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标题: 求助利用ｍｏｌｐｒｏ的ｃａｓｐｔ２优化几何构型 [打印本页]

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-25 11:15
标题: 求助利用ｍｏｌｐｒｏ的ｃａｓｐｔ２优化几何构型
各位老师好，我想用ｍｏｌｐｒｏ的ｃａｓｐｔ２来对一个有机分子进行几何优化，我查看了ｍｏｌｐｒｏ的手册说明，示例中出现了ｗｆ，．．，．．，．．这样子的形式，那就是知道了目前分子的不可约表示吧。但是我目前想优化的分子是直接建模构建的，并不清楚不可约表示，这该怎么进行呢？我不知道我描述的问题对不对，我感觉自己没看明白ｃａｓｐｔ２优化几何构型到底是怎么优化的．．．谢谢各位老师

作者
Author: jiangning198511 时间: 2023-1-28 16:50
分子对称性以及不可约表示需要先看看结构化学的内容，另外Molpro不像高斯那么黑箱，需要有一定的量化基础才能使用

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-28 17:33

jiangning198511 发表于 2023-1-28 16:50
分子对称性以及不可约表示需要先看看结构化学的内容，另外Molpro不像高斯那么黑箱，需要有一定的量化基础才 ...

嗯嗯，好的，我会继续看一下。那我想问一下，假如我利用gview构建了一个分子，如果不利用pointgroup的话，直接构建出来的构型是c1点群，我参考Molpro的说明书里的例子进行了优化，最后优化出来的结构也是c1点群。这个优化出来的结构不是我最终想要的结构，第一个想请教的问题是，那么是否初始结构的点群如果和目标的相差太大，最后也不会优化到正确的上来，比如我理由的分子是c2v。第二个问题是，我看molpro在multi部分以及rs2部分都涉及到wf，我看说明书里给的例子也用到了这个，那么在我目前不知道分子的点群以及它的轨道情况的时候，又该怎么优化结构呢？

我也是刚入门，感觉很多东西不太清楚，不知道我表述清楚没有，谢谢啦

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-28 17:41

banxia 发表于 2023-1-28 10:33
嗯嗯，好的，我会继续看一下。那我想问一下，假如我利用gview构建了一个分子，如果不利用pointgroup的话 ...

先在C1群下优化，收敛后看看收敛的结构属于什么点群（可能需要symmetrize一下再看），然后根据新的点群准备输入文件。如果在C1群下优化完全收敛的结构，即使属于比C1更高的点群，也无需在高对称性下重新优化，因为这个结构在高对称性下必然也是已经收敛的。假如你一定要在文章里写这个结构是在高对称性下优化的，那在高对称性下继续优化至收敛也是可以的，只不过一两步就收敛了。
此外，不要用全角字母发帖，不然如果有人想在这个论坛里搜之前的帖子，输的半角字母，可能搜不到你的帖子，不利于别人学习

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-28 19:15
本帖最后由 banxia 于 2023-1-28 19:25 编辑

wzkchem5 发表于 2023-1-28 17:41
先在C1群下优化，收敛后看看收敛的结构属于什么点群（可能需要symmetrize一下再看），然后根据新的点群准 ...

好的，谢谢老师提醒！我稍后修改帖子标题

我就说这个帖子标题怎么打出来这么奇怪..我也先按照您说的试一下。老师，我还想问一下，就是我下午有直接先利用gview建模symmetrize成c2v点群，再去利用df-rs2进行结构优化，结果报错，输出文件显示df-rs2 gradients are not available with symmetry。我看了molpro关于rs2的optg这一部分，有说Analytical gradients are presently only available for RS2 calculations (not RS2C)，我不太明白我这个报错信息说的是，是加了df导致的，还是c2v的symmetry导致的？因为我用df-rs2优化c1点群的初始结构是可以成功的...感谢老师！

作者
Author: jiangning198511 时间: 2023-1-29 09:17

banxia 发表于 2023-1-28 19:15
好的，谢谢老师提醒！我稍后修改帖子标题我就说这个帖子标题怎么打出来这么奇怪..我也先按照您说的试 ...

应该是对称性导致的
另外对于几何结构而言，一般DFT的优化结果应该够用了，一般都是用DFT优化结构+高精度方法计算能量

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-29 17:12

jiangning198511 发表于 2023-1-29 09:17
应该是对称性导致的
另外对于几何结构而言，一般DFT的优化结果应该够用了，一般都是用DFT优化结构+高精 ...

好滴，谢谢啊。但是导现在让拿rs2来优化..

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-29 17:30

banxia 发表于 2023-1-29 10:12
好滴，谢谢啊。但是导现在让拿rs2来优化..

给的原因是？

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-29 17:48
本帖最后由 banxia 于 2023-1-29 17:50 编辑

wzkchem5 发表于 2023-1-29 17:30
给的原因是？

不是很清楚..我也想知道但是也不太敢问。老师我想问一下您昨天说的，我在c1群下用df-rs2优化后收敛的结构还是c1点群，您说的symmetrize一下再看，是说我用gview打开之后symmetrize吗，这样做之后就变成c2v点群了，或者我从point group那里点进去之后，勾选enable point group symmetry，constrain to subgroup之后选择c2v，这样再保存之后得到的分子构型，和我直接优化出来的c1点群的构型有啥关系呀，谢谢老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-29 18:03

banxia 发表于 2023-1-29 10:48
不是很清楚..我也想知道但是也不太敢问。老师我想问一下您昨天说的，我在c1群下用df-rs2优化后收 ...

还是要问一下，有的时候导师说话的时候没觉得这是命令，而是觉得这是建议，结果学生以为是命令，不仅不敢反驳，甚至不敢问原因。结果导师就觉得学生对这个建议没意见。到头来可能这个建议未必合理，导师也知道未必合理所以给学生留了反驳的余地，但是因为沟通问题导致学生没有get到这个反驳的余地，结果把这个不合理的建议执行下去了。
你这两个做法的结果是等价的，都是寻找和当前C1结构最接近的C2v结构。如果不调整gview的默认阈值，直接就能对称化得到C2v的结构的话，说明这个C1结构距离C2v对称性极其近。所以如果从这个C2v结构出发继续做结构优化，有很大概率第一步就收敛了。这个概率大到发文章的时候不会被挑刺，但是并不是100%，所以保险起见对称化后的结构可以再用molpro在高对称性下优化到收敛，但如果做得粗糙一点的话，不做这一步额外的优化也是可以的。

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-29 18:17

wzkchem5 发表于 2023-1-29 18:03
还是要问一下，有的时候导师说话的时候没觉得这是命令，而是觉得这是建议，结果学生以为是命令，不仅不敢 ...

好的，谢谢老师的建议

可能真的我有点胆小了，我下次组会的时候问一下导。老师，我还想问一下，假如用对称化之后得到的c2v点群的构型进一步在molpro中利用caspt2来优化的话，假设我选择homo和lumo两个轨道作为活性轨道的话，在输入文件中写occ和closed的时候需要知道这两个轨道的不可约表示吧，那是否有什么比较快捷的方法来知道呢

因为我之前的做法是，在做caspt2的时候，先用psi4算一下scf，然后就知道了。谢谢老师！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-1-29 18:27

banxia 发表于 2023-1-29 11:17
好的，谢谢老师的建议可能真的我有点胆小了，我下次组会的时候问一下导。老师，我还想问一下，假如用 ...

如果你不做计算就知道HOMO、LUMO长什么样，那由群论就可以从轨道的样子推出不可约表示。
否则肯定得先做一个HF计算再看，至于这个计算用什么软件做就无所谓了

作者
Author: banxia 时间: 2023-1-29 19:16

wzkchem5 发表于 2023-1-29 18:27
如果你不做计算就知道HOMO、LUMO长什么样，那由群论就可以从轨道的样子推出不可约表示。
否则肯定得先做 ...

原来是这样子，好嘞，谢谢老师！太感谢您了！这一块学到了很多！

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