表于 2023-1-19 12:45
谢谢老师，我还想问一下，如果我想像文章一样让原子坐标差值最大的在x轴其次在yz，只要让分子主轴沿着x轴 ...

用这个做法

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

(11)令一批原子对应的平面平行于某个笛卡尔平面
程序会让你输入一批原子的序号，然后会通过最小二乘法得到它们的拟合平面，然后体系会被旋转，使得这个拟合平面平行于XY或YZ或XZ平面。这个功能很有实际用处，比如《通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性》（http://sobereva.com/216）里介绍的ICSS_ZZ图对于考察共轭环的芳香性非常有用，当被考察的环是歪斜的时候，你就可以用这个功能先让这个环平行于XY平面，之后就能按文中的做法绘制ICSS_ZZ图了。

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-25 14:17

wzkchem5 发表于 2023-1-19 16:05
结构优化任务里面，高斯先把分子旋转到标准朝向，再做优化。这篇文章只用到了前一个操作，后一个操作是在 ...

老师，第一次优化的输出不是已经在标准朝向下了吗？那第二次优化的前一个操作也没用到吧

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-25 14:45

sobereva 发表于 2023-1-21 19:18
用这个做法

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍

sob老师，我看它两次优化的输出坐标小数部分的最后两位有些不同，比如-1.97102和-1.97086，所以想问下这种坐标的精度是什么。因为想用这个坐标做些计算，这两次的坐标可以近似看成一样的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-26 08:46

11111111m 发表于 2023-1-25 14:45
sob老师，我看它两次优化的输出坐标小数部分的最后两位有些不同，比如-1.97102和-1.97086，所以想问下这 ...

可以近似当成一样
如果不是朝向原因，就是几何优化收敛精度原因

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-26 11:46

sobereva 发表于 2023-1-26 08:46
可以近似当成一样
如果不是朝向原因，就是几何优化收敛精度原因

那怎么判断是不是收敛精度的问题呢，关键词都一样最后得出来的坐标也应该是完全一样的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-28 16:22

11111111m 发表于 2023-1-26 11:46
那怎么判断是不是收敛精度的问题呢，关键词都一样最后得出来的坐标也应该是完全一样的吗

搞清楚当前几何优化任务的位移收敛限是多少
不可能收敛到无穷精确，只能让误差小于收敛限以内

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-28 20:17

sobereva 发表于 2023-1-28 16:22
搞清楚当前几何优化任务的位移收敛限是多少
不可能收敛到无穷精确，只能让误差小于收敛限以内

老师，我看了下输出文件，第一次优化的输出坐标在相同水平上再优化的时候它一开始位移不收敛，更新了一次坐标之后才收敛。我又试着做了第三次优化还是这样，都是位移一开始不收敛。
可是它每次优化的收敛限是一样的，这是精度问题嘛？我把截图放下一楼

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-28 20:26
都是在同一水平下进行的

作者
Author: 11111111m 时间: 2023-1-28 20:27
两次优化后的输出坐标

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