计算化学公社

标题: 求助npt.mdp文件的书写方式推荐 [打印本页]

作者
Author: zhy336613 时间: 2023-1-20 00:03
标题: 求助npt.mdp文件的书写方式推荐
各位老师好：本人是分子动力学小白一枚，需要对有机晶体体系的一些性质进行研究。搜索了一些npt.mdp的文件结构后发现，研究蛋白质-溶液体系的npt模拟似乎更多一点，而我不知道这样的mdp文件是否可以直接套用的我研究的有机体系中。因此想请问各位老师有没有靠谱一些的npt.mdp的文件书写方式推荐。此前已经根据sob老师的指点做过一次能量最小化了（求助：能量最小化的mdp文件怎么写 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)）。谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-20 07:17
看清楚板块再发贴，GROMACS问题别发到量子化学版
不要自己在标题里写[GROMACS]这种标签
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “[Gromacs] npt.mdp文件的书写 ” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

这次给你移动、修改了，下次注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-20 07:19
这些东西根本不是几句话能说清楚的，必须从头完整、系统性学习，包括模拟的基本算法知识，否则都是瞎算。建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html），这些全都会细致讲到，对各种问题、各类体系都给了大量例子并给出了详细讲解。

而且动力学模拟也不是写个mdp文件就了事的，怎么产生拓扑文件往往是更关键的事。

论坛里只能是有具体问题的时候别人给你回答，没法靠只言片语从头完整给你讲。

作者
Author: mol 时间: 2023-1-20 07:59
可以把你的mdp文件贴上让大家看看，一般来说完全没问题，最好是可以参考手册搞清楚每一行的参数具体是干啥的就好

作者
Author: zhy336613 时间: 2023-2-14 22:49
谢谢sob老师和各位老师，我会多注意发帖礼仪！我会再认真学一学，遇到问题的时候贴上来问问大家！

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