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标题: 做环肽结合在受体上的模拟，环肽配体的参数怎么生成？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-1-19 13:40
标题: 做环肽结合在受体上的模拟，环肽配体的参数怎么生成？

想跑一个环肽结合在受体上的模拟。环肽是一个配体。模拟蛋白-环肽的作用。但是环肽的话，每一个氨基酸是有参数的，但是连接部分没有参数，应该怎么生成？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-1-19 13:44
http://sobereva.com/22

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-19 13:53
连接部分的参数和常规多肽里相应两种残基间的参数是一样的，没有特殊性

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-1-19 15:13
如果是用二硫键成环的环肽该怎么处理？老师

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-1-20 19:04
gromacs的pdb2gmx打开-ss选项后（默认是打开的）会自动计算半胱氨酸的硫原子距离，发现距离很近的会自动加上二硫键

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