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标题: 碳酸根与碳酸氢根力场问题 [打印本页]

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-6-6 22:22
标题: 碳酸根与碳酸氢根力场问题
碳酸根与碳酸氢根除了利用COMPASS力场处理外，还有什么别的力场可以处理的（需要知道他们的力场参数）。大家有没有谁做过这方面分子模拟的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 05:03
普适的UFF也可以跑
自行用antechamber构建基于gaff的力场的，或者用ATB构建基于gromos力场的也可以跑（见《几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具》http://sobereva.com/266）

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-6-7 19:12

sobereva 发表于 2016-6-7 05:03
普适的UFF也可以跑
自行用antechamber构建基于gaff的力场的，或者用ATB构建基于gromos力场的也可以跑（见 ...

好的，谢谢Sob老师！我先研究研究啊。

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-13 20:54

dark_cosmos 发表于 2016-6-7 19:12
好的，谢谢Sob老师！我先研究研究啊。

Sob老师，根据您的指导我算了一下。我利用ATB在线生成的碳酸根的top文件，然后碳酸纳在水中一跑，之后发现碳酸根变弯了，我的起始文件中碳酸跟的四个原子还是共面的。所以请问Sob老师，利用ATB生成的ipt文件是直接用还是需要加上限制后在使用

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-13 21:24

dark_cosmos 发表于 2016-7-13 20:54
Sob老师，根据您的指导我算了一下。我利用ATB在线生成的碳酸根的top文件，然后碳酸纳在水中一跑，之后发 ...

ATB分子库里面如果你搜碳酸根，有manually搞的拓扑文件的话，可以放心直接用，弯的话也是反映实际情况。如果是ATB自动生成的，那有可能不合理，可以自己把力常数加大点以更好维持平面。

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-13 22:15

sobereva 发表于 2016-7-13 21:24
ATB分子库里面如果你搜碳酸根，有manually搞的拓扑文件的话，可以放心直接用，弯的话也是反映实际情况 ...

谢谢，Sob老师，这个是可以直接搜到的，我没有找到从哪里可以看到是不是人工手动做的，我直接搜索的时候有两个，后面都给出了来源（如图）。
另外请问Sob老师，我是不是只需要修改[ dihedrals ]里面的fc就ok了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-14 09:56

dark_cosmos 发表于 2016-7-13 22:15
谢谢，Sob老师，这个是可以直接搜到的，我没有找到从哪里可以看到是不是人工手动做的，我直接搜索的时候 ...

像这样curation写的manual的就是人工弄的
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搜了下，CO3都是ATB生成的。你把力场参数调大吧

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-14 11:41

sobereva 发表于 2016-7-14 09:56
像这样curation写的manual的就是人工弄的

谢谢Sob老师，这样调节参数怎么样才算是合理了，使用什么指标来判断呢，完全没有概念阿。另外这样得出的结果心里很没有把握

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-14 21:39

dark_cosmos 发表于 2016-7-14 11:41
谢谢Sob老师，这样调节参数怎么样才算是合理了，使用什么指标来判断呢，完全没有概念阿。另外这样得出的 ...

基本能维持平面结构就行了。刚性小分子MD研究的关键是分子间相互作用，分子结构稍微不准确什么的不是大问题。

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-14 22:16

sobereva 发表于 2016-7-14 21:39
基本能维持平面结构就行了。刚性小分子MD研究的关键是分子间相互作用，分子结构稍微不准确什么的不是大 ...

好的，谢谢Sob老师。我看导这个ipt文件中没有定义新的atom type，这是不是说明分子间的相互作用是完全使用原有力场组合得到的。而ipt只是修改了相应的bond等参数来拟合量化计算的结果。不知道这么理解有没有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-15 03:48

dark_cosmos 发表于 2016-7-14 22:16
好的，谢谢Sob老师。我看导这个ipt文件中没有定义新的atom type，这是不是说明分子间的相互作用是完全使 ...

没问题

是itp不是ipt

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Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-15 09:56

sobereva 发表于 2016-7-15 03:48
没问题

是itp不是ipt

谢谢Sob老师

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